Merge pull request #181 from rgaiacs/styles-offline
[rnaseq-cwl-training.git] / bin / lesson_initialize.py
index cfd8f6f6cc795213b6c0cfb970c483a253cd9b45..bf0ba17c5b1a85eff07be16a53d753d125bab2b2 100755 (executable)
@@ -3,10 +3,10 @@
 """Initialize a newly-created repository."""
 
 
 """Initialize a newly-created repository."""
 
 
+from __future__ import print_function
 import sys
 import os
 
 import sys
 import os
 
-
 ROOT_AUTHORS = '''\
 FIXME: list authors' names and email addresses.
 '''
 ROOT_AUTHORS = '''\
 FIXME: list authors' names and email addresses.
 '''
@@ -61,7 +61,28 @@ and to meet some of our community members.
     you can submit a pull request (PR).
     Instructions for doing this are [included below](#using-github).
 
     you can submit a pull request (PR).
     Instructions for doing this are [included below](#using-github).
 
-## What We're Looking For
+## Where to Contribute
+
+1.  If you wish to change this lesson,
+    please work in <https://github.com/swcarpentry/FIXME>,
+    which can be viewed at <https://swcarpentry.github.io/FIXME>.
+
+2.  If you wish to change the example lesson,
+    please work in <https://github.com/swcarpentry/lesson-example>,
+    which documents the format of our lessons
+    and can be viewed at <https://swcarpentry.github.io/lesson-example>.
+
+3.  If you wish to change the template used for workshop websites,
+    please work in <https://github.com/swcarpentry/workshop-template>.
+    The home page of that repository explains how to set up workshop websites,
+    while the extra pages in <https://swcarpentry.github.io/workshop-template>
+    provide more background on our design choices.
+
+4.  If you wish to change CSS style files, tools,
+    or HTML boilerplate for lessons or workshops stored in `_includes` or `_layouts`,
+    please work in <https://github.com/swcarpentry/styles>.
+
+## What to Contribute
 
 There are many ways to contribute,
 from writing new exercises and improving existing ones
 
 There are many ways to contribute,
 from writing new exercises and improving existing ones
@@ -80,7 +101,7 @@ it's easy for people who have been using these lessons for a while
 to forget how impenetrable some of this material can be,
 so fresh eyes are always welcome.
 
 to forget how impenetrable some of this material can be,
 so fresh eyes are always welcome.
 
-## What We're *Not* Looking For
+## What *Not* to Contribute
 
 Our lessons already contain more material than we can cover in a typical workshop,
 so we are usually *not* looking for more concepts or tools to add to them.
 
 Our lessons already contain more material than we can cover in a typical workshop,
 so we are usually *not* looking for more concepts or tools to add to them.
@@ -96,16 +117,9 @@ Our workshops typically contain a mixture of Windows, Mac OS X, and Linux users;
 in order to be usable,
 our lessons must run equally well on all three.
 
 in order to be usable,
 our lessons must run equally well on all three.
 
-## Getting Started
+## Using GitHub
 
 
-The easiest way to get started is to file an issue
-to tell us about a spelling mistake,
-some awkward wording,
-or a factual error.
-This is a good way to introduce yourself
-and to meet some of our community members.
-
-If you want to start adding or fixing material yourself,
+If you choose to contribute via GitHub,
 you may want to look at
 [How to Contribute to an Open Source Project on GitHub][how-contribute].
 In brief:
 you may want to look at
 [How to Contribute to an Open Source Project on GitHub][how-contribute].
 In brief:
@@ -132,11 +146,6 @@ or encourage others to do so.
 The maintainers are community volunteers,
 and have final say over what gets merged into the lesson.
 
 The maintainers are community volunteers,
 and have final say over what gets merged into the lesson.
 
-## Our Template
-
-[This documentation][example-site] explains how we format our lessons
-(and is itself an example of that formatting).
-
 ## Other Resources
 
 General discussion of [Software Carpentry][swc-site] and [Data Carpentry][dc-site]
 ## Other Resources
 
 General discussion of [Software Carpentry][swc-site] and [Data Carpentry][dc-site]
@@ -149,13 +158,12 @@ You can also [reach us by email][contact].
 [dc-lessons]: http://datacarpentry.org/lessons/
 [dc-site]: http://datacarpentry.org/
 [discuss-list]: http://lists.software-carpentry.org/listinfo/discuss
 [dc-lessons]: http://datacarpentry.org/lessons/
 [dc-site]: http://datacarpentry.org/
 [discuss-list]: http://lists.software-carpentry.org/listinfo/discuss
-[example-site]: https://swcarpentry.github.io/lesson-example/
 [github]: http://github.com
 [github-flow]: https://guides.github.com/introduction/flow/
 [github-join]: https://github.com/join
 [how-contribute]: https://egghead.io/series/how-to-contribute-to-an-open-source-project-on-github
 [github]: http://github.com
 [github-flow]: https://guides.github.com/introduction/flow/
 [github-join]: https://github.com/join
 [how-contribute]: https://egghead.io/series/how-to-contribute-to-an-open-source-project-on-github
-[issues]: https://github.com/{USERNAME}/{LESSON-NAME}/issues/
-[repo]: https://github.com/{USERNAME}/{LESSON-NAME}/
+[issues]: https://github.com/swcarpentry/FIXME/issues/
+[repo]: https://github.com/swcarpentry/FIXME/
 [swc-issues]: https://github.com/issues?q=user%3Aswcarpentry
 [swc-lessons]: http://software-carpentry.org/lessons/
 [swc-site]: http://software-carpentry.org/
 [swc-issues]: https://github.com/issues?q=user%3Aswcarpentry
 [swc-lessons]: http://software-carpentry.org/lessons/
 [swc-site]: http://software-carpentry.org/
@@ -166,59 +174,63 @@ ROOT_CONFIG_YML = '''\
 # Values for this lesson.
 #------------------------------------------------------------
 
 # Values for this lesson.
 #------------------------------------------------------------
 
-# Which carpentry is this ("swc" or "dc")?
+# Which carpentry is this ("swc", "dc", or "lc")?
 carpentry: "swc"
 
 carpentry: "swc"
 
-# What kind of thing is this ("workshop" or "lesson")?
-kind: "lesson"
-
 # Overall title for pages.
 title: "Lesson Title"
 
 # Overall title for pages.
 title: "Lesson Title"
 
-# Account (without slashes).
-account: "[[USER-NAME]]"
-
-# Root URL below account (without slashes).
-project: "[[REPO-NAME]]"
-
-# Contact email address.
-email: "[[CONTACT-ADDRESS]]"
+# Contact.  This *must* include the protocol: if it's an email
+# address, it must look like "mailto:lessons@software-carpentry.org",
+# or if it's a URL, "https://gitter.im/username/ProjectName".
+contact: "mailto:lessons@software-carpentry.org"
 
 #------------------------------------------------------------
 # Generic settings (should not need to change).
 #------------------------------------------------------------
 
 
 #------------------------------------------------------------
 # Generic settings (should not need to change).
 #------------------------------------------------------------
 
-# Is this production or development? (Overridden in _config_dev.yml.)
-is_production: true
+# What kind of thing is this ("workshop" or "lesson")?
+kind: "lesson"
+
+# Magic to make URLs resolve both locally and on GitHub.
+# See https://help.github.com/articles/repository-metadata-on-github-pages/.
+repository: <USERNAME>/<PROJECT>
 
 # Sites.
 amy_site: "https://amy.software-carpentry.org/workshops"
 
 # Sites.
 amy_site: "https://amy.software-carpentry.org/workshops"
-dc_site: "https://datacarpentry.org"
+dc_site: "http://datacarpentry.org"
 swc_github: "https://github.com/swcarpentry"
 swc_site: "https://software-carpentry.org"
 swc_github: "https://github.com/swcarpentry"
 swc_site: "https://software-carpentry.org"
+swc_pages: "https://swcarpentry.github.io"
+lc_site: "http://librarycarpentry.github.io/"
 template_repo: "https://github.com/swcarpentry/styles"
 example_repo: "https://github.com/swcarpentry/lesson-example"
 example_site: "https://swcarpentry.github.com/lesson-example"
 workshop_repo: "https://github.com/swcarpentry/workshop-template"
 workshop_site: "https://swcarpentry.github.io/workshop-template"
 template_repo: "https://github.com/swcarpentry/styles"
 example_repo: "https://github.com/swcarpentry/lesson-example"
 example_site: "https://swcarpentry.github.com/lesson-example"
 workshop_repo: "https://github.com/swcarpentry/workshop-template"
 workshop_site: "https://swcarpentry.github.io/workshop-template"
+training_site: "https://swcarpentry.github.io/instructor-training"
 
 # Surveys.
 pre_survey: "https://www.surveymonkey.com/r/swc_pre_workshop_v1?workshop_id="
 post_survey: "https://www.surveymonkey.com/r/swc_post_workshop_v1?workshop_id="
 
 # Surveys.
 pre_survey: "https://www.surveymonkey.com/r/swc_pre_workshop_v1?workshop_id="
 post_survey: "https://www.surveymonkey.com/r/swc_post_workshop_v1?workshop_id="
+training_post_survey: "https://www.surveymonkey.com/r/post-instructor-training"
 
 
-# Start time in minutes (540 is 09:00 am)
-start_time: 540
+# Start time in minutes (0 to be clock-independent, 540 to show a start at 09:00 am).
+start_time: 0
 
 # Specify that things in the episodes collection should be output.
 collections:
   episodes:
     output: true
 
 # Specify that things in the episodes collection should be output.
 collections:
   episodes:
     output: true
-    permalink: /:path/
+    permalink: /:path/index.html
   extras:
     output: true
   extras:
     output: true
+    permalink: /:path/index.html
 
 # Set the default layout for things in the episodes collection.
 defaults:
 
 # Set the default layout for things in the episodes collection.
 defaults:
+  - values:
+      root: ..
   - scope:
       path: ""
       type: episodes
   - scope:
       path: ""
       type: episodes
@@ -237,6 +249,8 @@ highlighter: false
 ROOT_INDEX_MD = '''\
 ---
 layout: lesson
 ROOT_INDEX_MD = '''\
 ---
 layout: lesson
+root: .
+permalink: index.html  # Is the only page that don't follow the partner /:path/index.html
 ---
 FIXME: home page introduction
 
 ---
 FIXME: home page introduction
 
@@ -260,11 +274,48 @@ ROOT_SETUP_MD = '''\
 ---
 layout: page
 title: Setup
 ---
 layout: page
 title: Setup
-permalink: /setup/
 ---
 FIXME
 '''
 
 ---
 FIXME
 '''
 
+ROOT_AIO_MD = '''\
+---
+layout: page 
+---
+<script>
+  window.onload = function() {
+    var lesson_episodes = [
+    {% for episode in site.episodes %}
+    "{{ episode.url}}"{% unless forloop.last %},{% endunless %}
+    {% endfor %}
+    ];
+    var xmlHttp = [];  /* Required since we are going to query every episode. */
+    for (i=0; i < lesson_episodes.length; i++) {
+      xmlHttp[i] = new XMLHttpRequest();
+      xmlHttp[i].episode = lesson_episodes[i];  /* To enable use this later. */
+      xmlHttp[i].onreadystatechange = function() {
+      if (this.readyState == 4 && this.status == 200) {
+        var article_here = document.getElementById(this.episode);
+        var parser = new DOMParser();
+        var htmlDoc = parser.parseFromString(this.responseText,"text/html");
+        var htmlDocArticle = htmlDoc.getElementsByTagName("article")[0];
+        article_here.innerHTML = htmlDocArticle.innerHTML;
+        }
+      }
+      episode_url = "{{ page.root }}" + lesson_episodes[i];
+      xmlHttp[i].open("GET", episode_url);
+      xmlHttp[i].send(null);
+    }
+  }
+</script>
+{% comment %}
+Create anchor for each one of the episodes.
+{% endcomment %}
+{% for episode in site.episodes %}
+<article id="{{ episode.url }}"></article>
+{% endfor %}
+'''
+
 EPISODES_INTRODUCTION_MD = '''\
 ---
 title: "Introduction"
 EPISODES_INTRODUCTION_MD = '''\
 ---
 title: "Introduction"
@@ -283,7 +334,6 @@ EXTRAS_ABOUT_MD = '''\
 ---
 layout: page
 title: About
 ---
 layout: page
 title: About
-permalink: /about/
 ---
 {% include carpentries.html %}
 '''
 ---
 {% include carpentries.html %}
 '''
@@ -292,7 +342,6 @@ EXTRAS_DISCUSS_MD = '''\
 ---
 layout: page
 title: Discussion
 ---
 layout: page
 title: Discussion
-permalink: /discuss/
 ---
 FIXME
 '''
 ---
 FIXME
 '''
@@ -301,7 +350,6 @@ EXTRAS_FIGURES_MD = '''\
 ---
 layout: page
 title: Figures
 ---
 layout: page
 title: Figures
-permalink: /figures/
 ---
 {% include all_figures.html %}
 '''
 ---
 {% include all_figures.html %}
 '''
@@ -309,12 +357,15 @@ permalink: /figures/
 EXTRAS_GUIDE_MD = '''\
 ---
 layout: page
 EXTRAS_GUIDE_MD = '''\
 ---
 layout: page
-title: "Instructors' Guide"
-permalink: /guide/
+title: "Instructor Notes"
 ---
 FIXME
 '''
 
 ---
 FIXME
 '''
 
+INCLUDES_ALL_FIGURES_HTML = '''\
+<!-- empty -->
+'''
+
 BOILERPLATE = (
     ('AUTHORS', ROOT_AUTHORS),
     ('CITATION', ROOT_CITATION),
 BOILERPLATE = (
     ('AUTHORS', ROOT_AUTHORS),
     ('CITATION', ROOT_CITATION),
@@ -323,11 +374,13 @@ BOILERPLATE = (
     ('index.md', ROOT_INDEX_MD),
     ('reference.md', ROOT_REFERENCE_MD),
     ('setup.md', ROOT_SETUP_MD),
     ('index.md', ROOT_INDEX_MD),
     ('reference.md', ROOT_REFERENCE_MD),
     ('setup.md', ROOT_SETUP_MD),
+    ('aio.md', ROOT_AIO_MD),
     ('_episodes/01-introduction.md', EPISODES_INTRODUCTION_MD),
     ('_extras/about.md', EXTRAS_ABOUT_MD),
     ('_extras/discuss.md', EXTRAS_DISCUSS_MD),
     ('_extras/figures.md', EXTRAS_FIGURES_MD),
     ('_episodes/01-introduction.md', EPISODES_INTRODUCTION_MD),
     ('_extras/about.md', EXTRAS_ABOUT_MD),
     ('_extras/discuss.md', EXTRAS_DISCUSS_MD),
     ('_extras/figures.md', EXTRAS_FIGURES_MD),
-    ('_extras/guide.md', EXTRAS_GUIDE_MD)
+    ('_extras/guide.md', EXTRAS_GUIDE_MD),
+    ('_includes/all_figures.html', INCLUDES_ALL_FIGURES_HTML)
 )
 
 
 )