WGS-processing/docker/clinvar-report/Dockerfile

   1 FROM arvados/jobs:latest
   2 USER root
   3 MAINTAINER Sarah Wait Zaranek <swz@curii.com>
   4
   5 # Install python tools
   6 RUN apt-get update && apt-get install -y --no-install-recommends apt-utils
   7 RUN apt-get install -qy apt-utils unzip autoconf wget python-pip python-numpy python-scipy python-matplotlib python-pandas
   8
   9 RUN apt-get upgrade -y
  10 RUN apt-get clean
  11
  12 # Install lib files to build SAMtools
  13 RUN apt-get install -qy libncurses5-dev libbz2-dev liblzma-dev git autoconf zlib1g-dev zlib1g xz-utils liblzma-dev libpthread-stubs0-dev
  14 RUN apt-get install -qy libcurl3-openssl-dev libssl-dev bc build-essential parallel cmake
  15
  16 # Install SDSL
  17 RUN cd /tmp && git clone 'https://github.com/simongog/sdsl-lite.git' && cd sdsl-lite && ./install.sh /usr/local
  18 RUN apt-get remove libhts-dev
  19
  20 # Install htslib 1.10.2
  21 RUN cd /tmp && wget http://github.com/samtools/htslib/archive/1.10.2.zip && unzip 1.10.2 && cd htslib-1.10.2 && make && make install && cd /tmp && rm -rf htslib-1.10.2 && ldconfig
  22
  23 # Install bcftools 1.10.2
  24 RUN wget http://github.com/samtools/bcftools/archive/1.10.2.zip && unzip 1.10.2 && cd bcftools-1.10.2 && autoheader && autoconf && ./configure && make && make install
  25
  26 CMD /bin/sh