6263: Pass through environment variables needed by gitolite-shell.

6640: Fix whitespace, remove excess end tag.

6640: Replace paging test with all_projects bugfix test.

6859: Always raise an exception on errors during salvaging. Catch any such exceptions in the script and exit. Update test accordingly.

6640: dup all_projects when reusing it for find_objects_for_index, to
avoid infecting the projects dropdown menu with this request's filter
params.

Merge branch 'master' into 6859-fix-invalid-manifests

refs #6640
Merge branch '6640-projects-menu'

6640: Show only My Projects in dropdowns: use search modal for shared projects.

6507: Fix tests

6507: Set hostname tag in arvados_create_kwargs instead of sync_node.

6507: Paste in command line for creating service principals instead of just
referencing generic documentation.

6507: Added notes to sample azure configuration file

6507: Add basic azure driver tests.

closes #6862
Merge branch '6862-git-doc-guide-new'

closes #6652
Merge branch '6652-test-system-menu'

6652: Added assertion and changed assertion to use assert_text instead
of page.has_text?.

Merge branch 'master' into 6652-test-system-menu

Create, destroy, tag nodes.

6862: Fixed typos and syntax in git-arvados-guide

6862: Moved clone arvados repository from tutorial-submit-job to git-arvados-guide, fixed some headers to include Arvados repository

6862: Added a quick guide to git, from git clone to git push.

6095: Brown paper bag fix the last commit.

I swear I tried to test before I pushed, but I used --no-recursive,
which meant we never got to this code.  That also explains why we
didn't catch the lack of recursion earlier.  Apologies.  Refs #6095.

6859: mocking Kernel system method had the undersirable side effect of impacting any and all invocations of this method resulting in failures in other tests. Hence, refactored the arv-put invocation into a separate method and mocked this instead in the test. All tests pass now.

Merge branch 'master' into 6859-fix-invalid-manifests

6095: Stop demoting OrderedDicts to dicts in arv-copy.

History: first there was 79564b0ac7d03327cc351bbd6df544ab1f776380.
This preserved the order of copied pipeline templates, but that's in
part because it stopped recursing through those templates.
1b8caff3ad598744e4a0379b01fc95ca4838caa0 fixed the recursion, but then
started losing the order again.  This retains the order by ensuring we
copy OrderedDicts as OrderedDicts.

Refs #6095, #7001.

6998: Set force_ssl: false in Workbench Docker image.

This better matches the existing Docker image configuration, which
currently does not serve HTTPS at all.  Refs #6998.

6859: reset ARVADOS_API_HOST and ARVADOS_API_TOKEN in teardown method in test.

6859: observed that an exit from test running is captured and misinterpreted by the Kernel.exit mock method. Hence, update salvage_collection to exit with code 200, which is outside the range of special exit codes. tldp.org/LDP/abs/html/exitcodes.htmla

Merge branch 'master' into 6859-fix-invalid-manifests

6859: add one more test with error during arv-put

Accept libcurl4-openssl-dev as an alternative to libcurl4-gnutls-dev dependency. refs #6638

Use relative data_files paths so package is installable in a virtualenv. refs #6934

Unfortunately this also means /usr/pam-configs/arvados moves to
/usr/local/pam-configs/arvados, where pam-auth-update(8) does not see
it.

Merge branch '6638-backport-deps' refs #6638

Merge branch '6950-install-guide-job-test-wip'

Closes #6950, #6960.

6950: Improve "make a job" check in Crunch dispatch install guide.

* This check ensures that Crunch has something to dispatch.  It
  doesn't test anything about the disptacher itself.  Move it up, as a
  prerequisite sanity check.
* Explain what success looks like.
* Explain common error causes and how to debug them.
* Better markup for the user input.

6859: add test for salvage_collection

6652: Add a new repository and add a new authorized key buttons no longer
appear in the admin pages and tests have been updated.

6507: Initial commit

6859: Add check for ENV[ARVADOS_API_TOKEN] and handle any other issues during arv-put. Split salvalge_collection method into lib module.

6859: use --as-stream and improved arg parsing.

6638: 6934: Fix up shellinabox example and add to package.

6638: Add package deps for llfuse and pycurl backports

Merge branch 'master' into 6859-fix-invalid-manifests

closes #6572
Merge branch '6572-doc-copy-pipeline'

6572: minor section title updates

Merge branch 'master' into 6572-doc-copy-pipeline

6859: fix issue with tempfile not actually being written and also update message logging.

Merge branch 'master' into 6859-fix-invalid-manifests

6638: Add python sdk package dependencies.

Merge branch '6934-pam' refs #6934

6934: Recommend system-log-daemon metapackage, not rsyslog specifically.

Merge branch 'master' into 6859-fix-invalid-manifests

6934: Move integration tests into separate dir.

Now, "python setup.py --test-suite integration_tests" will run
integration tests, and "python setup.py" won't -- regardless of
whether you are root, and what your pam config looks like.

6934: Fix Dockerfile instructions. Use default test port. Use arvados/foo tag convention.

6859: updated script to append all locators to newly created manifest text from the original salvaged collection.

Merge branch '5824-go-sdk' refs #5824

5824: Merge branch 'master' into 5824-go-sdk

6934: Add pam_sm tests.

6934: Split module

6934: Put wrapper in /lib/security/ instead of writing dist-packages path in config file. Make integration test work.

6934: Add packaging instructions

6859: added salvage_collection.rb script.

Merge branch 'master' into 6572-doc-copy-pipeline

5824: Test invalid argument vs. 404.

6938: Install guide covers git server before standard objects.

The standard objects page covers creating the arvados git repository,
which requires Git hosting to be set up already.  It also feels like
this flows a little nicer because currently the Git server must be on
the same host as the API server.

Closes #6938.

5824: Add tests for UUIDMatch and PDHMatch.

5824: Return InvalidArgument (not 404) for poor argument choices that do not involve real HTTP failures.

Merge branch '6260-work-queue-status' refs #6260

6572: update to make it clear that the user can access anonymous token to use arv-copy.

6260: Add explanatory comment about testing /status.json.

6260: Rename ReportDone to DoneItem.

6260: Improve Gate explanation.

Merge branch 'master' into 6572-doc-copy-pipeline

5824: Add test for nonexistent resource type.

5824: Document ClientPool.

5824: Doc/comment fixes, add test for "Get empty UUID"

5824: Fix up comments for godoc.

5824: Add UUID and PDH matchers.

5824: Do not JSON-encode string params. Fixup comments for godoc.

5824: Use fmt "%+q" instead of custom escaping.

5824: Add Get() method to arvadosclient.

Shut down API server after suite (noticed during 5824, otherwise no issue #)

5824: Move client pool to SDK.

5824: Move quoted-logging function to SDK.

5824: gofmt

5824: Move spying ResponseWriter to SDK.

5824: Move HTTP server code to SDK.

5824: Move request auth code into an SDK package. Support more ways of passing tokens.

closes #6858
Merge branch '6858-job-re-run-documentation'

refs #6827
Merge branch '6827-short-token'

Improve crunch-dispatch runit script in install guide.

* Modernize crunch-dispatch's prerequisites.
* Document what this script is.
* Consolidate environment variables for easier configuration.

No issue #.

Include example service script for keepproxy.

Conveniently you just need this one line, which should work equally
well in all kinds of supervisors.  No issue #.

6827: fix error in setting valid token.

6827: set validApiToken flag after ensuring that getting list of repositories work with the given credentials.

Merge branch 'master' into 6827-short-token

6827: Test logging handler with short token.

6260: Pull entire status object out of WorkQueue atomically.

6260: Expose queue sizes in /status.json. Fix sleep/race in trash_worker_test.

6260: gofmt

6260: Fix races in keepstore tests. Expose WorkQueue in-progress/queued stats.