README.md

   1
   2 # Downloading reference data
   3
   4 ```
   5 mkdir rnaseq
   6 cd rnaseq
   7 wget --mirror --no-parent --no-host --cut-dirs=1 https://download.pirca.arvadosapi.com/c=pirca-4zz18-sa9s62lzc00jeds/
   8 ```
   9
  10 # Building the Docker image
  11
  12 ```
  13 cd dockerfile
  14 docker build -t cwl-training-rnaseq-tools .
  15 ```
  16
  17 # Acknowledgements
  18
  19 These CWL lessons are based on "Introduction to RNA-seq using
  20 high-performance computing (HPC)" lessons developed by members of the
  21 teaching team at the Harvard Chan Bioinformatics Core (HBC) and
  22 obtained from
  23
  24 https://github.com/hbctraining/Intro-to-rnaseq-hpc-O2
  25
  26 The original lessons are open access materials distributed under the
  27 terms of the Creative Commons Attribution license (CC BY 4.0), which
  28 permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any
  29 medium, provided the original author and source are credited.