Merge pull request #145 from fmichonneau/fix-checkpoint

fix swcarpentry/lesson-example#118: use checkpoint::scanForPackages

fix swcarpentry/lesson-examples#118: use checkpoint::scanForPackages

Merge pull request #139 from rgaiacs/improve-wording

Improve wording on syllabus.html

Improve wording on syllabus.html

As suggested by @gcapes.

Merge pull request #138 from swcarpentry/revert-129-dt-ids

Revert "ensure dt elements have an id set"

Revert "ensure dt elements have an id set"

Merge pull request #137 from rgaiacs/styles-numbering

Numbering the lessons in the schedule

Numbering the lessons in the schedule

Related with https://github.com/swcarpentry/styles/issues/80.

Merge pull request #136 from rgaiacs/styles-edit-on-github

Edit on GitHub

Fix issue with link to GitHub from RMarkdown files

Jekyll doesn't export the _episodes_rmd so we need to flag the files.
Each Rmd file must have in the YAML header

    source: Rmd

Adopt @lexnederbragt suggestion for Edit link

https://github.com/swcarpentry/lesson-example/pull/104#issuecomment-283310978

Change Edit on GitHub link to edit page

Add link to Edit on GitHub

Merge pull request #135 from rgaiacs/106

Update copyright year with current year

Update copyright year with current year

Merge pull request #133 from rgaiacs/styles-round-corners

Improve round corners on block input and output

Improve round corners on block input and output

Merge pull request #132 from rgaiacs/table

Make tables wider

Make tables wider

Close https://github.com/swcarpentry/styles/issues/101.

Merge pull request #129 from neon-ninja/dt-ids

ensure dt elements have an id set

Merge pull request #127 from rgaiacs/fix-syllabus

Fix layout of syllabus table

Merge pull request #109 from gvwilson/adding-jquery-debugging

Adding JQuery debugging

Merge pull request #117 from maxim-belkin/patch-2

Visually separate inline code blocks

Merge pull request #126 from gvwilson/consolidating-links

Checking consolidated links

Add javascript comments to the dt-ids snippet

ensure dt elements have an id set

Merge pull request #128 from wking/example-site-reference

bin/lesson_initialize.py: Remove 'example-site' reference

bin/lesson_initialize.py: Remove 'example-site' reference

The consumer was removed by 079d7d50 (Updating contribution guidelines
in boilerplate, 2016-06-26).

Enforce Bootstrap's 12 column layout

Add multiday condition on _includes/syllabus.html

Add missing class on _includes/syllabus.html

Addition of link to setup had one too few columns.

Rev 7da36a56c0ee added a new row to the syllabus table with only 11 columns (instead of 12), which broke layout.
This fix adds the missing space.

Checking consolidated links

Merge pull request #123 from gvwilson/mentioning-library-carpentry

Including mention of Library Carpentry in include files

Merging changes from other branches

Merge pull request #119 from itcarroll/gh-pages

Knit episodes only when any one RMarkdown source changes

Merge pull request #122 from gvwilson/commenting-includes

Adding comments on purposes of include files

Merge pull request #121 from gvwilson/prev-next

Using page.previous and page.next for links instead of loop

Including mention of Library Carpentry in include files

Adding comments on include files purposes

Using page.previous and page.next for links instead of loop

Merge pull request #116 from maxim-belkin/patch-1

lesson.scss: 2em left padding for lists

changes lesson-rmd target to lesson-md with new recipe

Visually separate inline code blocks

Change text color, background color and padding around inline code blocks

lesson.scss: 2em left padding for lists

Example of the problem: see "Ten Things You Need To Know" from http://swcarpentry.github.io/lesson-example/
For numbered lists that have more that 9 elements 1 em padding on the left is not sufficient. The result is that "1" in numbers "10" and above is printed on top of the border of encapsulating HTML block. 2 em padding solves this problem for lists with less that 100 elements. It should be safe to safe to assume that numbered lists in Carpentries' lessons should not have more than 99 items.

Merge pull request #108 from gvwilson/library-carpentry

Starting to incorporate Library Carpentry materials

Web site for Library Carpentry

Merge branch 'gh-pages' into library-carpentry

Merge pull request #110 from rgaiacs/setup

Add link to setup from schedule

Add link to setup from schedule

Updating lesson checker to include Library Carpentry values

Tidying up references to LC

Adding link to citation

Contact address

Merge branch 'gh-pages' into adding-jquery-debugging

Merge pull request #107 from gvwilson/training-survey

Adding link to training survey to config

Fixing typo in license file

Starting to incorporate Library Carpentry materials

Adding link to training survey to config

Merge pull request #105 from gvwilson/analytics

Adding Google Analytics code

Adding Google Analytics code

Merge pull request #103 from evanwill/accessibility-fix

accessibility fixes.

Merge pull request #104 from evanwill/search-fix

fix search meta tag.

fix search meta tag.

accessibility fixes.
Add label to search box and navigation arrows.

Adding checks for things that commonly go wrong during template conversion.

1. Checking that `index.md` has `root` set to '.'
2. Checking that `_config.yml` has `root` set to '..'

Removing trailing space in Ruby file

Displaying break information in a box

Adding ID attribute to schedule

Changing name of instructor's guide to 'instructor notes'

Adding footnote about syllabus

Navigation links in footer

Switch to relative: setup default root and specific root for index.md

Switch to relative: in episode_title, use page.root + rewrite

Switch to relative: use page.root in most templates

Merge pull request #92 from swcarpentry/twitwi-patch-1

Fix "br" typo causing ugly rendering (epub only)

Fix "br" typo causing ugly rendering (epub only)

</br> instead of <br/> renders fine in the browser but not in an epub

To help with debugging

Adding a few more URLs

Updating the lesson initializer's CONTRIBUTING.md

Checking that internally-defined links resolve.

An internally-defined Markdown link has the form [xxx][yyy].  If the
ID 'yyy' doesn't resolve, the text is left as-is, so we check for
that, then subtract those that reference configuration values using
'{{'.  It's a hack, but it'll catch at least a few things.

Checking future print

Moving from __future__ to start of file

Merge pull request #85 from gdevenyi/gh-pages

Import future print in case of python2 environment

Import future print in case of python2 environment

Merge pull request #83 from fmichonneau/check-r-packages

[fix # 82] Check R packages required by the lesson

Loading standard images via HTTPS

Forcing CSS and Javascript to be loaded via HTTPS.

Using `site.github.url` to refer to the repository fails to load resources when the GitHub Pages site is accessed via HTTPS, because `site.github.url` is `http` protocol.  This modifies loads of CSS and Javascript files to always use `https`.

simplify code checking for knitr

check packages required and install them if needed

Ignoring a few more things

Cleaning up sorting of error messages.

Closes #75.

Always checking upstream

Using 00:00 as a start time

Cleaning up prev/next logic

Synchronizing lesson checker with late changes

Lesson initializer

Switching to GitHub-defined variables

Making the code a little more robust

Adding support for MATLAB