Merge branch 'master' into 5720-ajax-loading-error

refs #5179 : gem version in workbench

closes #5179
Merge branch '5179-dirs-in-filenames'

5179: one more test with multilevel manifest text

Merge branch 'master' into 5179-dirs-in-filenames

Revert errant change in f8e6cb3. refs #3126

Docker: fix the build of the sso docker container.

No issue #

Merge branch '3126-remote-git-url' closes #3126

5720: ajax new request check update

3126: Skip some unnecessary db resets.

3126: Use localhost to simulate API failures. reset_application_config in teardown
nstead of setup. Remove superfluous cleanup.

3126: Handle "no local repository" case better.

3126: Delete git cache dir in test teardown. Remove no-op test.

3126: Fix test. Avoid excess "git init" by probing with "git branch" first.

3126: Always act as current_user in Commit.find_commit_range.

3126: Do not try to do anything with job.repository in crunch-dispatch if the commit is already in internal.git.

3126: Update API docs.

3126: Accept remote http/https/git url as repository attr in jobs.create/save.

closes #5573
Merge branch '5573-user-activity-page-performance'

Merge branch 'master' into 5573-user-activity-page-performance

closes #5753
Merge branch '5753-job-name-column-in-project-page'

Merge branch 'master' into 5753-job-name-column-in-project-page

closes #5620
Merge branch '5620-collection-selections'

5620: added comment to input trigger event

5179: update arvados ruby sdk gem version in workbench.

5179: update files method to move dir parts to streamname.

5620: add ready handler for input

5753: show name column in project#show page when the object supports name.

5573: The activity page retrieves too much data that it does not need from the server. Added a limit clause on the request to server.

closes #5417
Merge branch '5417-not-start-pipeline-with-unreadable-inputs'

Merge branch 'master' into 5417-not-start-pipeline-with-unreadable-inputs

5417: one more test condition for dataclass=File

Merge branch '3145-readonly-volumes' refs #3145

5417: in case of a File dataclass with unreadable input and uneditable pipeline, the Run button should be disabled.

5417: revert unreadable-input check for links since no such case exists.

5417: update created_at time on pipeline_in_publicly_accessible_project, so that it is newest and always first in the list.

Merge branch 'master' into 5417-not-start-pipeline-with-unreadable-inputs

5417: a few changes from based on review feedback. also, account for dataclass=File type when checking if input is readable by current user.

3145: Add -readonly flag. Accept multiple -volume arguments.

* Leave -volumes (and accept comma-separated dir lists) for backward
  compatibility.

* Detect read-only filesystems when using /proc/mounts to discover
  Keep volumes.

* VolumeManagers know whether volumes are writable, so it's not
  necessary to wait in a serialize queue just to find out a volume
  isn't writable.

* Simplify RRVolumeManager: use atomic.AddUint32() instead of channels
  and goroutines.

* -serialize (like -readonly) now affects only the volumes that come
  after it in the argument list (and automatically discovered
  volumes). This makes it possible to have a mix of serialized and
  non-serialized volumes.

* Fix some test cases that just skipped the test (instead of failing)
  when encountering an error during test setup.

* Move MockVolume code from volume.go to volume_test.go.

* Clean up some over-indented code blocks, see
  https://github.com/golang/go/wiki/CodeReviewComments#indent-error-flow

* Remove some stating-the-obvious/redundant comments and duplicate log
  messages.

5742: User setup process uses username for VM login, not repo name.

Closes #5742.

Merge branch '5717-crunch-dynamic-max-tasks-per-node-wip'

Closes #5717, #5721.

5717: crunch-job uses fewer slots when few tasks at this level.

When crunch-job begins tasks at a new level, it looks at the number of
tasks scheduled for that level.  If that's smaller than the maximum
number of slots available, then it only considers slots "free" up to
the number of tasks scheduled, or the number of nodes available,
whichever is greater.

This change lets Crunch scale whole-node resources like RAM more
effectively.  This may not be desired if a level starts with a small
number of tasks queued, but later schedules more and wants maximum
parallelization, but that's uncommon enough that this seems like net
win.  Previously, Crunch could overallocate RAM in this scenario,
which seems worse.

Merge branch '5714-gce-setup-bugfixes-wip'

Closes #5714, #5715.

5714: Avoid Node Manager race conditions around stop_if_no_cloud_node.

Checking .is_alive() seems to always lead to race conditions.
Instead, have CloudNodeSetupActor.stop_if_no_cloud_node() return True
if it's going to stop, else False.  Have NodeManagerDaemonActor
respect this return value consistently.

5714: Node Manager setup process retries Arvados errors.

This fixes a regression from 6ab7cf882cd9a268374b880b5e55b4c8946406b4.

5417: fix typo

5417: add additional test updates to verify Run button status when input is not readable.

5417: when input is unreadable, present visual cue even when it is not editable by the user.

5417: add "unreadable inputs provided" visual cue for an editable pipeline instance.

closes #5647
Merge branch '5647-login-dropdown'

5647: minor text update

5647: as a team we need to learn to weigh options with their worth; aka, this login hover drop-down should have been implemented as a simple tooltip.

5647: add icon to the new login dropdown link

5647: minor tweak to dropdown text

Merge branch 'master' into 5647-login-dropdown

closes #5440
Merge branch '5440-remove-doc-getting-started'

5440: remove usused getting_started images

5647: add a hover dropdown login item.

5440: reword quickstart

linkfix, reword quickstart section on homepage

Fix indentation. Remove errant unclosed <p> tag. refs #5493

5440: remove all links to /start temporarily to avoid confusing user
Put in quickstart sections on docs homepage for both 1) public pipeline 2) pipeline developers
Revert changes made in #5090 (home title back to "Arvados Docs", topnav link to "arvados.org")
Refactor /user/index.html, removing references to /start and directing new users to homepage quickstart section

If provided, use TMPDIR instead of /tmp. No issue #

Fix loop label that became disconnected in bae652c, causing crash on "next THISROUND". refs #5642

Merge branch 'master' of git.curoverse.com:arvados into 5440-remove-doc-getting-started

Merge branch '5414-keep-service-hints' refs #5414

refs #5493
Merge branch '5493-getting-started-modal'

5493: popup size

5493: popup size and a typo

5493: make popup size fixed

5493: public pipeline wiki page link added in page 3

5414: Merge branch 'master' into 5414-keep-service-hints

1 2 3 ul>ol 3rd page

5493: that did not sit well

5493: remove confusing btn class on explanation button spans to not show hand mouse cursor

Merge branch 'master' of git.curoverse.com:arvados into 5440-remove-doc-getting-started

Merge branch 'master' into 5493-getting-started-modal

typo

dashed line

format pg 3, 4

minor format changes

formatted first 2 pages

5414: Rename zz_preload* to preload*; alphabetical names are not needed any more.

5414: Rename zz_load* to load*; alphabetical names are not needed any more.

5414: Control initializer load order using require_relative instead of alphabetical filenames.

5414: Add test case for unrecognized/future hints.

5614: Update Workbench Gemfile for new Ruby SDK.

Refs #5614.

5414: Fix up formatting.

Merge branch '5614-workbench-optimize-combine-collections-wip'

Refs #5614, #4943.  Closes #5686.

5614: Improve Workbench combine collections performance.

* Get links with API list calls, instead of fetching each one
  individually.

* Get a list mapping portable data hashes to UUIDs, and add a single
  UUID per portable data hash to the fetch list.  This helps us avoid
  downloading multiple copies the same manifest text, and is probably
  the single-biggest win in this entire commit for most use cases.

* Use the Ruby SDK to build the new collection.  This lets us avoid
  spawning new arv-normalize processes, and piping large manifests to
  them.  It also lets us build the entire collection and normalize
  only when we're done.

* Use Oj instead of JSON.

5614: Workbench renders error flash separately from others.

5614: Use assert_includes more in Workbench tests for better diagnostics.

5614: Ruby SDK cp_r method creates streams as needed.

5614: Add Collection#each_file to Ruby SDK.

5614: Add Collection#exist? to Ruby SDK.

Merge branch '5692-pysdk-manifest-text-flush' closes #5692

5692: Don't call _get_manifest_text from test if we don't need to.

dropped a header

text content done; formatting needed

refs #5365
Merge branch '5365-not-link-unreadables'