Merge remote-tracking branch 'origin/master' into 2049-run-job-from-workbench

Fix refresh feature on pipeline_instances/show.

Note symbolic link to ../application/show.html.erb seems to be
necessary for "render template: 'pipeline_instances/show'" to work;
rails doesn't fall back to application/show automatically here.

Revert "Move left nav all the way to the top left corner."

This reverts commit d7a07294a8d4a546852a33417972924f658e4024.

Improved/fixed color coding of job status for pipelines.

Merge remote-tracking branch 'origin/master' into 2049-run-job-from-workbench

Conflicts:
apps/workbench/app/views/layouts/application.html.erb

Moved code specific to editing pipelines from editable.js to pipeline_instance.js.
Improved detection of paramater data type to choose the right editing control.

UI for editing component parameters now correctly highlights the background of required parameters that are not set, and removes the highlight when the parameter is set.

Editing input values of pipeline_instances mostly works, but needs polishing.

Pipeline parameter editing supports selection box for choosing from workbench persistent selection list.  Actually committing changes not tested yet.
Also changed layout of selection dropdown and added "clear selections" button.

Move left nav all the way to the top left corner.

Merge remote-tracking branch 'origin/master' into 2049-run-job-from-workbench

Do not blow up on node create when the ec2 configuration values are not
set.

All this ec2-specific stuff needs to be ripped out, but for now this
will have to do.

Checkpoint, working on form to set component inputs.

Merge branch '2060-edit-tags-in-workbench'

closes #2060
closes #1981

Turn off CSS animation on loading graphic; make it red instead.

Fix spacing of tag labels.

Fix files=nil -> files=[] in API response for empty collection.

Merge branch 'master' into 2060-edit-tags-in-workbench

Merge branch 'master' into 2060-edit-tags-in-workbench

Fixed url_for() so that links/redirects to workbench records work as expected.
Can now click a "play" button next to a pipeline template and create a pipeline instance.

Update Python SDK docs to reflect new llfuse dependencies.

Document pkg-config dependency for llfuse.

Consume all arguments after arv-mount --exec, and fork subprocess
without a shell to avoid double shell expansion.

Use fusermount -z to force detach and avoid hanging on exit.

Update Docker-based services to ruby-2.1.0.

Use rvm-exec to eliminate extra bash process provided by "rvm do". closes #2095

Update Python SDK install step, add virtualenv dependency

Use %N instead of %n format and parse node ranges ourselves if slurm <2.3

Frontend feature to add items to locally-stored selection list that is session-persistent.

Update arvdock instructions.

Added selection box to collections

Added localStorage selection to generic index pages.

Remove -h flag from arv examples in docs, now that it means --help.

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

# Please enter a commit message to explain why this merge is necessary,
# especially if it merges an updated upstream into a topic branch.
#
# Lines starting with '#' will be ignored, and an empty message aborts
# the commit.

Merge branch '1965-fuse-support-directories'

Conflicts:
sdk/python/arvados/keep.py

Hash now uses get_task_param_mount() to read from fuse mount instead of CollectionReader.

Added alternate option to one_task_per_input_file to encode specification of input files as collection/stream/file instead of raw manifest text.

Added StreamFileReader.as_manifest() back and added test for it.
Refactored manifest text generation a bit.

Merge branch 'master' into 2199-crunch-virtualenv

get_job_param_mount() and get_task_param_mount() tested and working.

Added symlink arv-mount, arv-normalize, arv-ls to cli/bin

Added get_job_param_mount() and get_task_param_mount()

Changed JOB_WORK to TASK_WORK in mounting keep directory.

Added arv-mount

--exec works

Added --exec, needs testing.

Fixed caching so that reads by other threads for a block which is already
being downloaded will block all threads until the block is downloaded.

caching wip

Added test for magic directories.

Added basic unit test for fuse mount.

changed fusepy to llfuse

installing llfuse from pip instead of debian

Added comments and some refactoring.

Improve headings in Python SDK installation section.

Update Python SDK documentation to reflect availability of PyPI package,
as well as the updated build-from-source instructions.

Improve python sdk package building to allow for easy distribution via
pypi.

Update url field in python sdk setup.py file.

Robustness improvements

Fuse driver works for mounting collections and reading files.  Tested with jlake collection, spot checked m5dsum values of several files which matched the md5sum catalog in the jlake collection.

Working on fuse mount

Directory browsing works, working on error handling for file reading.

Work in progress arv-mount based on llfuse and supporting directories listings.

Fixed file page to sort by stream name, then by file name

Do a partial normalization of file list before sending to client.

Put some code into collection model to do normalization but I don't think that is the right place for it.

Re-order left nav and make labels consistent with arvados vocabulary.

Added arv keep normalized

Added arv-normalize

added -s option

implemented arv-ls to replace whls

Working on arv-ls

Merge branch 'master' into 2199-crunch-virtualenv

Fix more namespace bugs.

Install Python SDK from repository (if present) into virtualenv for
crunch job.

Fix missing : separator in PYTHONPATH.

Tests pass

Fix namespace bugs.

Added readfrom()

Unit tests for arvados.locators_and_ranges

Add {repo}/arvados/sdk/python to Python search path during crunch job.

Merge branch 'master' into 2060-edit-tags-in-workbench

Update fixed header rows after new content arrives via ajax.

Lighten and add tooltips to "delete tag" buttons.

Fix breadcrumb-hiding on user agreements page. closes #2191

Merge branch 'master' into 2060-edit-tags-in-workbench

Fix fixed-header-row hack. closes #2194

Light up "add tag" buttons on button hover, not cell hover.

Do not show "delete tag" button unless current user owns tag.

Add and remove collection tags with ajax.

Fix up tag and "add tag" button display.

Merge branch 'master' into 2060-edit-tags-in-workbench

Conflicts:
apps/workbench/app/assets/javascripts/application.js
apps/workbench/app/assets/stylesheets/application.css.scss

Merge branch '2179-demo-feedback'

refs #2179

Render collection provenance graph top-down like other graphs.

closes #2184

Merge branch 'master' into 2179-demo-feedback

Fix symbol key used in serialized attribute. closes #2186

Fix crash if @notifications is nil.

Return only true or false for is_invited, never group uuid.

Hide top nav notifications and links to tokens/keys pages until user
is active.

closes #2188

Say when re-using existing jobs, even without debug mode. closes #2183

Output a blank line between pipeline status updates. closes #2182