plot.py

   1 # Copyright (C) The Lightning Authors. All rights reserved.
   2 #
   3 # SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   4
   5 import csv
   6 import numpy
   7 import os
   8 import os.path
   9 import scipy
  10 import sys
  11
  12 infile = sys.argv[1]
  13 X = numpy.load(infile)
  14
  15 colors = None
  16 if sys.argv[2]:
  17     samples = []
  18     labels = {}
  19     with open(sys.argv[2], 'rt', newline='') as samplelist:
  20         for row in csv.reader(samplelist):
  21             sampleid = row[1]
  22             samples.append(sampleid)
  23     phenotype_column = int(sys.argv[4])
  24     if os.path.isdir(sys.argv[3]):
  25         phenotype_files = os.scandir(sys.argv[3])
  26     else:
  27         phenotype_files = [sys.argv[3]]
  28     for phenotype_file in phenotype_files:
  29         with open(phenotype_file, 'rt', newline='') as phenotype:
  30             dialect = csv.Sniffer().sniff(phenotype.read(1024))
  31             phenotype.seek(0)
  32             for row in csv.reader(phenotype, dialect):
  33                 tag = row[0]
  34                 label = row[phenotype_column]
  35                 for sampleid in samples:
  36                     if tag in sampleid:
  37                         labels[sampleid] = label
  38     colors = []
  39     labelcolors = {
  40         'PUR': 'firebrick',
  41         'CLM': 'firebrick',
  42         'MXL': 'firebrick',
  43         'PEL': 'firebrick',
  44         '1': 'firebrick',
  45         'TSI': 'green',
  46         'IBS': 'green',
  47         'CEU': 'green',
  48         'GBR': 'green',
  49         'FIN': 'green',
  50         '2': 'green',
  51         'LWK': 'coral',
  52         'MSL': 'coral',
  53         'GWD': 'coral',
  54         'YRI': 'coral',
  55         'ESN': 'coral',
  56         'ACB': 'coral',
  57         'ASW': 'coral',
  58         '3': 'coral',
  59         'KHV': 'royalblue',
  60         'CDX': 'royalblue',
  61         'CHS': 'royalblue',
  62         'CHB': 'royalblue',
  63         'JPT': 'royalblue',
  64         '4': 'royalblue',
  65         'STU': 'blueviolet',
  66         'ITU': 'blueviolet',
  67         'BEB': 'blueviolet',
  68         'GIH': 'blueviolet',
  69         'PJL': 'blueviolet',
  70         '5': 'blueviolet',
  71         '6': 'navy',
  72     }
  73     for sampleid in samples:
  74         if (sampleid in labels) and (labels[sampleid] in labelcolors):
  75             colors.append(labelcolors[labels[sampleid]])
  76         else:
  77             colors.append('black')
  78
  79 from matplotlib.figure import Figure
  80 from matplotlib.patches import Polygon
  81 from matplotlib.backends.backend_agg import FigureCanvasAgg
  82 fig = Figure()
  83 ax = fig.add_subplot(111)
  84 ax.scatter(X[:,0], X[:,1], c=colors, s=60, marker='o', alpha=0.5)
  85 canvas = FigureCanvasAgg(fig)
  86 canvas.print_figure(sys.argv[5], dpi=80)