add tools to deal with episodes written in Rmd

Making nav bar responsive

Tidying up based on first contact with R maintainers.

1.  Renaming Ruby file to use underscore in name (consistent with other `bin` scripts).
2.  Generating `_includes/all_figures.html` for the first time when creating a new lesson.

Preparing for June 2016 release

Fixing typo

CSS cataloguing tool

Merge pull request #30 from twitwi/master

fix #26: updated bundled deck.js, including the fix on browsercast

fix #26: updated bundled deck.js, including the fix on browsercast

this bundle is used also for browsecast-less presentations
and thus browsercast should not unbind the space in this case
and that's solved now

Merge branch 'styles-compatible' into new-style

Merge branch 'style-img-responsive' into new-style

Merge branch 'upgrade-bootstrap' into new-style

Merge pull request #24 from fmichonneau/merge-badge-classes

consolidate badge classes to swc.css

Fix path of fonts

CSS compatible with different versions of Pandoc

Improve figures

Figures should be centered
and not overflow the screen.

Bootstrap v3.3.4

consolidate badge classes to swc.css

the class removed are unused as we take advantage of classes provided by
Bootstrap instead.

Merge pull request #18 from r-gaia-cs/styles-card

Add documentation about card class

Add documentation about card class

Merge pull request #17 from r-gaia-cs/style-panels

Better style for challenges

Merge pull request #16 from r-gaia-cs/styles-fix-background

Fix background for lessons

Fix: styles for panel heading

There's a note in
https://github.com/swcarpentry/lesson-template/pull/182
explaining why we need to fix style for panel heading.

Add Bootstrap theme

This makes some things look nicer (e.g. adds gradients, etc).

Fix background for lessons

Merge pull request #12 from fmichonneau/site-update

Update CSS to go with the SWC site template update

Merge pull request #10 from pbanaszkiewicz/fix-table-styles

Fix: styles for tables in SQL lessons

fix footer for small displays

fix swcarpentry/site#844 reposition button on small displays

fix navbar

fix blockquote

swc.css: Add striped rows to tables

Now the style is matching closely `.table-bordered` from Bootstrap.
I decided to leave the header row background blank because it was too
close in color to `#F9F9F9` - our new rule for even rows in the table.

I also increased horizontal padding by 5px on both sides, because now
that we have vertical borders it was too cramped.

Additionaly I introduced borders for every cell in the table.

Fix: styles for tables in SQL lessons

Previously: table cells had no padding, which caused a visual collapse
(cell content was too close to cell neighbors). Table header rows had
dark blue background and black letters.  Tables had no space between
them and following paragraphs.

Changes:
* added 5px padding to cell contents
* changed header row background to gray-ish (I considered switching text
  color to white, but it didn't look good)
* 15px margin on the bottom of the tables (similarly to bottom margin
  used by paragraph style).

fix #8 (font size for code in headings)

fix navbar on smaller displays

bump z-index for ribbon

fix footer

fix swcarpentry/styles#4 github ribbon position

Merge github.com:swcarpentry/styles into site-update

modify CSS for navbar

fix urls for location of glyphicons

remove unneeded classes

fix class for navbar

Merge pull request #6 from fmichonneau/fix-typo

add missing bracket

add missing bracket

Merge pull request #3 from fmichonneau/upgrade-bootstrap

Upgrade bootstrap

Merge github.com:swcarpentry/styles into upgrade-bootstrap

Conflicts:
css/swc-bootstrap.css
css/swc.css

Merge pull request #5 from swcarpentry/join-site-lesson

Join CSS from site and lessons

Merge branch 'site'

Use unified CSS from site.

As per swcarpentry/lesson-template#140, but only the core CSS
changes.

Move files (from site) into css

Merging @r-gaia-cs improvements

Small improvements to CSS

-   Remove extra space before title of boxes
-   Remove background color of boxes when printing
-   Add "Input", "Output" and "Error" tips for code blocks
    when printing
-   Avoid duplicate lines

added some challenge CSS

Improve callout box

and "learning objectives" box.

Blockquote margins

Set up code color

Remove border bottom from title

Clean CSS file

use correct swc.css file

consolidate CSS files

upgrade to bootstrap 3.3.2

Separate out some specific workshop classes.

The workshop template is mostly plain bootstrap, so getting it work
alongside the site CSS seems mostly straightforward. We only need to
add in a .workshop class to the body, and a .card class to the
.container in the workshop. Everything else is bootstrap content.

This commit also removes the banner.html include since this did not
seem to be removed in the main site, but was referenced in the CSS.
Removing it makes it clear the .banner class is only needed in the
workshop, not here.

Cleaning up nav bar

Reformatting instructor bios

Instructor training registration form
* add Country drop down select
* add Gender

Move files into css

Replace bootcamp with workshop

~~~
$ for file in $(grep -r -l 'bootcamp' .); do sed -i 's/bootcamp/workshop/g' $file; done
$ for file in $(grep -r -l 'boot camp' .); do sed -i 's/boot camp/workshop/g' $file; done
~~~

and others minors changes.

Close #240.

Changing wording in everything except blog posts

Merge pull request #535 from gvwilson/rewriting-shell-lesson-using-nelle

Rewriting novice shell lesson so that everything refers to Nelle instead of Vlad.

Update IPython Notebook template

- Improve to handle err class
- Improve pandoc support

Shrink the font size for print version

Add CSS for printing

The CSS was add at our main CSS and remove from printing:

- Logo at header
- GitHub ribbon
- Footnote

Close #561.

Update template for book to rely on CSS

Use h2 tag for "subtitle" will break any tool used to convert HTML
for another format. This commit replace h2 with span and rely on
CSS for have the same look.

Merge pull request #447 from r-gaia-cs/github

Add GitHub Ribbon to our lessons

Novice shell lesson is now written in terms of Nelle instead of Vlad.

Improve CSS for GitHub ribbon

- For small screen, preserve margin.
- Use css-beautify

Add GitHub Ribbon to our lessons

Backport of 9a19e91 from swcarpentry/site.

All credits to Abigail Cabunoc <abigail.cabunoc@oicr.on.ca>
for the awesome work with CSS.

Cross browser - stop text wrap in ff
* #462

Change to a css github ribbon
* responsive for smaller screens
* move menu over more - click will always open menu
* #462

Fix btn-nav position due GitHub Ribbon

Converting to individual challenge div's in the novice shell lessons

Merge pull request #385 from r-gaia-cs/css-mobile

Add CSS media query to improve logo position

Cleaning up novice extras

Add CSS media query to improve logo

Getting the pre-formatted code's color right

Merge branch 'sticking-with-jekyll' of github.com:gvwilson/bc into sticking-with-jekyll

*   Getting rid of old cheat sheets
*   Indenting error output cells
*   Removing explicit 'level' keys from Markdown files
*   Storing the generated files so that people who don't use those tools won't have to regenerate them.
*   Modifying .gitignore to reflect this.
*   Updating the Makefile to run Jekyll exactly once.
*   Command to install on the server
*   No longer worrying about making a page of images
*   Better (more guessable) name for the target that builds the website
*   Fixing image paths
*   Fixing up glossary entries

Indenting error output cells

Cleaning up css
* remove unused classes copied from google form
* moved styles to swc.css
* #361

CSS arrow to mark input and output

**Note**: This is a prototype.

Instead of "In" and "Out" use arrow to mark the input and output
of IPython lessons.

To construct the arrows we only use CSS.

Inlining contents of generic bootcamp index page

1.  Moving general information about bootcamps and setup instruction into `index.html`
    (instead of using %include directives).
2.  Deleting unused include files containing general bootcamp information.
3.  Leaving the setup instruction snippets in place for now.
4.  Modifying CSS to format things more cleanly now that they're inlined.

Preparing material for Version 5 novice release

Change header case for @r-gaia-cs

navbar & links
* input from @r-gaia-cs
* links on hover: darker & underline
* move search bar to bottom on collapse

Navbar work
* mostly the collapsed the bar, make less awkward
* some link colour changes

Editing out the notebook-specific stuff in Mike Hansen's post

Merge branch 'master' of github.com:synesthesiam/site into synesthesiam-master

Changing default mailing address and putting contact email in footer

Fixed conflicts