projects / lightning.git / blobdiff
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
Fix some tests.
[lightning.git] / export_test.go
diff --git a/export_test.go b/export_test.go
index d87b3ae51c3d9dbac364a28499921ac07b72f66a..15278bea29d937b712015bb00bf9db6c743a4eda 100644 (file)
--- a/export_test.go
+++ b/export_test.go
@@ -68,7 +68,8 @@ func (s *exportSuite) TestFastaToHGVS(c *check.C) {
                c.Logf("%s", out)
        }
        c.Check(sortLines(string(output)), check.Equals, sortLines(`chr1.1_3delinsGGC   1       0
-chr1.41_42delinsAA     1       0
+chr1.41T>A     1       0
+chr1.42T>A     1       0
 chr1.161A>T    1       0
 chr1.178A>T    1       0
 chr1.222_224del        1       0
@@ -81,8 +82,9 @@ chr2.125_127delinsAAA 0       1
 chr2.241_254del        1       0
 chr2.258_269delinsAA   1       0
 chr2.315C>A    1       0
-chr2.470_472del        1       0
-chr2.471_472delinsAA   1       0
+chr2.469_471del        1       0
+chr2.471G>A    1       0
+chr2.472G>A    1       0
 `))
        labels, err := ioutil.ReadFile(tmpdir + "/labels.csv")
        c.Check(err, check.IsNil)
@@ -104,7 +106,8 @@ chr2.471_472delinsAA        1       0
        c.Check(sortLines(string(output)), check.Equals, sortLines(`##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
 #CHROM POS     ID      REF     ALT     QUAL    FILTER  INFO    FORMAT  testdata/pipeline1/input1.1.fasta       testdata/pipeline1/input2.1.fasta
 chr1   1       .       NNN     GGC     .       .       .       GT      1/1     0/0
-chr1   41      .       TT      AA      .       .       .       GT      1/0     0/0
+chr1   41      .       T       A       .       .       .       GT      1/0     0/0
+chr1   42      .       T       A       .       .       .       GT      1/0     0/0
 chr1   161     .       A       T       .       .       .       GT      0/1     0/0
 chr1   178     .       A       T       .       .       .       GT      0/1     0/0
 chr1   221     .       TCCA    T       .       .       .       GT      1/1     0/0
@@ -120,8 +123,9 @@ chr2        125     .       CTT     AAA     .       .       .       GT      0/0     1/1
 chr2   240     .       ATTTTTCTTGCTCTC A       .       .       .       GT      1/0     0/0
 chr2   258     .       CCTTGTATTTTT    AA      .       .       .       GT      1/0     0/0
 chr2   315     .       C       A       .       .       .       GT      1/0     0/0
-chr2   469     .       GTGG    G       .       .       .       GT      1/0     0/0
-chr2   471     .       GG      AA      .       .       .       GT      0/1     0/0
+chr2   468     .       CGTG    C       .       .       .       GT      1/0     0/0
+chr2   471     .       G       A       .       .       .       GT      0/1     0/0
+chr2   472     .       G       A       .       .       .       GT      0/1     0/0
 `))
 
        exited = (&exporter{}).RunCommand("export", []string{
@@ -137,7 +141,8 @@ chr2        471     .       GG      AA      .       .       .       GT      0/1     0/0
        c.Log(string(output))
        c.Check(sortLines(string(output)), check.Equals, sortLines(`#CHROM      POS     ID      REF     ALT     QUAL    FILTER  INFO
 chr1   1       .       NNN     GGC     .       .       AC=2
-chr1   41      .       TT      AA      .       .       AC=1
+chr1   41      .       T       A       .       .       AC=1
+chr1   42      .       T       A       .       .       AC=1
 chr1   161     .       A       T       .       .       AC=1
 chr1   178     .       A       T       .       .       AC=1
 chr1   221     .       TCCA    T       .       .       AC=2
@@ -152,8 +157,9 @@ chr2        125     .       CTT     AAA     .       .       AC=2
 chr2   240     .       ATTTTTCTTGCTCTC A       .       .       AC=1
 chr2   258     .       CCTTGTATTTTT    AA      .       .       AC=1
 chr2   315     .       C       A       .       .       AC=1
-chr2   469     .       GTGG    G       .       .       AC=1
-chr2   471     .       GG      AA      .       .       AC=1
+chr2   468     .       CGTG    C       .       .       AC=1
+chr2   471     .       G       A       .       .       AC=1
+chr2   472     .       G       A       .       .       AC=1
 `))
 
        c.Logf("export hgvs-numpy")
@@ -164,6 +170,7 @@ chr2        471     .       GG      AA      .       .       AC=1
                "-output-dir=" + outdir,
                "-output-format=hgvs-numpy",
                "-ref=testdata/ref.fasta",
+               "-match-genome=input[12]",
        }, nil, os.Stderr, os.Stderr)
        c.Check(exited, check.Equals, 0)
 
@@ -174,10 +181,10 @@ chr2      471     .       GG      AA      .       .       AC=1
        c.Assert(err, check.IsNil)
        variants, err := npy.GetInt8()
        c.Assert(err, check.IsNil)
-       c.Check(variants, check.HasLen, 6*2*2) // 6 variants * 2 alleles * 2 genomes
+       c.Check(variants, check.HasLen, 7*2*2) // 7 variants * 2 alleles * 2 genomes
        c.Check(variants, check.DeepEquals, []int8{
-               1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 1, // input1.1.fasta
-               -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 0, 0, // input2.1.fasta
+               1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 1, // input1.1.fasta
+               -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 0, 0, // input2.1.fasta
        })
 
        f, err = os.Open(outdir + "/matrix.chr2.npy")
@@ -187,21 +194,22 @@ chr2      471     .       GG      AA      .       .       AC=1
        c.Assert(err, check.IsNil)
        variants, err = npy.GetInt8()
        c.Assert(err, check.IsNil)
-       c.Check(variants, check.HasLen, 7*2*2) // 6 variants * 2 alleles * 2 genomes
+       c.Check(variants, check.HasLen, 8*2*2) // 8 variants * 2 alleles * 2 genomes
        c.Check(variants, check.DeepEquals, []int8{
-               0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, // input1.1.fasta
-               0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, // input2.1.fasta
+               0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, // input1.1.fasta
+               0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, // input2.1.fasta
        })
 
        annotations, err := ioutil.ReadFile(outdir + "/annotations.chr1.csv")
        c.Check(err, check.IsNil)
        c.Logf("%s", string(annotations))
        c.Check(string(annotations), check.Equals, `0,"chr1.1_3delinsGGC"
-1,"chr1.41_42delinsAA"
-2,"chr1.161A>T"
-3,"chr1.178A>T"
-4,"chr1.222_224del"
-5,"chr1.302_305delinsAAAA"
+1,"chr1.41T>A"
+2,"chr1.42T>A"
+3,"chr1.161A>T"
+4,"chr1.178A>T"
+5,"chr1.222_224del"
+6,"chr1.302_305delinsAAAA"
 `)
        annotations, err = ioutil.ReadFile(outdir + "/annotations.chr2.csv")
        c.Check(err, check.IsNil)
@@ -210,7 +218,25 @@ chr2       471     .       GG      AA      .       .       AC=1
 2,"chr2.241_254del"
 3,"chr2.258_269delinsAA"
 4,"chr2.315C>A"
-5,"chr2.470_472del"
-6,"chr2.471_472delinsAA"
+5,"chr2.469_471del"
+6,"chr2.471G>A"
+7,"chr2.472G>A"
 `)
+
+       c.Logf("export hgvs-numpy with p-value threshold")
+       outdir = c.MkDir()
+       err = ioutil.WriteFile(tmpdir+"/cases", []byte("input1\n"), 0777)
+       c.Assert(err, check.IsNil)
+       exited = (&exporter{}).RunCommand("export", []string{
+               "-local=true",
+               "-input-dir=" + input,
+               "-p-value=0.05",
+               "-cases=" + tmpdir + "/cases",
+               "-output-dir=" + outdir,
+               "-output-format=hgvs-numpy",
+               "-ref=testdata/ref.fasta",
+               "-match-genome=input[12]",
+       }, nil, os.Stderr, os.Stderr)
+       c.Check(exited, check.Equals, 0)
+
 }