Merge branch '6263-gitolite-test' refs #6263

Merge branch 'wtsi-hgi-fix/7205-arv-edit-tty-check'

refs #7205

Update docs to accomodate URL change for the Arvados redmine
installation. It now lives at dev.arvados.org.

refs #7187

Fix switch typo in arv-mount tutorial docs.

No issue #.

Moves printing of `arv edit` messages out-of-band

Messages regarding update of object after edit are now
printed out-of-band to STDERR rather than to STDOUT
where they might mix with non-interactive "editors"

Removes unnecessary check that stdout is a TTY

arv-copy: Make the help text for the --src and --dst options more easily
intelligible.

No issue #

6263: Rearrange test suites to share code better.

Merge branch '6638-python-backport-dependencies-wip'

Closes #6638.

6638: Remove C dependencies from our Python SDK.

Now that our backports properly declare their C dependencies, they're
no longer needed here.

6638: Python backports declare all their C dependencies.

See #6638 for discussion about how these dependency lists were
generated.

6263: Add gitolite integration test. Fix existing tests to use bare repos on server side.

Merge branch '6953-docker-image-cleaner' closes #6953

Fix import error for NodeAuthSSHKey refs #6507

6953: Add arvados-docker-cleaner instructions to compute node setup page.

Merge branch '6507-node-manager-azure' closes #6507

Merge branch 'master' into 6507-node-manager-azure

Merge branch '6997-keepstore-mem' refs #6997

6997: Fix fencepost error causing race condition in test.

6997: Add test case for (*UnixVolume)IndexTo().

Doc fix: protect against accidentally pulling in all versions of the
arvados/jobs image in versions of Docker before 1.3.

Cf. https://github.com/docker/docker/commit/82b0c3e59ca12dd87bf2a9d88a63ff66e7d29fb4

closes #7150

6997: Avoid unnecessarily inefficient dirent sorting (and a mismatch between index and store/fetch logic) by doing a custom traversal.

Write "all interfaces, any port" as ":0" (not ":") for compatibility with Go 1.5. refs #6997

6507: Change version number for libcloud fork to 0.18.1.dev1 because local tags create too much trouble.

Merge branch '6859-fix-invalid-manifests' refs #6859

6859: Find locator-like strings even if not space-delimited.

6859: Fix up module usage, mock backtick to test arv-put error handling.

Merge branch '6263-arv-gitolite' refs #6263

6263: gofmt

6263: Update doc.go: mention gitolite-shell.

6859: improve locator parsing to consider any terminating [[:xdigit:]]{32}; improve tests with more invalid locators.

Merge branch 'master' into 6859-fix-invalid-manifests

6507: Filter out "tag_" from create_kwargs.

6507: Use dependency_links to specify custom libcloud package needed for azure support.

6781: Pass tests regardless of whether an admin group exists on the test host. refs #6871

Merge branch '6781-arvados-login-sync' refs #6781

6781: Clarify "logins" vs. "get_all_logins" APIs by moving common code into render_logins_for.

6781: Do not try /get_all_logins (the new /logins route is now 2 years old).

6781: Fix scope for user-sync script in documentation.

6781: Add arvados-login-sync section to shell server install page.

6781: Add test cases and packaging support.

6781: Use env vars instead of yaml config file.

6781: Add arvados-login-sync (was update-shell-accounts.rb)

Merge branch '6940-workbench-centos-install-wip'

Closes #6940, #7053.

6940: Workbench install guide describes using Nginx with Software Collections.

Because Workbench invokes arv-get, it needs this configuration to find
arv-get in the Software Collection root.

6940: Move arvados-workbench-upgrade.sh down in install guide.

The script tries to restart Nginx, so Nginx should be set up first.
No issue #.

6859: add test that creates and salvages a collection with invalid manifest text.

Merge branch 'master' into 6859-fix-invalid-manifests

6859: script does not catch expections during salvaging; instead they are propagated resulting in exit; update tests.

Fix up additional places in keepproxy install docs to use example
"keep$uuid_prefix.your.domain" consistently.  refs #6918

6507: Remove unused imports, move _init_ssh_key() into base, set hostname tag on sync_node(), tweak tests.

Merge branch 'master' into 6859-fix-invalid-manifests

6263: Split git-specific stuff into git_handler.go, add tests for new env vars.

Merge branch '6918-remove-nginx-cors-headers' closes #6918

6918: Further clean up recommended nginx proxy configuration.

6918: Fix server_name in example nginx config.  Remove client_body_buffer_size.

Merge branch '6941-docs-fix-www-data' closes #6941

6941: Add note about needing to fill in correct web server user in places where
www-data was used before.

arv-tag respects more valid ARVADOS_API_HOST_INSECURE values.

This makes it more consistent with other tools, including `arv`
itself.  No issue #.

closes #6640
Merge branch '6640-all-projects-dup'

Merge branch 'master' into 6640-all-projects-dup

Merge branch '6942-improve-compute-node-setup-script'

closes #6942

Merge branch 'master' into 6942-improve-compute-node-setup-script

Some more improvements based on review feedback.

closes #6942

arv-tag authenticates to the API server with OAuth2.

No issue #.

Merge branch '7012-no-docker-install-doc' closes #7012

6918: Update documentation to remove CORS headers from sample nginx
configuration.  Add sample ssl_, proxy_ and client_ settings as well.

closes #7010
Merge branch '7010-git-version'

Merge branch 'master' into 7010-git-version

7010: trimmed version git version note.

7012: Remove Docker install from _config.yml as well.

7012: Rewrite introduction page to remove links to Docker install and clarify
description of the manual installation method.

6507: Fix test

6507: Use get_image() instead of list_images() for image lookup.

Improve compute node setup script.

closes #6942

7010: add note in install guides that we need git version 1.7.10 or later.

6263: Set flag to skip gitolite permission checks, and set SERVER_ADDR so gitolite doesn't complain.

6263: Pass through environment variables needed by gitolite-shell.

6640: Fix whitespace, remove excess end tag.

6640: Replace paging test with all_projects bugfix test.

6859: Always raise an exception on errors during salvaging. Catch any such exceptions in the script and exit. Update test accordingly.

6640: dup all_projects when reusing it for find_objects_for_index, to
avoid infecting the projects dropdown menu with this request's filter
params.

Merge branch 'master' into 6859-fix-invalid-manifests

refs #6640
Merge branch '6640-projects-menu'

6640: Show only My Projects in dropdowns: use search modal for shared projects.

6507: Fix tests

6507: Set hostname tag in arvados_create_kwargs instead of sync_node.

6507: Paste in command line for creating service principals instead of just
referencing generic documentation.

6507: Added notes to sample azure configuration file

6507: Add basic azure driver tests.

closes #6862
Merge branch '6862-git-doc-guide-new'

closes #6652
Merge branch '6652-test-system-menu'

6652: Added assertion and changed assertion to use assert_text instead
of page.has_text?.

Merge branch 'master' into 6652-test-system-menu

Create, destroy, tag nodes.

6862: Fixed typos and syntax in git-arvados-guide

6862: Moved clone arvados repository from tutorial-submit-job to git-arvados-guide, fixed some headers to include Arvados repository

6862: Added a quick guide to git, from git clone to git push.

6095: Brown paper bag fix the last commit.

I swear I tried to test before I pushed, but I used --no-recursive,
which meant we never got to this code.  That also explains why we
didn't catch the lack of recursion earlier.  Apologies.  Refs #6095.

6859: mocking Kernel system method had the undersirable side effect of impacting any and all invocations of this method resulting in failures in other tests. Hence, refactored the arv-put invocation into a separate method and mocked this instead in the test. All tests pass now.