cwl/preprocess/haploidvcf/change_gt.js

   1 # Copyright (C) The Lightning Authors. All rights reserved.
   2 #
   3 # SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   4
   5 function record() {
   6   var inputGT = SAMPLES[0].GT;
   7   if (inputGT.indexOf('/') == -1 && inputGT.indexOf('|') == -1 ) {
   8     SAMPLES[0].GT = inputGT + "/" + inputGT;
   9   } else if (CHROM == 'chrM' && inputGT.indexOf('/') != -1) {
  10     return inputGT.split('/')[0] == inputGT.split('/')[1];
  11   } else if (CHROM == 'chrM' && inputGT.indexOf('|') != -1) {
  12     return inputGT.split('|')[0] == inputGT.split('|')[1];
  13   }
  14 }