cwl/preprocess/chrmvcf/change_gt_chrM.js

   1 # Copyright (C) The Lightning Authors. All rights reserved.
   2 #
   3 # SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   4
   5 function record() {
   6   if (CHROM == 'chrM') {
   7     var inputGT = SAMPLES[0].GT;
   8     if (inputGT.indexOf('/') == -1 && inputGT.indexOf('|') == -1 ) {
   9       SAMPLES[0].GT = inputGT + "/" + inputGT;
  10     } else if (inputGT.indexOf('/') != -1 && inputGT.split('/')[0] != inputGT.split('/')[1]) {
  11       return false;
  12     } else if (inputGT.indexOf('|') != -1 && inputGT.split('|')[0] != inputGT.split('|')[1]) {
  13       return false;
  14     }
  15   }
  16 }