Add --disable-reuse to run-cwl-test.sh/arvados-cwl-runner-with-checksum.sh refs #11332

11332: Check exit code after running CWL conformance tests

11332: Add /arvados/v1/repositories to token scope documentation of
run-cwl-test.sh.  Refactor into --scopes option.

Merge branch '11332-arv-cwl-integration-testing' refs #11332

11332: clone repos with --depth 1 to reduce bandwidth/disk usage.

11332: Run arvados-specific CWL integration tests defined in
arvados/sdk/cwl/tests/arvados-tests.yml

Make delete script a little more verbose. Update remote branches before deleting

refs #11020

install-arvados-jobs-image: Delete check for Docker image+repo already exists
because it incorrectly skips upload in circumstances when the image+repo exists
but associated with the wrong different image hash (such as wrong image
format).  refs #8567

Fix detection of version of arvados/jobs image to install.

No issue #

Add a new component, arvados-version-server.

No issue #

Add copyright notices to (almost) all files in this repository.

No issue #

Remove unused easy-docker-install.sh script.

No issue #

Docker 1.13 doesn't support tag --force anymore. Detect that.

No issue #

The docker tag -f flag is now --force.

No issue #

Merge branch '9050-script-to-delete-merged-branches'

refs #9050

Merge branch '10769-diagnostics-9tee4'

refs #10769

Remove centos6 from our package upload script.

refs #10786

Remove debian7 from our package upload script.

refs #10785

10769: added diagnostics for container requests in 9tee4

refs #10769

Add support for ubuntu1604 to run_upload_packages.py.

refs #10980

Abort diagnostics suite with prejudice if the git checkout fails.

No issue #

Abort performance suite with prejudice if the git checkout fails.

No issue #

Add script to delete merged branches

refs #9050

We now have improved mailchimp plugin packaging, this hack is no longer needed.

refs #9982

parameters were not well parsed

refs #10657

Add additional scopes needed to run cwl tests on Crunch_v2

refs #10113

run-deploy.sh: make the concurrency of running puppet a configurable parameter.

No issue #

Improve error handling and reporting in run-cwl-test.sh script. no issue #

Merge branch '10194-arvados-jobs-version' refs #10194

10194: Make sure to install the version of arvados/jobs that arvados_cwl expects.

Remove excess params in debug message. No issue #

Bug fixes. No issue #

* Fix syntax errors and logging bug
* Use docker tag --force flag only if offered by docker tag --help
* Detect/fix wrong group_class (bug in install docs)

Add install-arvados-jobs-image script. No issue #

run-cwl-test.sh needs one more permission in its scoped token.

No issue #

Add required permissions for run-cwl-test.sh

refs #9459

Upgrade run-cwl-test.sh a bit:

* no longer run as root on the destination (ugh, seriously!)
* make it set up its requirements itself if they aren't present

No issue #

fixed bug on the way we deploy docker arvados/jobs image.

The group wasn't added to arvados/jobs image, making the query of CWL runs using an old image, with an old cwl-runner

refs #9856

Merge branch '9784-update-scopes' closes #9784

Remove CWL test exclusions, no issue #

9784: Update scopes to the ones actually in use by CI.

Use wrapper to enable checksums in cwl conformance tests.

refs #9552

added run-cwl-test.sh  for running cwl-test on the clusters

refs #9459

Make sure to tag the docker image as latest even if it already exists.

refs #9254

Merge branch '9254-latest-tag'

refs #9254

9254: adding latest tag https://dev.arvados.org/issues/9254#note-4

refs #9254

Merge branch '8750-run-deploy-in-parallel'

closes #8750

run_upload_packages: Improve names around run_and_grep.

No issue #, just easier to comprehend I hope.

run_upload_packages ensures destination scp directory exists.

This prevents build failures like
<https://ci.curoverse.com/job/build-packages-sso/24/console>.
No issue #.

Merge branch '9309-python-redundant-upload-wip'

Refs #9309.  Closes #9393.

8750: parallel deploy is working

in the old code there was a serial excecution that collected exitcodes
EXITCODE=$(($EXITCODE + $ECODE))

in the new code we'll have to re-think this. But this first commit actually deploys in parallel

9309: run_upload_packages checks for re-upload errors from PyPI.

We are getting this new error after upgrading ci to jessie.

Merge branch '9309-centos7-uplaods-wip'

Refs #9309.

9309: Add support for uploading centos7 packages.

9224: Update each TimestampFile after upload.

This is a follow-up to 2fecb120e5b9be7a85f209e90114731f3e95f709.

Remove a bunch of files that were moved to the arvados repository.

No issue #

We need a per-target last_upload timestamp file.

refs #9224

CWL build script maintenance.  refs #8980

adding an extra script for parallel puppet runs

refs #8750

The upload script now uses a per-distro tmp directory.

No issue #

Fix backports dir search for PACKAGE="llfuse==0.41.1". refs #8345

Merge branch '8345-llfuse-unpin' refs #8345

8345: Need "yum install -y" to reliably install rpm packages.

8345: 8491: Downgrade to llfuse 0.41 until #8345 gets sorted out (but keep the fuse backports).

Get the go binary from a http url instead of https, so that our
transparent proxy can cache it.

No issue #

Build package for arvados-cwl-runner.

refs #8671

refs #8558
Merge branch '8558-add-cwl-jenkins'

8558: add cwl to jenkins

8345: Uninstall old llfuse from reused virtualenv, if necessary.

8345: Merge branch 'master' into 8345-llfuse-unpin

8345: Fix up log messages to show which distro/package is being built/tested.

8345: Build contextlib2 backport, needed by python-llfuse on debian7.

8345: Add build-essential to ubuntu1204 package-building image

8345: Build and install new fuse libs before building llfuse.

Build arvbox instead of the old docker images.

refs #8231

8345: Use a separate vendor/cache for each OS target. See dev.arvados.org/issues/8345#note-11

Remove arvbox from arvados-dev (now in arvados/tools) refs #8231

Merge branch 'master' into 8345-llfuse-unpin

8371, 8413: Bump Rails package iteration.

Build these bug fixes into new packages.
Closes #8371, #8413.

Merge branch '8413-fix-rails-postinst-chgrp-wip'

Refs #8413.  Closes #8475.

8413: Rails postinst doesn't chgrp root /etc/arvados.

Non-sensitive Rails configuration files can be 0644 root:root.
Porting those permissions is fine for the individual configuration
file, but not the parent directory tree.  Don't change the group of
the directory tree in this case.

Merge branch '8371-centos-postrm-bugfix-wip'

Refs #8371.  Closes #8476.

8371: Rails postrm only fires after removing last RPM.

This prevents removing the package files when the postrm script is
called for the old version of a package after doing an upgrade.

RPM post- scripts are called with $1 as the number of versions of the
package currently installed on the system.  0 means the last version
has been removed.  We only want to remove files in that case.

Merge branch 'arvbox-fixes' no issue #

Tweak slurm configuration to run as non-root user.

Fix arvados-login-sync for vm account creation

Generalize arvbox 'svrestart' to 'sv' no issue #

Merge branch 'master' into 8345-llfuse-unpin

Conflicts:
jenkins/run-build-packages.sh

Install bundler gem in all build containers.

RVM used to install bundler by default, but now it doesn't.

https://github.com/rvm/rvm/commit/dc07790042d78c525d7d52616c78cb2d55c0e764

I suppose some systems (like Jenkins) have been able to continue
working because they have cached docker images that were built before
RVM dropped bundler (1.26.11 -- Mar 30, 2015).

But on a new system, we ended up here:

[...]
Package python3-websocket-client_0.35.0-1_all.deb exists, not rebuilding
/jenkins/run-library.sh: line 139: bundle: command not found
ERROR: arvados-api-server package prep failed
/jenkins/run-build-packages.sh: line 492: bundle: command not found
ERROR: Asset precompilation failed
ERROR:  build failed with exit status 1.

No issue #

Fix dependencies after installing built package. refs #8345

Pin package builds of the google-api-python-client and oauth2client
packages to a known-working version.

no issue #

8345: Add libselinux-dev build-dep missed by awk script, skip "recommended" packages

uses variable for curl output filename and makes curl foLlow redirects

cleans up debian/changelog generation per tomclegg's comment

adds safety quotes and '-[0-9]' before wildcard as suggested in PR #6 comments

adds safety quotes and '_' before wildcard as suggested in PR #6 comments

Run slurmctld and slurmd inside arvbox. refs #6518

Move services to /var/lib/arvbox/services because they include logs and logs
don't go in /usr. no issue #

Explicitly install Docker 1.9.1 instead of using get.dockerproject.org (which gets the latest). no issue #

Add crunch-dispatch-local to arvbox.  no issue #

Add arvbox support for overriding settings in application.yml
no issue #