Fix validation for syntax highlight

Change bin/chunk-options.R to use .language-r instead of r

Enable syntax highlighting

Based on https://github.com/swcarpentry/lesson-example/pull/144/files

Fix broken link

Close https://github.com/swcarpentry/lesson-example/issues/145.

Fix root YAML variable in bin/lesson_initialize.py

Close #186

Fix email as keyword in bin/lesson_check.py

Merge pull request #185 from rgaiacs/178

Adopt email instead of contact as keyword

Adopt email instead of contact as keyword

Close #178

Merge pull request #184 from rgaiacs/styles-js-load-images

Replace extract_figures.py with Javacript

Replace extract_figures.py with Javacript

Demo at https://github.com/swcarpentry/lesson-example/pull/132/.

Merge pull request #165 from brandoncurtis/keyboard-keys

add keyboard key style

Merge pull request #183 from rgaiacs/gh-pages

Fix concept-maps link

Fix concept-maps link

Close #176

Merge pull request #182 from rgaiacs/gh-pages

Fix github-importer link

Fix github-importer link

Close #177

Merge pull request #181 from rgaiacs/styles-offline

Add "Offline" Capable

Add "Offline" Capable

This is based on https://github.com/swcarpentry/lesson-example/pull/127/.

Merge pull request #174 from IanLee1521/fix-episode-nav-wrapping

Fix episode nav wrapping

Pull left / right arrows in episode nav to outside of row

Converted to `col-xs-*` from `col-md-*` classes for navbar div

By doing this, when a page is heavily zoomed in (e.g. 500%) the navbar
icons stay in the same row, rather than breaking onto two different rows.

Merge pull request #169 from jsta/patch-1

Load methods package

Load methods package

Building `md` from `Rmd` in a script like this will break if the `methods` package is not called and the code includes class object routines. See https://github.com/r-spatial/sf/issues/478

use <kbd></kbd> for keyboard keys

SWC uses block inline attribute lists for e.g. code blocks, but I think this HTML tag is much simpler and more understandable than <pre>*Enter*{:.keyboard} ...</pre>

add keyboard key style

Merge pull request #163 from mawds/sortfigs

Output episode figures in correct order

Sort HTML_DST output

Sort episodes before producing figures

Merge pull request #159 from rgaiacs/lc-svg-logo

Add Library Carpentry SVG logo

Update Library Carpentry logo

Add Library Carpentry SVG logo

Merge pull request #158 from rgaiacs/fix-logo-nav

Fix logo at navbar

Fix logo at navbar

by run

~~~
$ find _includes -type f -exec sed -i "s/page.carpentry/site.carpentry/g" {} \;
$ find _layouts -type f -exec sed -i "s/page.carpentry/site.carpentry/g" {} \;
$ find _extras -type f -exec sed -i "s/page.carpentry/site.carpentry/g" {} \;
$ find _episodes -type f -exec sed -i "s/page.carpentry/site.carpentry/g" {} \;
$ find bin -type f -exec sed -i "s/page.carpentry/site.carpentry/g" {} \;
$ find assets -type f -exec sed -i "s/page.carpentry/site.carpentry/g" {} \;
~~~

Merge pull request #157 from rgaiacs/155

Unify Library Carpentry logo

Unify Library Carpentry logo

Close #155

Merge pull request #156 from jnothman/patch-1

Link LC as for SWC and DC

Link LC as for SWC and DC

Handler for collaborative_notes

See https://github.com/swcarpentry/workshop-template/issues/410

Revert "Remove CONDUCT.md since it should be generate by bin/lesson_initialize.py"

This reverts commit 1e56203d492a1a13d86756fb5e9d754ed2cae0f8.

Fix bug with Python script

Remove CONDUCT.md since it should be generate by bin/lesson_initialize.py

Remove extra link to Library Carpentry

Merge pull request #149 from rgaiacs/styles-print

Add all in one lesson build with Javascript

Add all in one lesson build with Javascript

Merge pull request #148 from rgaiacs/show-challenges

Make challenges and discussion visibles

Make challenges and discussion visibles

This is based on
https://github.com/swcarpentry/instructor-training/pull/437/files and
https://github.com/swcarpentry/instructor-training/pull/439/files,
both write by @ErinBecker.

Merge pull request #147 from rgaiacs/update-coc

Updated CONDUCT.md

Updated CONDUCT.md

Rebased of https://github.com/swcarpentry/lesson-example/pull/116/.

Thanks to @tracyteal.

Merge pull request #143 from ErinBecker/gh-pages

Suggest template language

Merge pull request #142 from rgaiacs/styles-library-carpentry

Add Library Carpentry to the workshop template

Merge pull request #146 from fmichonneau/check-version-checkpoint

make sure that checkpoint version is 0.4.0 or higher

make sure that checkpoint version is 0.4.0 or higher

Merge pull request #145 from fmichonneau/fix-checkpoint

fix swcarpentry/lesson-example#118: use checkpoint::scanForPackages

fix swcarpentry/lesson-examples#118: use checkpoint::scanForPackages

Suggest template language

Add Library Carpentry to the workshop template

Includes @drjwbaker's description of Library Carpentry.

Merge pull request #139 from rgaiacs/improve-wording

Improve wording on syllabus.html

Improve wording on syllabus.html

As suggested by @gcapes.

Merge pull request #138 from swcarpentry/revert-129-dt-ids

Revert "ensure dt elements have an id set"

Revert "ensure dt elements have an id set"

Merge pull request #137 from rgaiacs/styles-numbering

Numbering the lessons in the schedule

Numbering the lessons in the schedule

Related with https://github.com/swcarpentry/styles/issues/80.

Merge pull request #136 from rgaiacs/styles-edit-on-github

Edit on GitHub

Fix issue with link to GitHub from RMarkdown files

Jekyll doesn't export the _episodes_rmd so we need to flag the files.
Each Rmd file must have in the YAML header

    source: Rmd

Adopt @lexnederbragt suggestion for Edit link

https://github.com/swcarpentry/lesson-example/pull/104#issuecomment-283310978

Change Edit on GitHub link to edit page

Add link to Edit on GitHub

Merge pull request #135 from rgaiacs/106

Update copyright year with current year

Update copyright year with current year

Merge pull request #133 from rgaiacs/styles-round-corners

Improve round corners on block input and output

Improve round corners on block input and output

Merge pull request #132 from rgaiacs/table

Make tables wider

Make tables wider

Close https://github.com/swcarpentry/styles/issues/101.

Merge pull request #129 from neon-ninja/dt-ids

ensure dt elements have an id set

Merge pull request #127 from rgaiacs/fix-syllabus

Fix layout of syllabus table

Merge pull request #109 from gvwilson/adding-jquery-debugging

Adding JQuery debugging

Merge pull request #117 from maxim-belkin/patch-2

Visually separate inline code blocks

Merge pull request #126 from gvwilson/consolidating-links

Checking consolidated links

Add javascript comments to the dt-ids snippet

ensure dt elements have an id set

Merge pull request #128 from wking/example-site-reference

bin/lesson_initialize.py: Remove 'example-site' reference

bin/lesson_initialize.py: Remove 'example-site' reference

The consumer was removed by 079d7d50 (Updating contribution guidelines
in boilerplate, 2016-06-26).

Enforce Bootstrap's 12 column layout

Add multiday condition on _includes/syllabus.html

Add missing class on _includes/syllabus.html

Addition of link to setup had one too few columns.

Rev 7da36a56c0ee added a new row to the syllabus table with only 11 columns (instead of 12), which broke layout.
This fix adds the missing space.

Checking consolidated links

Merge pull request #123 from gvwilson/mentioning-library-carpentry

Including mention of Library Carpentry in include files

Merging changes from other branches

Merge pull request #119 from itcarroll/gh-pages

Knit episodes only when any one RMarkdown source changes

Merge pull request #122 from gvwilson/commenting-includes

Adding comments on purposes of include files

Merge pull request #121 from gvwilson/prev-next

Using page.previous and page.next for links instead of loop

Including mention of Library Carpentry in include files

Adding comments on include files purposes

Using page.previous and page.next for links instead of loop

Merge pull request #116 from maxim-belkin/patch-1

lesson.scss: 2em left padding for lists

changes lesson-rmd target to lesson-md with new recipe

Visually separate inline code blocks

Change text color, background color and padding around inline code blocks

lesson.scss: 2em left padding for lists

Example of the problem: see "Ten Things You Need To Know" from http://swcarpentry.github.io/lesson-example/
For numbered lists that have more that 9 elements 1 em padding on the left is not sufficient. The result is that "1" in numbers "10" and above is printed on top of the border of encapsulating HTML block. 2 em padding solves this problem for lists with less that 100 elements. It should be safe to safe to assume that numbered lists in Carpentries' lessons should not have more than 99 items.

Merge pull request #108 from gvwilson/library-carpentry

Starting to incorporate Library Carpentry materials

Web site for Library Carpentry