doc: tutorial-job-debug update and style.

* Jobs now require a "repository" parameter.
* Use environment variables to specify the job script.

doc: Make running-pipeline-command up-to-date.

* @arv pipeline run@ now requires @--run-here@.
* Pipelines are now under Activity in Workbench navigation.
* The format of the example output has changed, along with all the
  Keep hashes.

doc: Highlight "you" in reference JSON.

Since this reference provides users with raw example JSON, and doesn't
tell them to write it with @cat@, we can't rely on shell variable
expansion here.

doc: Use $USER in tutorial JSON.

The tutorial encourages users to copy and paste command text.
However, most of the JSON needs to have a user-specific value for
"repository", which is easy to overlook.  Since we're telling users to
save JSON with @cat@, we can take advantage of shell variable
expansion to make the right thing happen automatically.

I added accompanying notes to help explain what's going on for people
who aren't copying instructions so literally.

Conflicts:
doc/user/tutorials/tutorial-firstscript.html.textile.liquid
doc/user/tutorials/tutorial-new-pipeline.html.textile.liquid

doc: Tweak running-external-program style.

doc: tutorial-new-pipeline clarity.

I renamed the "filter" job to "do_filter" to help disambiguate it a
little from "0-filter.py".

Conflicts:
doc/user/tutorials/tutorial-new-pipeline.html.textile.liquid

doc: tutorial-firstscript style consistency.

Conflicts:
doc/user/tutorials/tutorial-firstscript.html.textile.liquid

doc: tutorial-pipeline-workbench style+clarity.

doc: Fix tutorial-keep typos and consistency.

doc: Fix api-tokens typos and consistency.

doc: Fix ssh-access typos and consistency.

doc: Style and consistency in user/index.

Merge branch '2447-fix-workbench-search'

closes #2447

Fix searching on tables with no "name" column. Take care not to use
string operators on incompatible column types when applying
where/filters.

Load ArvadosApiClient after configuration.

Merge branch '2498-group-admin'

closes #2498

Fix down-migration: delete the system_group and automatically
generated links, and rename the migration.

Add migration to create system group in existing installations.

Add a system_group, and ensure it has can_manage permission on every
existing and future user.

This lets us give a user access to all users' data (on read-only or
read+write basis) without also giving them system level privileges
with the is_admin flag (which would also let them override business
logic like UUID assignment).

Document group-level administrator semantics.

Support group-wide administrator privileges.

If an admin user or group has permission to read/write/manage a target
user, the admin's permission extends to all other objects on which the
target user has permission.

Increase max #users shown on  users/activity page.

Move keep mount point outside TASK_WORK directory to prevent conflict
with arvados.util.clear_tmp().

Add repository=arvados now required by jobs.create.

Bump arvados-cli version to use output_is_persistent feature. refs #1932

Merge branch '1932-job-output-persistent'

closes #1932

Fetch --tags, otherwise we miss out on commits that are tagged but are
not on a branch.

Add dependency on latest arv-run-pipeline-instance.

Clarify c_already_finished comments.

Merge branch '2291-new-keepd-read-blocks'

Addressing code review comments (refs #2485, refs #2295)

os.Remove(f.Name()) is clearer and less scary than os.Remove(PROC_MOUNTS).

Unit test for FindKeepVolumes (refs #2295)

Move "empty blob" magic number into a Collection class method, remove
some old unused code and commented-out debug statements.

Fix some whitespace complaints.

Merge branch 'master' into 1932-job-output-persistent

Conflicts:
doc/user/tutorials/tutorial-firstscript.html.textile.liquid
doc/user/tutorials/tutorial-new-pipeline.html.textile.liquid
sdk/cli/bin/arv-run-pipeline-instance
services/api/db/schema.rb

Fix migration crash when script_version is nil.

Ignore "cache directory does not exist" error when clearing cache at
server startup.

Merge branch '2068-reset-user'

reload object before unsetup

doc: Make index adorable.

It's so cute!

minor cleanup

Clean up the users controller

Update tests to match controller updates towards admin_required

Use before_filter admin_required in the users controller for setup and unsetup actions

Improve the api call invocation

Update UI to use button_to instead of link_to to deactivate the user

Merge branch 'master' into 2068-reset-user

Update the text on the deactivate link

Use post method instead of get method when invoking the unsetup method from the api server.

Story #2068: Invoke the user -> unsetup method when an admin user clicks on the deactivate button in workbench

Expose user unsetup method from the API server. Added functional tests.

Merged branch 1741-internal-git-repo into 2333-crunch-dispatch-token-management

Fixed dangling 'end'

Merge branch 'master' into 2333-crunch-dispatch-token-management

Stylistic changes based on comments from Tom/Brett

Merge branch '2051-nondeterministic-jobs'

Merge branch '2291-new-keepd-read-blocks' (fixes #2291)

Incorporating code review comments (refs #2291, refs #2438)

Improve readability of unit tests. (refs #2291)

Pass *testing.T object into setup/store functions to reduce
error-checking overhead.

Add list of in-progress/planned SDKs.

Add Ruby SDK page.

Fix broken links and duplicate titles.

Add command line SDK page.

Add Perl SDK page.

Fixes "sec_error_reused_issuer_and_serial" SSL error in Firefox.

Added fix to workbench dashboard so that workbench integration tests pass.
Added slightly helpful failure message to test assertion.
Fixed non-normalized collection uuids in fixtures.

Merge branch 'master' into 2051-nondeterministic-jobs

Conflicts:
doc/README
doc/user/tutorials/tutorial-new-pipeline.html.textile.liquid

Added more tests and more aggressive input checking.

Merge branch '2412-do-not-reuse-task-work-dirs'

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

Fixes #2047: Catch connection errors in 'arv' and report the error nicely
instead of dumping a backtrace.

Incorporating comments from code review (refs #2438, refs #2291)

Reworked input validation on find_commit_range (for real this time!) and added tests.
Fixed descriptive text in tutorial-job1.
Removed dead code.

Merge branch '2288-smoke-test'

Removed trailing whitespace.

Fixed tests
Improved version string validation in find_commit_range
Removed spurious debugging flags
Removed dead code from commit.rb
Removed trailing whitespace
Fixed capitalization of Arvados in documentation

workbench: Timeout integration test Rails launch.

Merge branch 'master' into 2187-enhance-user-setup

Minor test updates

Merge branch 'master' into 2051-nondeterministic-jobs

workbench: Improve integration test Rails launch.

The previous version was susceptible to a race condition where it
would read the file after Rails created it, but before it actually
wrote a pid to it.  This would cause the rake test task to kill itself
later by running Process.kill('TERM', 0).

The controller invokes the create links method from the model when working on an existing user.

workbench: Document deployment Bundle testing.

Update controller action name in functional test. refs #1750

Merge branch '1750-remove-old-schema-doc'

closes #1750

setup method in user model assumes that the user object passed in is valid and hence no longer tries to find it.

Unit test TestGetBlockCorrupt. (refs #2291)

Ground work to remove found object logic from user model's setup method

Merge branch 'master' into 1932-job-output-persistent

Mark output as persistent at end of job, if Job record says to do so.

Add/explain output_is_persistent flag in example pipelines.

Fix reversed input/output in dependency explanation.

Update all functional tests to work with the new response format of List

Added unit tests TestGetBlockOneKeepOK and TestGetBlockFail (refs #2291)

Update user model to return a List instead of HashList

some minor refactoring

When uuid is passed, openid_prefix can be optional

Merge branch 'master' into 2187-enhance-user-setup

More unit testing

Add unit test for user model