Merge pull request #193 from rgaiacs/gh-pages

Fix bin/lesson_initialize.py

Fix bin/lesson_initialize.py

If _extras/figures.md exists,

    $ ./bin/lesson_initialize.py

will return

    Warning: _extras/figures.md already exists.
    **Exiting without creating files.**

Copy _extras/figures.md from lesson example

Port changes from workshop

Port changes from workshop

Rename _includes/lc/syllabys.html to _includes/lc/syllabus.html

Close #150

Fix usage instruction at bin/workshop_check.py

Close #152.

Merge pull request #192 from rgaiacs/syntax-highlight

Syntax highlight

Remove check for all_figures.html now that we are using Javascript

Fix validation for syntax highlight

Change bin/chunk-options.R to use .language-r instead of r

Enable syntax highlighting

Based on https://github.com/swcarpentry/lesson-example/pull/144/files

Fix broken link

Close https://github.com/swcarpentry/lesson-example/issues/145.

Fix root YAML variable in bin/lesson_initialize.py

Close #186

Fix email as keyword in bin/lesson_check.py

Merge pull request #185 from rgaiacs/178

Adopt email instead of contact as keyword

Adopt email instead of contact as keyword

Close #178

Merge pull request #184 from rgaiacs/styles-js-load-images

Replace extract_figures.py with Javacript

Replace extract_figures.py with Javacript

Demo at https://github.com/swcarpentry/lesson-example/pull/132/.

Merge pull request #165 from brandoncurtis/keyboard-keys

add keyboard key style

Merge pull request #183 from rgaiacs/gh-pages

Fix concept-maps link

Fix concept-maps link

Close #176

Merge pull request #182 from rgaiacs/gh-pages

Fix github-importer link

Fix github-importer link

Close #177

Merge pull request #181 from rgaiacs/styles-offline

Add "Offline" Capable

Add "Offline" Capable

This is based on https://github.com/swcarpentry/lesson-example/pull/127/.

Merge pull request #174 from IanLee1521/fix-episode-nav-wrapping

Fix episode nav wrapping

Pull left / right arrows in episode nav to outside of row

Converted to `col-xs-*` from `col-md-*` classes for navbar div

By doing this, when a page is heavily zoomed in (e.g. 500%) the navbar
icons stay in the same row, rather than breaking onto two different rows.

Merge pull request #169 from jsta/patch-1

Load methods package

Load methods package

Building `md` from `Rmd` in a script like this will break if the `methods` package is not called and the code includes class object routines. See https://github.com/r-spatial/sf/issues/478

use <kbd></kbd> for keyboard keys

SWC uses block inline attribute lists for e.g. code blocks, but I think this HTML tag is much simpler and more understandable than <pre>*Enter*{:.keyboard} ...</pre>

add keyboard key style

Merge pull request #163 from mawds/sortfigs

Output episode figures in correct order

Sort HTML_DST output

Sort episodes before producing figures

Merge pull request #159 from rgaiacs/lc-svg-logo

Add Library Carpentry SVG logo

Update Library Carpentry logo

Add Library Carpentry SVG logo

Merge pull request #158 from rgaiacs/fix-logo-nav

Fix logo at navbar

Fix logo at navbar

by run

~~~
$ find _includes -type f -exec sed -i "s/page.carpentry/site.carpentry/g" {} \;
$ find _layouts -type f -exec sed -i "s/page.carpentry/site.carpentry/g" {} \;
$ find _extras -type f -exec sed -i "s/page.carpentry/site.carpentry/g" {} \;
$ find _episodes -type f -exec sed -i "s/page.carpentry/site.carpentry/g" {} \;
$ find bin -type f -exec sed -i "s/page.carpentry/site.carpentry/g" {} \;
$ find assets -type f -exec sed -i "s/page.carpentry/site.carpentry/g" {} \;
~~~

Merge pull request #157 from rgaiacs/155

Unify Library Carpentry logo

Unify Library Carpentry logo

Close #155

Merge pull request #156 from jnothman/patch-1

Link LC as for SWC and DC

Link LC as for SWC and DC

Handler for collaborative_notes

See https://github.com/swcarpentry/workshop-template/issues/410

Revert "Remove CONDUCT.md since it should be generate by bin/lesson_initialize.py"

This reverts commit 1e56203d492a1a13d86756fb5e9d754ed2cae0f8.

Fix bug with Python script

Remove CONDUCT.md since it should be generate by bin/lesson_initialize.py

Remove extra link to Library Carpentry

Merge pull request #149 from rgaiacs/styles-print

Add all in one lesson build with Javascript

Add all in one lesson build with Javascript

Merge pull request #148 from rgaiacs/show-challenges

Make challenges and discussion visibles

Make challenges and discussion visibles

This is based on
https://github.com/swcarpentry/instructor-training/pull/437/files and
https://github.com/swcarpentry/instructor-training/pull/439/files,
both write by @ErinBecker.

Merge pull request #147 from rgaiacs/update-coc

Updated CONDUCT.md

Updated CONDUCT.md

Rebased of https://github.com/swcarpentry/lesson-example/pull/116/.

Thanks to @tracyteal.

Merge pull request #143 from ErinBecker/gh-pages

Suggest template language

Merge pull request #142 from rgaiacs/styles-library-carpentry

Add Library Carpentry to the workshop template

Merge pull request #146 from fmichonneau/check-version-checkpoint

make sure that checkpoint version is 0.4.0 or higher

make sure that checkpoint version is 0.4.0 or higher

Merge pull request #145 from fmichonneau/fix-checkpoint

fix swcarpentry/lesson-example#118: use checkpoint::scanForPackages

fix swcarpentry/lesson-examples#118: use checkpoint::scanForPackages

Suggest template language

Add Library Carpentry to the workshop template

Includes @drjwbaker's description of Library Carpentry.

Merge pull request #139 from rgaiacs/improve-wording

Improve wording on syllabus.html

Improve wording on syllabus.html

As suggested by @gcapes.

Merge pull request #138 from swcarpentry/revert-129-dt-ids

Revert "ensure dt elements have an id set"

Revert "ensure dt elements have an id set"

Merge pull request #137 from rgaiacs/styles-numbering

Numbering the lessons in the schedule

Numbering the lessons in the schedule

Related with https://github.com/swcarpentry/styles/issues/80.

Merge pull request #136 from rgaiacs/styles-edit-on-github

Edit on GitHub

Fix issue with link to GitHub from RMarkdown files

Jekyll doesn't export the _episodes_rmd so we need to flag the files.
Each Rmd file must have in the YAML header

    source: Rmd

Adopt @lexnederbragt suggestion for Edit link

https://github.com/swcarpentry/lesson-example/pull/104#issuecomment-283310978

Change Edit on GitHub link to edit page

Add link to Edit on GitHub

Merge pull request #135 from rgaiacs/106

Update copyright year with current year

Update copyright year with current year

Merge pull request #133 from rgaiacs/styles-round-corners

Improve round corners on block input and output

Improve round corners on block input and output

Merge pull request #132 from rgaiacs/table

Make tables wider

Make tables wider

Close https://github.com/swcarpentry/styles/issues/101.

Merge pull request #129 from neon-ninja/dt-ids

ensure dt elements have an id set

Merge pull request #127 from rgaiacs/fix-syllabus

Fix layout of syllabus table

Merge pull request #109 from gvwilson/adding-jquery-debugging

Adding JQuery debugging

Merge pull request #117 from maxim-belkin/patch-2

Visually separate inline code blocks

Merge pull request #126 from gvwilson/consolidating-links

Checking consolidated links

Add javascript comments to the dt-ids snippet

ensure dt elements have an id set

Merge pull request #128 from wking/example-site-reference

bin/lesson_initialize.py: Remove 'example-site' reference

bin/lesson_initialize.py: Remove 'example-site' reference

The consumer was removed by 079d7d50 (Updating contribution guidelines
in boilerplate, 2016-06-26).

Enforce Bootstrap's 12 column layout

Add multiday condition on _includes/syllabus.html

Add missing class on _includes/syllabus.html

Addition of link to setup had one too few columns.

Rev 7da36a56c0ee added a new row to the syllabus table with only 11 columns (instead of 12), which broke layout.
This fix adds the missing space.

Checking consolidated links

Merge pull request #123 from gvwilson/mentioning-library-carpentry

Including mention of Library Carpentry in include files

Merging changes from other branches

Merge pull request #119 from itcarroll/gh-pages

Knit episodes only when any one RMarkdown source changes

Merge pull request #122 from gvwilson/commenting-includes

Adding comments on purposes of include files

Merge pull request #121 from gvwilson/prev-next

Using page.previous and page.next for links instead of loop