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[rnaseq-cwl-training.git] / index.md
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3 root: .  # Is the only page that doesn't follow the pattern /:path/index.html
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7 This training will walk you through the development of a
8 best-practices Common Workflow Language (CWL) workflow.  At the conclusion of this training, you
9 should have a grasp of the essential components of a workflow, and
10 have a basis for learning more.
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12 > ## Prerequisites
13 >
14 > This training assumes some basic familiarity with editing text files,
15 > the Unix command line, and Unix shell scripts.
16 >
17 > Specific knowledge of the biology of RNA-seq is *not* a prerequisite
18 > for these lessons.  Although orignally developed to solve big data
19 > problems in genomics, CWL is not domain specific to bioinformatics,
20 > and is used in a number of other fields including medical imaging,
21 > astronomy, geospatial imaging, and machine learning.  We hope that
22 > you will find this training useful regardless of your area of
23 > research.
24 >
25 {: .prereq}
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27 These lessons are based on [Introduction to RNA-seq using
28 high-performance computing
29 (HPC)](https://github.com/hbctraining/Intro-to-rnaseq-hpc-O2) lessons
30 developed by members of the teaching team at the Harvard Chan
31 Bioinformatics Core (HBC).  The original training, which includes
32 additional lectures about the biology of RNA-seq, can be found at that
33 link.
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35 {% include links.md %}