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authorPeter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>
Fri, 29 Jan 2021 22:12:11 +0000 (17:12 -0500)
committerPeter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>
Fri, 29 Jan 2021 22:12:11 +0000 (17:12 -0500)
Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

_episodes/01-introduction.md
index.md

index fe005cc7c999e4e729f2b62a75b465832e8ac883..84cb2746c786aaccf2548a7afb8d34287a176e34 100644 (file)
@@ -6,7 +6,7 @@ questions:
 - "What is CWL?"
 - "What is the goal of this training?"
 objectives:
-- "Understand how the training will be motivated by an example analysis."
+- "Gain a high level understanding of the example analysis."
 keypoints:
 - "Common Workflow Language is a standard for describing data analysis workflows"
 - "We will use an bioinformatics RNA-seq analysis as an example workflow, but does not require in-depth knowledge of biology."
@@ -39,7 +39,7 @@ expression".
 
 The entire process looks like this:
 
-![](/assets/img/RNAseqWorkflow.png){: height="400px"}
+![](../assets/img/RNAseqWorkflow.png){: height="400px"}
 
 For this training, we are only concerned with the middle analytical
 steps (skipping adapter trimming).
index 4eb5417fb24f32a305b3ecf170eb0574f25ba06d..c6bd632a3ac1f73b0fe6bc094c51d0c2fb5c7d42 100644 (file)
--- a/index.md
+++ b/index.md
@@ -9,14 +9,6 @@ best-practices CWL workflow.  At the conclusion of this training, you
 should have a grasp of the essential components of a workflow, and
 have a basis for learning more.
 
-These lessons are based on [Introduction to RNA-seq using
-high-performance computing
-(HPC)](https://github.com/hbctraining/Intro-to-rnaseq-hpc-O2) lessons
-developed by members of the teaching team at the Harvard Chan
-Bioinformatics Core (HBC).  The original training, which includes
-additional lectures about the biology of RNA-seq, can be found at that
-link.
-
 > ## Prerequisites
 >
 > This training assumes some basic familiarity with editing text files,
@@ -31,4 +23,12 @@ link.
 >
 {: .prereq}
 
+These lessons are based on [Introduction to RNA-seq using
+high-performance computing
+(HPC)](https://github.com/hbctraining/Intro-to-rnaseq-hpc-O2) lessons
+developed by members of the teaching team at the Harvard Chan
+Bioinformatics Core (HBC).  The original training, which includes
+additional lectures about the biology of RNA-seq, can be found at that
+link.
+
 {% include links.md %}