WGS-processing/docker/clinvar-report/Dockerfile

   1 FROM arvados/jobs:latest
   2 USER root
   3 MAINTAINER Sarah Wait Zaranek <swz@curii.com>
   4
   5 # Install python tools
   6 RUN apt-get update && apt-get install -y --no-install-recommends apt-utils
   7 RUN apt-get install -y apt-utils && apt-get install -y unzip
   8 RUN apt-get install autoconf -y
   9 RUN apt-get install wget -y
  10 RUN apt-get install python-pip -y
  11 RUN apt-get install python-numpy -y && apt-get install python-scipy -y
  12 RUN apt-get install python-matplotlib -y && apt-get install python-pandas -y
  13 RUN apt-get upgrade -y
  14 RUN apt-get clean
  15
  16 # install lib files to build SAMtools
  17 RUN apt-get install libncurses5-dev -y && apt-get install libbz2-dev -y && apt-get install liblzma-dev -y && apt-get install git -y && apt-get install autoconf -y
  18
  19 # installing zlib1g
  20 RUN apt-get install zlib1g-dev -y
  21 RUN apt-get install zlib1g -y
  22
  23 # Installing xz-utils
  24
  25 RUN apt-get install xz-utils -y
  26
  27 # Installing liblzma-dev
  28 RUN apt-get install liblzma-dev -y
  29
  30 # Installing pthreads
  31 RUN apt-get install libpthread-stubs0-dev -y
  32
  33 # Installing libcurl
  34 RUN apt-get install libcurl3-openssl-dev -y
  35
  36 # Installing libcrypto
  37 RUN apt-get install libssl-dev -y
  38
  39 # Installing bc
  40 RUN apt-get install bc -y
  41
  42 # installing build essentials
  43 RUN apt-get install build-essential -y
  44
  45 # Installing parallel
  46 RUN apt-get install parallel -y
  47
  48 # Installing Cmake
  49 RUN apt-get install cmake -y
  50
  51 # Installing SDSL
  52 RUN cd /tmp && git clone 'https://github.com/simongog/sdsl-lite.git' && cd sdsl-lite && ./install.sh /usr/local
  53
  54 RUN apt-get remove libhts-dev
  55
  56 # Installing htslib
  57 RUN cd /tmp && wget http://github.com/samtools/htslib/archive/1.10.2.zip && unzip 1.10.2 && cd htslib-1.10.2 && make && make install && cd /tmp && rm -rf htslib-1.10.2 && ldconfig
  58
  59 # Installing bcftools
  60
  61 RUN wget http://github.com/samtools/bcftools/archive/1.10.2.zip && unzip 1.10.2 && cd bcftools-1.10.2 && autoheader && autoconf && ./configure && make && make install