3351: Set PUT request timeout to 60 seconds.

Merge branch '3286-home-button' closes #3286

3286: Split Home/Projects thing into Home button and Projects dropdown.

3193: Show name column in the ssh key section.

Do not remove /dev/stdout on interrupt signal. No issue #

3235: Add test case.

3193: disable submit button in popup if either name or public key are empty.

3193: add note if there are no ssh keys configured

3193: Move "SSH keys" and "API tokens" from notifications menu into settings gear menu. These are now available only for admin users.

Merge branch 'master' into 3193-manage-account

3193: add ssh key using popup

Merge branch 'staging'

Closes #3315.  Thanks Guillermo!

Create temporary directory if it does not exist

3235: Fix SQL query.

3349: Do not override working "test" defaults in example config.

3349: Add default blob_signing_key for test environment.

3349: Remove duplicate keys in default yml.

3349: Merge branch 'master' into 3349-install-docs

3349: Update to ruby 2.1.2

3349: Consolidate comments in application.default.yml

3235: Split GroupsController#contents logic out to load_searchable_objects.

3321: Workbench copes when pipeline components have an odd form.

Closes #3321.

2985: use move_selections_into_project action

3193: add wrapping to td elements

Add Keep install instructions (manual).

no issue #

3193: updated the vm section based on Tom's suggestion: let's skip the 'last login' column for now, until we can make logs record the actual VM uuid

Merge branch 'master' into 3193-manage-account

3193: add manage account action to users controller.

Merge branch '3200-ajax-error-handling'

Closes #3200, #3207, #3251, #3276, #3322.

3200: Improve error handling in Workbench's API client.

* Fix the class used for error responses that can be parsed but don't
  have a dedicated subclass.

* Ensure that exception.api_response[:errors] is always an array.

This improves the error reporting for #3207.

3200: X-Editable renders errors even without a message array.

The previous version was causing the X-Editable popup to spin
infinitely when the JSON errors were null.  See #3207, #3251.

3200: Workbench copes better when a tab fails to load.

Merge branch 'master' into 3219-further-docker-improvements

Merge branch 'master' into 3193-manage-account

3193: add manage account page to topnav.

2985: add "move project" to "Selection..." dropdown

* add argument help to build.sh

* fix clean/realclean/deepclean invocation syntax in documentation

refs #3219

Suppress warnings and spurious error messages for the clean, realclean
and deepclean targets.

refs #3219

Make --deepclean also remove the crosbymichael/skydns and crosbymichael/skydock images.

refs #3219

Make the build script prompt for a shell login name.

refs #3219

2044: Improve reporting when project sharing fails.

Our select modal knows how to render an errors key in the JSON
response.  This commit adjusts the project controller to conform to
this convention.  Refs #2044, #3200.

Merge branch '2769-keep-delete-request'

Refs #2769

2769: reorganize REST handlers

Reorganizing REST handlers into their own source file.

Refs #2769.

Whitespace fixes

refs #3219

* move the downloading of skydns and skydock from arvdock to
  build_tools/Makefile

* add echo statements to the start of build steps in
  build_tools/Makefile

refs #3219

Merge branch 'master' into 3219-further-docker-improvements

* Update docs to reflect that crunch is now supported.

* Rename --mrproper to --deepclean

refs #3219

Merge branch 'master' into 3138-wiselinks

3138: add wiselinks data-push to project link.

Fix extra row left behind after deleting a pipeline instance. closes #2929

3138: Split body into a separate layout for wiselinks.

2044: Make project sharing tests more forgiving of Ajax timing.

Apparently waiting our default 5 seconds is not always sufficient to
get an Ajax response that requires a roundtrip to the API server.
Wait longer in these cases.  Not the most elegant solution, but I
don't see a better option.  Refs #2044.

2044: Workbench resource lists support Enumerable-style select.

Refs #2044.  Enumerable-style select is used in places like the groups
index.

arvdock starts 2 compute nodes, always.

refs #3219

Merge branch '3072-empty-collection-bugfix'

closes #3072.

Merge branch 'master' into 3138-wiselinks

closes #3140
Merge branch '3140-project-content-tabs'

Merge branch 'master' into 3140-project-content-tabs

Merge branch 'master' into 3140-project-content-tabs

Conflicts:
apps/workbench/app/controllers/projects_controller.rb

3072: rendering "Empty Collection" in default_name

Collection.default_name now renders "Empty Collection" for collection
d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e.

Refs #3072.

Merge branch '3182-workbench-test-race'
closes #3182

3182: Fix races by using find() instead of {sleep; page.has_text?}.

3235: Fix errant merge.

3235: Merge branch 'master' into 3235-top-nav-site-search

Conflicts:
apps/workbench/app/views/application/_choose.html.erb

3235: Fix project dropdown, use it when choosing collections.

Remove extra spinner. closes #3301

3170: Use find().all() instead of page.all() to accommodate ajax content. refs #3170, #2044

3170: Fix stale use of tab_pane_valid_state. refs #3170

3235: Hide projects dropdown unless caller asked for it.

Merge branch '3170-refresh-tab-pane'
closes #3170

3170: Merge branch 'master' into 3170-refresh-tab-pane

3170: Add comments.

Merge branch '2044-workbench-project-sharing'

Closes #2044, #2749, #3238.

2044: Add Workbench interface to manage project sharing.

This empowers administrators to add, modify, and remove permission
links on projects.

2044: Workbench route to share a project with others.

This route is intended to support AJAX requests from the interface to
share a project with one or more users/groups.

2044: Workbench can query the API /permissions method.

2044: Add more helpers to get FA icons for objects.

2044: Workbench supports API select parameter.

This can help ensure symmetry between admin and non-admin requests for
the user index.

2044: API server lets group managers see group permission links.

This implementation hooks into find_object_by_uuid because that was
the simplest thing that could work and unblock larger development on
this story.  Longer-term, we would like to solve this problem more
generally.  See the comments added to the links controller test for
more explanation about that.

2044: All users can give all other users folder permissions.

This supports a Workbench sharing button, the same way that the
changes to users#index does.

3138: Wrap breadcrumps and page-wrapper in a body-wrapper div. Update this target for wiselinks for each request.

Merge branch 'master' into 3138-wiselinks

3138: update page-wrapper for each refresh.

3303: Add logfile support to arv-mount.

The primary thrust of this commit is to teach arv-mount to log to a
file.  This can help make it easier to track down exceptions that
happen while the process is daemonized.

To support better logging information, it also sends exception
tracebacks directly to the log.  This required reorganizing the code
to daemonize earlier.

Refs #3303.

3138: wiselinks data-push still not working.

Merge branch 'master' into 3219-further-docker-improvements

* Add shell node to docker installation.

* Remove documentation warning about missing crunch support.

* Various small improvements

refs #3219

3235: Top nav "search" button opens a collection chooser.

Merge branch '3214-permission-to-use-owner-uuid'
closes #3214

3214: Merge branch 'master' into 3214-permission-to-use-owner-uuid

3214: Readability: rearrange conditionals, and say "old" instead of "existing"

3214: Split independent unit tests into separate test cases.

3072: anonymous group can_read empty collection

empty_collection is owned by the system user, like all other
collections. When it is created, a permission link is also created
giving the anonymous group permission to read it.

Added test fixtures for the empty collection and its associated
permission link.

Workbench renders links to the empty collection as "Empty Collection".

The unit test and integration tests focus just on the empty
collection (other collection ownership/readability issues will be
addressed elsewhere).

Merge branch 'master' into 3138-wiselinks

Merge branch 'master' into 3140-project-content-tabs

3140: fix tests to match the project content display related ui updates

3252: Include README in Python source manifest.

The real issue with our Python package builds is that this file isn't
being included, which causes setup.py to fail when it's run from a
source tarfile.  It *is* being included on my box, but that seems to
be because of extra information from git, or lingering information in
my .egg-info directory.  This change should make sure README is
included when a clean sdist is prepared.

This reverts commit e16c1ecc8097fd586e86fc90206836000b5f5004,
since that wasn't the real bugfix.  Refs #3252.

closes #3160
Merge branch '3160-copy-unnamed-pipeline'

Merge branch 'master' into 3160-copy-unnamed-pipeline

3160: use blank name when copying any object with no name, not just pipeline instances.