manhattan.go

   1 // Copyright (C) The Lightning Authors. All rights reserved.
   2 //
   3 // SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   4
   5 package lightning
   6
   7 import (
   8         _ "embed"
   9         "flag"
  10         "fmt"
  11         "io"
  12         "os/exec"
  13         "strings"
  14
  15         "git.arvados.org/arvados.git/sdk/go/arvados"
  16 )
  17
  18 type manhattanPlot struct{}
  19
  20 //go:embed manhattan.py
  21 var manhattanPy string
  22
  23 func (cmd *manhattanPlot) RunCommand(prog string, args []string, stdin io.Reader, stdout, stderr io.Writer) int {
  24         var err error
  25         defer func() {
  26                 if err != nil {
  27                         fmt.Fprintf(stderr, "%s\n", err)
  28                 }
  29         }()
  30         flags := flag.NewFlagSet("", flag.ContinueOnError)
  31         flags.SetOutput(stderr)
  32         projectUUID := flags.String("project", "", "project `UUID` for output data")
  33         inputDirectory := flags.String("i", "-", "input `directory` (output of slice-numpy -single-onehot)")
  34         outputFilename := flags.String("o", "", "output `filename` (e.g., './plot.png')")
  35         csvOutputFilename := flags.String("csv-output", "", "csv output `filename` (e.g., './tile-locations-pvalues.csv')")
  36         csvOutputThreshold := flags.Float64("csv-output-threshold", 0, "logpvalue threshold for csv output (0 for none)")
  37         priority := flags.Int("priority", 500, "container request priority")
  38         runlocal := flags.Bool("local", false, "run on local host (default: run in an arvados container)")
  39         err = flags.Parse(args)
  40         if err == flag.ErrHelp {
  41                 err = nil
  42                 return 0
  43         } else if err != nil {
  44                 return 2
  45         } else if flags.NArg() > 0 {
  46                 err = fmt.Errorf("errant command line arguments after parsed flags: %v", flags.Args())
  47                 return 2
  48         }
  49
  50         runner := arvadosContainerRunner{
  51                 Name:        "lightning manhattan",
  52                 Client:      arvados.NewClientFromEnv(),
  53                 ProjectUUID: *projectUUID,
  54                 RAM:         4 << 30,
  55                 VCPUs:       1,
  56                 Priority:    *priority,
  57                 Mounts: map[string]map[string]interface{}{
  58                         "/manhattan.py": map[string]interface{}{
  59                                 "kind":    "text",
  60                                 "content": manhattanPy,
  61                         },
  62                 },
  63         }
  64         if !*runlocal {
  65                 err = runner.TranslatePaths(inputDirectory)
  66                 if err != nil {
  67                         return 1
  68                 }
  69                 *outputFilename = "/mnt/output/plot.png"
  70                 *csvOutputFilename = "/mnt/output/tile-locations-pvalues.csv"
  71         }
  72         args = []string{
  73                 *inputDirectory,
  74                 *outputFilename,
  75                 fmt.Sprintf("%g", *csvOutputThreshold),
  76                 *csvOutputFilename,
  77         }
  78         if *runlocal {
  79                 if *outputFilename == "" {
  80                         fmt.Fprintln(stderr, "error: must specify -o filename.png in local mode (or try -help)")
  81                         return 1
  82                 }
  83                 cmd := exec.Command("python3", append([]string{"-"}, args...)...)
  84                 cmd.Stdin = strings.NewReader(manhattanPy)
  85                 cmd.Stdout = stdout
  86                 cmd.Stderr = stderr
  87                 err = cmd.Run()
  88                 if err != nil {
  89                         return 1
  90                 }
  91                 return 0
  92         }
  93         runner.Prog = "python3"
  94         runner.Args = append([]string{"/manhattan.py"}, args...)
  95         var output string
  96         output, err = runner.Run()
  97         if err != nil {
  98                 return 1
  99         }
 100         fmt.Fprintln(stdout, output+"/plot.png")
 101         return 0
 102 }