cwl/gvcf2fasta/concat-get_bed_varonlyvcf.cwl

   1 # Copyright (C) The Lightning Authors. All rights reserved.
   2 #
   3 # SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   4
   5 cwlVersion: v1.1
   6 class: CommandLineTool
   7 label: Concatenate and get no call BED and variant only VCF from gVCF
   8 requirements:
   9   ShellCommandRequirement: {}
  10 hints:
  11   DockerRequirement:
  12     dockerPull: vcfutil
  13   ResourceRequirement:
  14     ramMin: 5000
  15     outdirMin: 40000
  16 inputs:
  17   sampleid:
  18     type: string
  19     label: Sample ID
  20   splitvcfdir:
  21     type: Directory
  22     label: Input directory of split gVCFs
  23   gqcutoff:
  24     type: int
  25     label: GQ (Genotype Quality) cutoff for filtering
  26   genomebed:
  27     type: File
  28     label: Whole genome BED
  29   bashscript:
  30     type: File
  31     label: Script to untar and concatenate vcf tar ball
  32     default:
  33       class: File
  34       location: src/concat-get_bed_varonlyvcf.sh
  35 outputs:
  36   nocallbed:
  37     type: File
  38     label: No call BED of gVCF
  39     outputBinding:
  40       glob: "*_nocall.bed"
  41   varonlyvcf:
  42     type: File
  43     label: Variant only VCF
  44     outputBinding:
  45       glob: "*_varonly.vcf.gz"
  46     secondaryFiles: [.tbi]
  47 arguments:
  48   - $(inputs.bashscript)
  49   - $(inputs.sampleid)
  50   - $(inputs.splitvcfdir)
  51   - $(inputs.gqcutoff)
  52   - $(inputs.genomebed)