cwl/report-wf.cwl

   1 cwlVersion: v1.1
   2 class: Workflow
   3
   4 inputs:
   5   vcf:
   6     type: File
   7   clinvarvcf:
   8     type: File
   9   reportfunc:
  10     type: File
  11   headhtml:
  12     type: File
  13   tailhtml:
  14     type: File
  15
  16 outputs:
  17   report:
  18     type: File
  19     outputSource: generate-report/report
  20
  21 steps:
  22   annotate:
  23     run: annotate-vcf.cwl
  24     in:
  25       vcf: vcf
  26       clinvarvcf: clinvarvcf
  27     out: [reporttxt]
  28
  29   generate-report:
  30     run: generate-report.cwl
  31     in:
  32       reportfunc: reportfunc
  33       sampletxt: annotate/reporttxt
  34       headhtml: headhtml
  35       tailhtml: tailhtml
  36     out: [report]