Fix exportnumpy test.
[lightning.git] / filter.go
index a4ffce8e7aa4d0c6ec355d7625a77ef6c52ff87d..08468fa690049b39cf17680d6dc99cd54a538103 100644 (file)
--- a/filter.go
+++ b/filter.go
@@ -1,4 +1,4 @@
-package main
+package lightning
 
 import (
        "bufio"
@@ -11,6 +11,7 @@ import (
        "net/http"
        _ "net/http/pprof"
        "os"
+       "strings"
 
        "git.arvados.org/arvados.git/sdk/go/arvados"
        log "github.com/sirupsen/logrus"
@@ -28,6 +29,14 @@ func (f *filter) Flags(flags *flag.FlagSet) {
        flags.IntVar(&f.MaxTag, "max-tag", -1, "drop tiles with tag ID > `N`")
 }
 
+func (f *filter) Args() []string {
+       return []string{
+               fmt.Sprintf("-max-variants=%d", f.MaxVariants),
+               fmt.Sprintf("-min-coverage=%f", f.MinCoverage),
+               fmt.Sprintf("-max-tag=%d", f.MaxTag),
+       }
+}
+
 func (f *filter) Apply(tilelib *tileLibrary) {
        // Zero out variants at tile positions that have more than
        // f.MaxVariants tile variants.
@@ -165,7 +174,7 @@ func (cmd *filtercmd) RunCommand(prog string, args []string, stdin io.Reader, st
                defer infile.Close()
        }
        log.Print("reading")
-       cgs, err := ReadCompactGenomes(infile)
+       cgs, err := ReadCompactGenomes(infile, strings.HasSuffix(*inputFilename, ".gz"))
        if err != nil {
                return 1
        }