11465: tooltip on disabled pencil icon

closes #11465
Merge branch '11465-disabled-collection-file-tooltips'

11465: correct disabled tooltip behavior on image types

Fix crunch-run tests.

refs #11209

11465: add tooltips to disabled collection file controls

Merge branch '11209-crunch-unmount-all'

refs #11209

Merge branch '11502-arvget-flaky-test'
Closes #11502

11502: When getting a manifest using a PDH, the manifest is stripped.
Corrected test so that when comparing manifests, it does so by comparing stripped ones so that it doesn't intermittently fail.

11209: Use arv-mount --unmount-all instead of mount|awk|xargs script to clean up stale mounts from previous jobs.

Merge branch '11462-cwl-cache-collectionreader' refs #11462

11462: Log ArgumentError in make_output_collection.  Add test for CollectionCache.

Fix regression, restore a line that shouldn't have been removed. refs #10401

11462: Fix crunch script for fetcher_constructor constructor change.

Add missing test file. refs #10401

11462: Runner asks for 3000 MB of RAM by default instead of 1024.

11462: Add missing test file.

11462: Bump cwltool version for mergedirs() fix

11462: Store CollectionReader objects in a central cache to avoid redundant
fetches & storing multiple copies.  On pipeline with large inputs, reduced
memory usage by up to 70%.

11465: add tooltips to disabled collection file controls

Merge branch '11493-cwl-six' refs #11493

11493: Bump cwltool version for relaxed dependency on 'six'

Merge branch '8567-moar-docker' refs #8567

Merge branch '10401-limit-dir-expansion' closes #10401

8567: Migrate unnamed images

Merge branch '11341-arvput-resume-error'
Closes #11341

Merge branch '8465-cwl-containers-stdin-stderr' closes #8465

closes #11365
Merge branch '11365-collection-lock-button'

11341: Fixed log message

11341: Added additional information log for cases when the user ask to not use any cache.

10401: Document LoadListingRequirement in Arvados extensions.

11365: "lock" collection to prevent user from deleting / renaming files until user explicitly unlocks by clicking the button.

10401: Add integration tests for directory listing behavior.

11341: Use NamedTemporaryFile instead of mkstemp for cache saving.
Added logging messages to inform the user what's happening with the cache file.

11349: Fix section name in example configs.

refs #11349

8465: Add unit test for generating container request with std* redirection.

Merge branch 'master' into 10401-limit-dir-expansion

cwl/test_with_arvbox.sh pulls arvados/jobs:latest refs #11457

Build SSO packages for Ubuntu 1604. refs #11457

10401: Get structure.sql from master.

Merge branch 'master' into 10401-limit-dir-expansion

Build packages for python "future" module.

refs #11349
refs #11308

refs #8465
Merge branch '8465-stderr-redirection'

Merge branch 'master' into 8465-stderr-redirection

8465: arvados-cwl-runner support for stdin and stderr redirection with containers.

Merge branch '11349-nodemanager-status-api'

refs #11349

11349: Move assertion outside loop for clarity.

11349: Warn if management/status server is not enabled.

Merge branch '6304-dns-update-fix'
Closes #6304

6304: Change assertion type for better failure message.

Secure link to google search.

No issue #

6304: Merge branch 'master' into 6304-dns-update-fix

6304: Corrected test setup to make it pass.
Added a separator to the temp file so that its name is more readable.

Merge branch '8465-stdin-redirection' into 8465-stderr-redirection

8465: test cleanup

6304: Clean up temp files that could exist in case of writing errors.
Also added a test for this case, not working properly atm.

Merge branch '11332-cwl-url-quoting' refs #11332

11332: Add @ to quote safelist.

11349: Report wishlist size in status["nodes_wish"].

11332: Use urllib quote/unquote to handle special chars (e.g. '#')

11349: Add management server with /status.json

8465: Set proper container flags to provide data on stdin.

Merge branch '11237-google-api-python-client' refs #11237

11237: Tweak version dependencies.

11237: Don't build oauth2client on ubuntu1604

11237: Bump google-api-python-client to 1.6.2 for better compatability across
oauth2client and Python versions.

Merge branch '11209-unmount-subtype'

refs #11209

Increase ping delay in WatchdogActorTest to try and reduce spurious test failures.  no issue #

Add check that gnutls.h is available so pycurl can compile.  no issue #

Ensure chown does not fail on disappearing files and dirs

refs #11363

11209: Restrict --unmount* operations to given --subtype.

Add warnings about affecting other fuse mounts with --unmount flags.

8465: added stderr redirection and tests

Add missing test file refs #11423

Merge branch '8104-pycurl-721'

closes #8104

8104: Do not close sockets after giving them to pycurl. Reverts 7b31dd40b31bdbf7473b50fd407cd6f636657c69.

8104: Drop unnecessary lambda.

8465: do not wait in the go routine while doing io.Copy of stdin and also invoke runner.stop on error.

8104: Stop building pycurl package for ubuntu1604.

Merge branch '11423-cwl-collection-dir-ref' closes #11423

11423: Restore check to use pdh_path because it is only supposed to match Files
references.

Merge branch '7824-arvls-arvput-collection-api-usage'
Closes #7824

7824: Merge branch 'master' into 7824-arvls-arvput-collection-api-usage

8104: Remove pycurl<7.21.5 dependency.

8104: OPENSOCKETFUNCTION accepts calls from pycurl 7.21.

11308: Close socket after pycurl.

Merge branch 'master' into 8465-stdin-redirection

8465: test clean up

11423: Fix bug checking existence of Directories which refer to root of keep collections.

Merge branch '11413-nodemanager-gce-fixes' refs #11413

8465: added stdin redirection for json mount.

6304: Avoid possible dns update race condition by writing the temp file with unique name to avoid collisions.
Catch IO specific exceptions when trying to write the config files.
Added test to assert that no config file is written when the update command is not set up but the config dir is.

7824: Added test cases.

8465: added stdin redirection for collection

11413: Use getattr() in exception handler.

11413: Wrap destroy_node with similar logic to create_node: on exception check
the node list to determine if the node was actually destroyed successfully.

Merge branch '11100-cr-output-ttl'

refs #11100

11413: Fix issues with node manager on GCE:

* Always override Node.size with CloudSizeWrapper

* Get updated node record before setting metadata to minimize 'Supplied
  fingerprint does not match current metadata fingerprint.' error.

* Use ex_set_node_metadata() instead of issuing request directly.

7824: Now a subdirectory can be asked to be listed. Also, enhanced error message when asking for a non existant collection.

7824: Several improvements:
* Added error reporting on cases where the user ask for downloading a nonexisting file/subdir inside a collection.
* Enhanced error message when the user ask to download a non existing collection.
* Improved the collection traversal when downloading a subcollection.
* Exit with an error message when asking for a subcollection name without the trailing '/'.
* Error out if asking to get a subcollection with '-' as destination.
* Test updated.

Merge branch '11407-go-sdk-debug' closes #11407

11407: keepclient checks for ARVADOS_DEBUG and enables debugging.