Merge pull request #67 from gvwilson/clean-rmd
[rnaseq-cwl-training.git] / Makefile
1 ## ========================================
2 ## Commands for both workshop and lesson websites.
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4 # Settings
5 MAKEFILES=Makefile $(wildcard *.mk)
6 JEKYLL=jekyll
7 PARSER=bin/markdown_ast.rb
8 DST=_site
9
10 # Controls
11 .PHONY : commands clean files
12 all : commands
13
14 ## commands       : show all commands.
15 commands :
16         @grep -h -E '^##' ${MAKEFILES} | sed -e 's/## //g'
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18 ## serve          : run a local server.
19 serve : lesson-rmd
20         ${JEKYLL} serve --config _config.yml,_config_dev.yml
21
22 ## site           : build files but do not run a server.
23 site : lesson-rmd
24         ${JEKYLL} build --config _config.yml,_config_dev.yml
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26 ## figures        : re-generate inclusion displaying all figures.
27 figures :
28         @bin/extract_figures.py -s _episodes -p ${PARSER} > _includes/all_figures.html
29
30 ## clean          : clean up junk files.
31 clean :
32         @rm -rf ${DST}
33         @rm -rf .sass-cache
34         @rm -rf bin/__pycache__
35         @find . -name .DS_Store -exec rm {} \;
36         @find . -name '*~' -exec rm {} \;
37         @find . -name '*.pyc' -exec rm {} \;
38
39 ## clean-rmd      : clean intermediate R files (that need to be committed to the repo).
40 clear-rmd :
41         @rm -rf ${RMD_DST}
42         @rm -rf fig/rmd-*
43
44 ## ----------------------------------------
45 ## Commands specific to workshop websites.
46
47 .PHONY : workshop-check
48
49 ## workshop-check : check workshop homepage.
50 workshop-check :
51         @bin/workshop_check.py .
52
53 ## ----------------------------------------
54 ## Commands specific to lesson websites.
55
56 .PHONY : lesson-check lesson-rmd lesson-files lesson-fixme
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58 # RMarkdown files
59 RMD_SRC = $(wildcard _episodes_rmd/??-*.Rmd)
60 RMD_DST = $(patsubst _episodes_rmd/%.Rmd,_episodes/%.md,$(RMD_SRC))
61
62 # Lesson source files in the order they appear in the navigation menu.
63 MARKDOWN_SRC = \
64   index.md \
65   CONDUCT.md \
66   setup.md \
67   $(wildcard _episodes/*.md) \
68   reference.md \
69   $(wildcard _extras/*.md) \
70   LICENSE.md
71
72 # Generated lesson files in the order they appear in the navigation menu.
73 HTML_DST = \
74   ${DST}/index.html \
75   ${DST}/conduct/index.html \
76   ${DST}/setup/index.html \
77   $(patsubst _episodes/%.md,${DST}/%/index.html,$(wildcard _episodes/*.md)) \
78   ${DST}/reference/index.html \
79   $(patsubst _extras/%.md,${DST}/%/index.html,$(wildcard _extras/*.md)) \
80   ${DST}/license/index.html
81
82 ## lesson-rmd:    : convert Rmarkdown files to markdown
83 lesson-rmd: $(RMD_SRC)
84         @bin/knit_lessons.sh $(RMD_SRC)
85
86 ## lesson-check   : validate lesson Markdown.
87 lesson-check :
88         @bin/lesson_check.py -s . -p ${PARSER}
89
90 unittest :
91         python bin/test_lesson_check.py
92
93 ## lesson-files   : show expected names of generated files for debugging.
94 lesson-files :
95         @echo 'RMD_SRC:' ${RMD_SRC}
96         @echo 'RMD_DST:' ${RMD_DST}
97         @echo 'MARKDOWN_SRC:' ${MARKDOWN_SRC}
98         @echo 'HTML_DST:' ${HTML_DST}
99
100 ## lesson-fixme   : show FIXME markers embedded in source files.
101 lesson-fixme :
102         @fgrep -i -n FIXME ${MARKDOWN_SRC} || true
103
104 #-------------------------------------------------------------------------------
105 # Include extra commands if available.
106 #-------------------------------------------------------------------------------
107
108 -include commands.mk