Merge branch '2776-keep-services-table' closes #2776

2756: show log for this pipelines jobs.

Merge branch 'master' into 2751-python-sdk-keep-proxy-support

Merge branch 'master' into 2776-keep-services-table

2776: Fixed misspelled accessable->accessible.  Thanks Brett!  Tweaked
workbench icons for keep services and compute nodes.  Removed spurious print
statements.  Tighted up definitions of service_host, service_port and
service_ssl_flag in keep_disk model.

Merge branch 'master' into 2756-eventbus-in-workbench

Remove obsolete secret_token.rb.

2756: listen for event logs on job uuids.

Merge branch '2770-keep-sigterm' (closes #2770)

2751: merge because git derp.

2751: Added support for keep_services table, can still use keep_disks as a fallback.

2751: Added support for keep_services table, can still use keep_disks as a fallback.

Merge branch 'master' into 2756-eventbus-in-workbench

2756: trigger event for any elements that contain this log event's object_uuid in it's data-object-uuids.

Merge branch '2753-collection-tree-view'

Closes #2777, #2828, #2753.

2753: Add space between Workspace file tree buttons and scrollbar.

2753: Move file tree CSS to collections.css.

2753: Refactor Collection view to use library CSS.

2753: Replace Workbench file tree backgrounds with hover effect.

Based on feedback from Tom in refs #2753.  I'm still concerned about
users being able to line up buttons with filenames, so the highlight
on :hover is intended to help with that.

2753: Workbench shows Collection files in a tree.

2753: Workbench renders "0 bytes" for empty file sizes.

2753: Add Workbench Collection#files_tree.

2753: Add tests for CollectionsHelper.file_path.

2753: Make Collection filenames with existing helper.

This is pure refactoring to make the code more consistent.

Add some basic request logging to Keep.

2798: Updated keep client with buffer/streamer changes.

2798: Renamed internal messaging structs in an attempt to use the word "reader"
slightly less.  Refactored tests to reduce redundancy slightly.  Added test with large number of concurrent readers.  Rewrote "how to use" package comments and wrote a small novel about the "theory of operation".

2754: Add integration test, fix selection bugs.

2798: Tracks opening and closing of readers, will block closing AsyncStream
until all readers are closed.  Additionally, will block if too many readers are
created.

2754: Fix up instruction text and formatting.

2754: Allow editing the same parameter in two different places on the page.

mend

2798: Renamed TransferBuffer->AsyncStream, BufferReader->StreamReader,
StartTransferFromReader->AsyncStreamFromReader,
StartTransferFromSlice->AsyncStreamFromSlice.  Changed structs to use pointer
receivers instead of embedded pointer fields.  Updated tests.

2798: Renamed 'buffer' package to 'streamer'

Merge branch 'master' into 2756-eventbus-in-workbench

2756: write log info from redis into log table. this will help us read this log info via the event log websockets.

2754: Add easy "Inputs" tab for providing required/described inputs for a pipeline instance.

Merge branch '2753-collection-metadata'

Closes #2780, #2837.

2753: Show immediate relations on Workbench Collection page.

This concept and implementation borrows a lot from the new folder UI.

2753: Move Workbench object list rendering to application_helper.

I would like to be able to reuse this functionality in the upcoming
Collections view.

2753: Add event_at data to Log fixtures.

2753: Remove older, unused Workbench provenance code.

I do not see any code that would directly render these partials;
they're not indirectly referenced in the pane list; and I can remove
the controller code and run all our tests without tripping on a
NoMethodError exception from a nil.

2776: Added test for keep_services/accessable route.

2776: Added 'accessable' route to 'keep_services'

2776: Added stub API documentation for keep_services table.

2776: Fixed run_test_server.py to work with new 'keep_services' model

2776: Fixed backwards-compatible inclusion of service_host/port/ssl_flag for keep_disks.

2776: Added Keep services page to workbench (uses default layouts)

2776: Added controller and route for keep_services, fixed tests.

2776: Added keep_services model and migration.

2525: handling of array objects was not quite correct. it would not have worked if a pure array object that is not filters is passed in.

2755: Verify permission signatures on create.

Phase 1 of #2755: when creating a new collection, verify any permission
signatures found in the manifest.  Unsigned locators in the manifest are
implicitly permitted (to be disabled in Phase 4)

* New "Locator" class to parse, examine and manipulate Keep locators.
* Collections.create checks permission signatures in a manifest.
* Collections.show signs locators in a manifest.
* collections_controller_test.rb: new unit tests to exercise signed
  manifests and related features:
    - "create collection with signed manifest"
    - "create collection with signed manifest and explicit TTL"
    - "create fails with invalid signature"
    - "create fails with uuid of signed manifest"
    - "multiple locators per line"
    - "multiple signed locators per line"
* application.yml.example: new configuration variables
    - Rails.configuration.blob_signing_key
    - Rails.configuration.blob_signing_ttl

(refs #2755)

2776: Started adding KeepServices model.

Merge branch 'master' into 2756-eventbus-in-workbench

Fix crash when saving api_client_authorization during migration.

2798: Finished writing documentation comment for buffer package.

2352: Reset column information between adding a new serialized
attribute and using the model. Otherwise, Rails (4) fails to validate
the serialized attribute.

2798: Continued refactoring buffer reader into separate buffer package.  Made
internal buffer management functions package-internal and added a public API.
Updated keepclient to use buffer package public API.  Added HashCheckingReader
to provide transparent checking of checksums.  Added more package and API
comments.

Prevent admin from creating an object with empty string as UUID.

Merge branch 'master' into 2756-eventbus-in-workbench

2756: use meta tag to provide websocket url to event_log js file

2770: terminate on SIGTERM.

When SIGTERM is received, the Keep server shuts down gracefully. (refs #2770)

2809: Fix arvados_api_client usage in FileStreamer. refs #2809

2756: much cleaner and leaner

2756: event log div placement corrected.

Remove debug log message. refs #1969

2756: ws url storage does not have to be managed by each page subscribing for events. also, html class names to include arv in them.

2756: trigger event when object is updated. process the messages on trigger.

Merge branch 'master' into 2756-eventbus-in-workbench

2756: subscribe for event log messages on ajax:complete or ready.

2809: Fix disappearing ArvadosApiClient in development mode. refs #2809

2755: Defer to CollectionReader to get manifests instead of going
directly to Keep (which only works when Keep has no permission
checks).

refs #2755

Merge branch '0000-arv-mount-bugfixes'

This closes #2831

CollectionReader can throw exceptions (for example, when passing an
argument that is not a manifest or collection UUID). Trap those and
print an error message, instead blowing up the fuse driver.

2798: Completed move of Transfer() related code out to 'buffer' package.

2798: Added AuthorizedGet(), Ask() and AuthorizedAsk().  Added BLOCKSIZE
constant and moved errors.New() declarations to the top of the file.  Improved
test server runner.  Changed some test methods to take copies of KeepClient
instead of pointer.

Moved non-keep-specific buffering code into a separate package.

1885: Renamed DiscoverKeepDisks to DiscoverKeepServers, moved error.New()
declarations to the top, changed some tests to use KeepClient copy instead of
pointer.

In daemon mode, arv-mount should set up the fuse connection before
forking to the background, so that any failures to set up are reported
to the user.

Merge branch 'master' into 2756-eventbus-in-workbench

2756: store websocket in window to facilitate reuse within page. also, remove elementId from map when leaving page.

1885: First commit of most complete keep proxy, no tests yet.  Removed build.sh
in favor of go.sh that wraps 'go' with the desired GOPATH and 'go get'.  Added
keepclient.Ask() method which does HTTP HEAD.  Added AuthorizedGet() and
AuthorizedAsk() which provide signature and timestamp.

2809: Merge branch '2809-workbench-rails4' refs #2809

2809: Merge branch 'master' into 2809-workbench-rails4 refs #2809

Conflicts:
apps/workbench/app/models/arvados_api_client.rb

2809: Move coffee-rails out of :assets section to make tests thread-safe.

Otherwise, when Rails decides to build assets while running the test
suite, we get:

WARN: tilt autoloading 'coffee_script' in a non thread-safe way; explicit require 'coffee_script' suggested.

2809: Remove javascript and coffeescript boilerplate.

2809: Remove some unnecessary sleep(0.1).

2809: Rearrange "run API server during tests" to suit Minitest 5.
Also, use passenger instead of webrick.

2809: Upgrade to Rails 4.1

2809: Add wait_for_ajax after submitting forms, to avoid race condition.

2809: Remove debug printfs, add comment explaining why so much "permit!"

2809: Add note about harmless warning when installing the themes_for_rails gem.

2809: Fix whitespace.

2809: Turn off secret_key_base by default, instead of requiring it in config.

2809: Fix load_config so it loads in time to set passenger configs.

2809: Merge branch 'master' refs #2809

Conflicts:
apps/workbench/Gemfile.lock
apps/workbench/app/controllers/application_controller.rb
apps/workbench/app/models/arvados_api_client.rb
apps/workbench/app/models/group.rb
apps/workbench/app/models/user.rb
apps/workbench/app/views/layouts/application.html.erb

2756: Fix "duplicate tab" behavior in Chrome.

2756: Fix ajax refresh on pipeline instance page.

2751: Added code to recognize keep proxies in the keep_disks() response and set
using_proxy flag.  Added support for 'X-Keep-Desired-Replication' and
'X-Keep-Replicas-Stored' HTTP headers.  Added ARVADOS_KEEP_PROXY environment
variable.

Merge branch '2762-owner-uuid-integrity'

closes #2762