WGS-processing/docker/bwa/Dockerfile

   1 FROM arvados/jobs
   2 MAINTAINER Bryan Cosca <bcosca@curii.com>
   3
   4 USER root
   5
   6 RUN apt-get update -qy
   7 RUN apt-get install -qy build-essential wget cmake zlib1g-dev python-pip unzip libbz2-dev liblzma-dev libcurl4-openssl-dev libncurses-dev
   8
   9 RUN mkdir -p /usr/share/man/man1
  10 RUN apt-get install -qy default-jdk
  11
  12 ADD bwa-0.7.17.tar.bz2 /
  13 WORKDIR bwa-0.7.17
  14 RUN make
  15
  16 ADD samtools-1.10.tar.bz2 /
  17 WORKDIR /samtools-1.10
  18 RUN ./configure && make && make install
  19
  20 ADD picard.jar /
  21
  22 WORKDIR /
  23
  24 # ADD bcftools-1.10.2.tar.bz2 /
  25