basic d3 graph at /collections

improve error handling and reporting

bit more robust in error display

tweak eager loading

Rename leftover Metadatum references to Link.

rename Metadatum to Link, head to head_uuid, tail to tail_uuid

fix use of OrvosBase#new when unpacking lists

handle non-db-column API response fields a bit better

start pipeline after importing

fix up factory_jobs status page

move development.rb to .example

handle invalid token more gracefully

give up on assets for static d3 example

Revert "move html into app/assets"

This reverts commit d338c25fb8ae1085054088b1c00c7a0d9e49e367.

move html into app/assets

host d3 js locally

add example graph of user/project/permission metadata

use Accept header instead of post arg to ask for json

set format=json explicitly when calling api

use factory_jobs#index as front page, disallow robots

send tokenless user through orvos login instead of giving up

add Logs resource

Fix for

  app/models/orvos_api_client.rb:4:in `+': can't convert nil
  into String (TypeError)

pass api_token through to orvos

add error pages

delete collections/index view

fix query encoding in API calls

reorganize API helper a bit, refactor pipeline status page as /factory_jobs

add import script

add OrvosBase#dup, offload some filtering to server

cache metadata

use new metadata access

easier access to metadata, and objects connected by metadata

Moved to orvos-app-0

rename metadata attributes to head/tail

fix error reporting

fix missing find_object_by_uuid

beginnings of upload->pipeline status page

add uploaded_datasets#create API. refs #1247 refs #1248

fix serialized fields, improve error handling

stub Project

stub Specimen

stub Metadatum, Pipeline, PipelineInvocation

add a little error checking for save() and save!()

make Collection.new.save work

add back pg gem

stub Orvos::Base, add collection example

Capistrano fixes

And the matching Gemfile.lock change.

Add passenger to Gemfile (we run it standalone)

Add pg gem

Add therubyracer gem

Add rvm-capistrano

Initial commit.