Forcing CSS and Javascript to be loaded via HTTPS.

Using `site.github.url` to refer to the repository fails to load resources when the GitHub Pages site is accessed via HTTPS, because `site.github.url` is `http` protocol.  This modifies loads of CSS and Javascript files to always use `https`.

Ignoring a few more things

Cleaning up sorting of error messages.

Closes #75.

Always checking upstream

Using 00:00 as a start time

Cleaning up prev/next logic

Synchronizing lesson checker with late changes

Lesson initializer

Switching to GitHub-defined variables

Making the code a little more robust

Adding support for MATLAB

Handling anchors by ignoring them

Tighter checks for figures

Checking for links to figures

Starting on tool to check repository settings.

1.  Created `bin/repo_check.py`.
2.  Moved `require()` to `util.py`.
3.  Updated `Makefile` with new target.

Checking more configuration values

Must provide permalinks in pages, not layouts

Checking for .nojekyll file

Images cannot be wider than the page

Merge branch '2016-06' of github.com:swcarpentry/styles into 2016-06

Looking for missing or superfluous images

Merge pull request #73 from fmichonneau/knitr_fig_path

add function knitr_fig_path

Lesson checking parameter handling

add function knitr_fig_path

Checking ends of lines

Merge branch 'move-data' of https://github.com/fmichonneau/styles into fmichonneau-move-data

re-add ./data folder

simplify to single _episodes_rmd/data folder

Merge branch 'styling-workshops' into 2016-06

Merge branch 'markdownify' into 2016-06

Merge branch 'converting-to-reporter' into 2016-06

Merge branch '2016-06' of github.com:swcarpentry/styles into 2016-06

Updating contribution guidelines in boilerplate

Merge pull request #67 from gvwilson/clean-rmd

Only cleaning intermediate R files on demand.

Making pages work for workshops as well as lessons

Styling workshops correctly.

1.  Use site.root for root path if set, otherwise use site.github.url.
2.  Display extra files for workshop-template repo as well as for lessons.

Markdownifying questions, keypoints, etc.

Adding error handling for YAML import.

1.  Moving all YAML library usage into 'util.py' via utility function.
2.  Wrapping 'import yaml' in error handling to report what library to install.

Checking CONTRIBUTING.md (without YAML)

Converting workshop checker to use Reporter class.

1.  Converting error reporting.
2.  Simplifying checking logic.
3.  Refactoring metadata loading.
4.  Modifying lesson checker to reflect refactoring.

Closes #47.

Checking for non-Markdown files.

Closes #55.

Only cleaning intermediate R files on demand.

1.  Splitting commands to clean intermediate R files into separate target.  These files must be committed to the repo, so they shouldn't be deleted under normal circumstances.
2.  Modifying intermediate file generation to create fig/rmd-* rather than fig/swc-rmd-*, since this template is used by other carpentries (not just SWC).

move data/ into _episodes/ and _episodes_rmd/

`generate_md_episodes()` is modified such that datasets storred into
_episodes_rmd/data/ needed to knit the episodes, are copied into
_episodes/data/, and are made available at the root of the site.

Merge pull request #64 from gvwilson/building-r

Only try building R files if there are some

Changing text of auto-generated file

Merge branch '2016-06' into building-r

Updating _config_dev.yml to match changes to root and repo vars

Switching to site.root and site.repo

Only try building R files if there are some

Better display of file groups in Makefile

Merge pull request #62 from fmichonneau/fix-knitr-env

use anonymous function to generate markdown files

use anonymous function to generate markdown files

Checking metadata fields more carefully

Printing error messages in sorted order

Checking that episodes are numbered consecutively

Making line-length checking optional for lessons.

1.  Modify `read_markdown` to return list of (index, line, line_length).
2.  Modify `lesson_check.py` to make line-length checking optional.

Raising exception instead of printing error on bad YAML

Merge pull request #61 from fmichonneau/fix-rmd-formatting

Fix Rmd formatting

remove extra line return in knitr output

use .r instead of .source for code chunks

Directory for R Markdown files

Removing legacy PHONY target lesson-single

Merge pull request #56 from fmichonneau/rmarkdown-tools

add tools to deal with episodes written in Rmd

add tools to deal with episodes written in Rmd

Making nav bar responsive

Tidying up based on first contact with R maintainers.

1.  Renaming Ruby file to use underscore in name (consistent with other `bin` scripts).
2.  Generating `_includes/all_figures.html` for the first time when creating a new lesson.

Preparing for June 2016 release

Fixing typo

CSS cataloguing tool

Merge pull request #30 from twitwi/master

fix #26: updated bundled deck.js, including the fix on browsercast

fix #26: updated bundled deck.js, including the fix on browsercast

this bundle is used also for browsecast-less presentations
and thus browsercast should not unbind the space in this case
and that's solved now

Merge branch 'styles-compatible' into new-style

Merge branch 'style-img-responsive' into new-style

Merge branch 'upgrade-bootstrap' into new-style

Merge pull request #24 from fmichonneau/merge-badge-classes

consolidate badge classes to swc.css

Fix path of fonts

CSS compatible with different versions of Pandoc

Improve figures

Figures should be centered
and not overflow the screen.

Bootstrap v3.3.4

consolidate badge classes to swc.css

the class removed are unused as we take advantage of classes provided by
Bootstrap instead.

Merge pull request #18 from r-gaia-cs/styles-card

Add documentation about card class

Add documentation about card class

Merge pull request #17 from r-gaia-cs/style-panels

Better style for challenges

Merge pull request #16 from r-gaia-cs/styles-fix-background

Fix background for lessons

Fix: styles for panel heading

There's a note in
https://github.com/swcarpentry/lesson-template/pull/182
explaining why we need to fix style for panel heading.

Add Bootstrap theme

This makes some things look nicer (e.g. adds gradients, etc).

Fix background for lessons

Merge pull request #12 from fmichonneau/site-update

Update CSS to go with the SWC site template update

Merge pull request #10 from pbanaszkiewicz/fix-table-styles

Fix: styles for tables in SQL lessons

fix footer for small displays

fix swcarpentry/site#844 reposition button on small displays

fix navbar

fix blockquote

swc.css: Add striped rows to tables

Now the style is matching closely `.table-bordered` from Bootstrap.
I decided to leave the header row background blank because it was too
close in color to `#F9F9F9` - our new rule for even rows in the table.

I also increased horizontal padding by 5px on both sides, because now
that we have vertical borders it was too cramped.

Additionaly I introduced borders for every cell in the table.

Fix: styles for tables in SQL lessons

Previously: table cells had no padding, which caused a visual collapse
(cell content was too close to cell neighbors). Table header rows had
dark blue background and black letters.  Tables had no space between
them and following paragraphs.

Changes:
* added 5px padding to cell contents
* changed header row background to gray-ish (I considered switching text
  color to white, but it didn't look good)
* 15px margin on the bottom of the tables (similarly to bottom margin
  used by paragraph style).

fix #8 (font size for code in headings)

fix navbar on smaller displays

bump z-index for ribbon

fix footer

fix swcarpentry/styles#4 github ribbon position