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[rnaseq-cwl-training.git] / Makefile
index ecdb2309f2f70feaea593119fa1c3c300ec4f69c..09d2d3414e510b0aa6ba60959bbd328bf04979df 100644 (file)
--- a/Makefile
+++ b/Makefile
@@ -3,52 +3,67 @@
 
 # Settings
 MAKEFILES=Makefile $(wildcard *.mk)
-JEKYLL=jekyll
-JEKYLL_VERSION=3.8.5
+JEKYLL=bundle config --local set path .vendor/bundle && bundle install && bundle update && bundle exec jekyll
 PARSER=bin/markdown_ast.rb
 DST=_site
 
-# Check Python 3 (https://stackoverflow.com/a/4933395)
-ifneq (, $(shell which python3))
-  PYTHON := python3
-else ifneq (, $(shell which python))
-  PYTHON_VERSION_FULL := $(wordlist 2,4,$(subst ., ,$(shell python --version 2>&1)))
-  PYTHON_VERSION_MAJOR := $(word 1,${PYTHON_VERSION_FULL})
-  ifneq (3, ${PYTHON_VERSION_MAJOR})
-    $(error "Your system does not appear to have Python 3 installed.")
+# Check Python 3 is installed and determine if it's called via python3 or python
+# (https://stackoverflow.com/a/4933395)
+PYTHON3_EXE := $(shell which python3 2>/dev/null)
+ifneq (, $(PYTHON3_EXE))
+  ifeq (,$(findstring Microsoft/WindowsApps/python3,$(subst \,/,$(PYTHON3_EXE))))
+    PYTHON := python3
+  endif
+endif
+
+ifeq (,$(PYTHON))
+  PYTHON_EXE := $(shell which python 2>/dev/null)
+  ifneq (, $(PYTHON_EXE))
+    PYTHON_VERSION_FULL := $(wordlist 2,4,$(subst ., ,$(shell python --version 2>&1)))
+    PYTHON_VERSION_MAJOR := $(word 1,${PYTHON_VERSION_FULL})
+    ifneq (3, ${PYTHON_VERSION_MAJOR})
+      $(error "Your system does not appear to have Python 3 installed.")
+    endif
+    PYTHON := python
+  else
+      $(error "Your system does not appear to have any Python installed.")
   endif
-  PYTHON := python
-else
-    $(error "Your system does not appear to have any Python installed.")
 endif
 
 
 # Controls
 .PHONY : commands clean files
-.NOTPARALLEL:
-all : commands
 
-## commands         : show all commands.
-commands :
-       @grep -h -E '^##' ${MAKEFILES} | sed -e 's/## //g'
+# Default target
+.DEFAULT_GOAL := commands
 
-## docker-serve     : use docker to build the site
-docker-serve :
-       docker run --rm -it -v ${PWD}:/srv/jekyll -p 127.0.0.1:4000:4000 jekyll/jekyll:${JEKYLL_VERSION} make serve
+## I. Commands for both workshop and lesson websites
+## =================================================
 
-## serve            : run a local server.
+## * serve            : render website and run a local server
 serve : lesson-md
        ${JEKYLL} serve
 
-## site             : build files but do not run a server.
+## * site             : build website but do not run a server
 site : lesson-md
        ${JEKYLL} build
 
-# repo-check        : check repository settings.
+## * docker-serve     : use Docker to serve the site
+docker-serve :
+       docker pull carpentries/lesson-docker:latest
+       docker run --rm -it \
+               -v $${PWD}:/home/rstudio \
+               -p 4000:4000 \
+               -p 8787:8787 \
+               -e USERID=$$(id -u) \
+               -e GROUPID=$$(id -g) \
+               carpentries/lesson-docker:latest
+
+## * repo-check       : check repository settings
 repo-check :
-       @bin/repo_check.py -s .
+       @${PYTHON} bin/repo_check.py -s .
 
-## clean            : clean up junk files.
+## * clean            : clean up junk files
 clean :
        @rm -rf ${DST}
        @rm -rf .sass-cache
@@ -57,27 +72,31 @@ clean :
        @find . -name '*~' -exec rm {} \;
        @find . -name '*.pyc' -exec rm {} \;
 
-## clean-rmd        : clean intermediate R files (that need to be committed to the repo).
+## * clean-rmd        : clean intermediate R files (that need to be committed to the repo)
 clean-rmd :
        @rm -rf ${RMD_DST}
        @rm -rf fig/rmd-*
 
-## ----------------------------------------
-## Commands specific to workshop websites.
+
+##
+## II. Commands specific to workshop websites
+## =================================================
 
 .PHONY : workshop-check
 
-## workshop-check   : check workshop homepage.
+## * workshop-check   : check workshop homepage
 workshop-check :
        @${PYTHON} bin/workshop_check.py .
 
-## ----------------------------------------
-## Commands specific to lesson websites.
 
-.PHONY : lesson-check lesson-md lesson-files lesson-fixme
+##
+## III. Commands specific to lesson websites
+## =================================================
+
+.PHONY : lesson-check lesson-md lesson-files lesson-fixme install-rmd-deps
 
 # RMarkdown files
-RMD_SRC = $(wildcard _episodes_rmd/??-*.Rmd)
+RMD_SRC = $(wildcard _episodes_rmd/*.Rmd)
 RMD_DST = $(patsubst _episodes_rmd/%.Rmd,_episodes/%.md,$(RMD_SRC))
 
 # Lesson source files in the order they appear in the navigation menu.
@@ -88,7 +107,8 @@ MARKDOWN_SRC = \
   $(sort $(wildcard _episodes/*.md)) \
   reference.md \
   $(sort $(wildcard _extras/*.md)) \
-  LICENSE.md
+  LICENSE.md \
+  CONTRIBUTING.md
 
 # Generated lesson files in the order they appear in the navigation menu.
 HTML_DST = \
@@ -96,41 +116,48 @@ HTML_DST = \
   ${DST}/conduct/index.html \
   ${DST}/setup/index.html \
   $(patsubst _episodes/%.md,${DST}/%/index.html,$(sort $(wildcard _episodes/*.md))) \
-  ${DST}/reference/index.html \
+  ${DST}/reference.html \
   $(patsubst _extras/%.md,${DST}/%/index.html,$(sort $(wildcard _extras/*.md))) \
   ${DST}/license/index.html
 
-## lesson-md        : convert Rmarkdown files to markdown
+## * install-rmd-deps : Install R packages dependencies to build the RMarkdown lesson
+install-rmd-deps:
+       @${SHELL} bin/install_r_deps.sh
+
+## * lesson-md        : convert Rmarkdown files to markdown
 lesson-md : ${RMD_DST}
 
-_episodes/%.md: _episodes_rmd/%.Rmd
+_episodes/%.md: _episodes_rmd/%.Rmd install-rmd-deps
+       @mkdir -p _episodes
        @bin/knit_lessons.sh $< $@
 
-## lesson-check     : validate lesson Markdown.
+## * lesson-check     : validate lesson Markdown
 lesson-check : lesson-fixme
        @${PYTHON} bin/lesson_check.py -s . -p ${PARSER} -r _includes/links.md
 
-## lesson-check-all : validate lesson Markdown, checking line lengths and trailing whitespace.
+## * lesson-check-all : validate lesson Markdown, checking line lengths and trailing whitespace
 lesson-check-all :
        @${PYTHON} bin/lesson_check.py -s . -p ${PARSER} -r _includes/links.md -l -w --permissive
 
-## unittest         : run unit tests on checking tools.
+## * unittest         : run unit tests on checking tools
 unittest :
        @${PYTHON} bin/test_lesson_check.py
 
-## lesson-files     : show expected names of generated files for debugging.
+## * lesson-files     : show expected names of generated files for debugging
 lesson-files :
        @echo 'RMD_SRC:' ${RMD_SRC}
        @echo 'RMD_DST:' ${RMD_DST}
        @echo 'MARKDOWN_SRC:' ${MARKDOWN_SRC}
        @echo 'HTML_DST:' ${HTML_DST}
 
-## lesson-fixme     : show FIXME markers embedded in source files.
+## * lesson-fixme     : show FIXME markers embedded in source files
 lesson-fixme :
-       @fgrep -i -n FIXME ${MARKDOWN_SRC} || true
+       @grep --fixed-strings --word-regexp --line-number --no-messages FIXME ${MARKDOWN_SRC} || true
 
-#-------------------------------------------------------------------------------
-# Include extra commands if available.
-#-------------------------------------------------------------------------------
+##
+## IV. Auxililary (plumbing) commands
+## =================================================
 
--include commands.mk
+## * commands         : show all commands.
+commands :
+       @sed -n -e '/^##/s|^##[[:space:]]*||p' $(MAKEFILE_LIST)