README.md

   1 # Lessons
   2
   3 These lessons go walk through the development of a CWL workflow for
   4 rnaseq.
   5
   6 | Lesson   | Description |
   7 |----------|-------------|
   8 | [Lesson 1](lesson1/lesson1.md) | Turning a shell script into a workflow by composing existing tools  |
   9 | [Lesson 2](lesson2/lesson2.md) | Running and debugging a workflow  |
  10 | [Lesson 3](lesson3/lesson3.md) | Writing a tool wrapper  |
  11 | [Lesson 4](lesson4/lesson4.md) | Analyzing multiple samples  |
  12 | [Lesson 5](lesson5/lesson5.md) | Dynamic Workflow behavior with expressions  |
  13 | [Lesson 6](lesson6/lesson6.md) | Resources for further learning |
  14
  15 # Acknowledgements
  16
  17 These CWL lessons are based on "Introduction to RNA-seq using
  18 high-performance computing (HPC)" lessons developed by members of the
  19 teaching team at the Harvard Chan Bioinformatics Core (HBC) and
  20 obtained from
  21
  22 https://github.com/hbctraining/Intro-to-rnaseq-hpc-O2
  23
  24 The original lessons are open access materials distributed under the
  25 terms of the Creative Commons Attribution license (CC BY 4.0), which
  26 permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any
  27 medium, provided the original author and source are credited.