Merge branch '4400-python-install-herring' refs #4400

Merge branch '4595-document-arv-filters'

Refs #4595.

Reorganize the arv documentation a bit more, putting it all in one place.

refs #4595

4400: Fix whitespace. Fix tagging in nodemanager, too.

Remove spurious empty line

refs #4595

4595: add documentation for list --filters

Merge branch 'master' into 4156-cli-tests

closes #4592
Merge branch '4592-input-selection'

4592: update fixture checksum

4156: skip all the tests that require api server until #4534 is completed.

Merge branch 'master' into 4156-cli-tests

4592: add fixture to be used by the api server test "search collections with 'any' operator".

4233: make the log replay helper deal with the old date format

4233: in hover popup only show datapoints that are defined

4233: bug fix: match log line regex from beginning of line

Fix wrong variable assigned. refs #3824

Fix syntax error in whitespace. refs #3824

Merge branch 'master' into 4592-input-selection

Merge branch 'master' into 4592-input-selection

Merge branch '4027-api-sdk-requires-docker-wip'

Refs #4027.  Closes #4626, #4629.

4027: API Jobs that specify SDK version must also use Docker.

Because compute nodes will be upgraded regularly, we don't want to
guarantee that we'll have the necessary tools to run older SDK
versions.  The primary motivation for this feature is to install SDKs
into Docker images, so we require that to be specified.

This commit removes a few `job.valid?` assertions from the job unit
tests.  These are redundant when they come after `Job.create!` because
that will raise an exception if the job isn't valid.

Merge branch 'master' into 4592-input-selection

Merge branch 'master' into 4156-cli-tests

4233: bug fixes for previous refactor and also now display series for rss and swap mem stats

4400: Do not add ".commitdate.hash" tag if a build tag is already set.

Merge branch '3824-docker-fixes' refs #3824 refs #4186

3824: Merge branch 'master' into 3824-docker-fixes

A few wording tweaks.

refs #3824

4233: remove "delete log entries" option
  - this did not work as usefully as anticipated: one actually also wants the graph to be cleared, which has to be done manually anyway. The way to do this then would be to also invent a signal to be sent to the browser by the simulator, telling it to clear the graph stuff

4233: missing include from last commit

4233: refactor to separate addDatum function
  - this anticipates being able to add multiple datapoints from one log line, as for memory log lines

4233: try to match older log date format

4233: better hover presentation (left aligned, clearer task numbers)

4233: initial chart points added via AJAX

Merge branch 'master' into 4233-graph-job-stats

4592: add test where a collection with no name is selected as input to a pipeline instance.

4592: Fix the nil error when a collection without a name is selected as input.
Also refactor the pipeline instances integration test to break re-run instance test into its own test.

Merge branch 'master' into 4156-cli-tests

4156: skip arv-tag tests while arv-tag is being worked on.

Merge branch '3382-always-show-inputs' (closes #3382)

Merge branch 'master' into 3382-always-show-inputs

Merge branch 'master' into 4156-cli-tests

closes #4250
Merge branch '4250-doc-updates'

4250: keep doc update

4233: sort hover display by task then stat name

4233: unused variable removed

4233: show empty log stats graph when no data, and also show a full width x-axis (currently 10 minutes) even when only a few data points have been plotted

4233: add deletion of existing log entries option to log replay helper and rake task

3382: test that after editing that an input is editable a second time
  - reverted from commit 7bd04ed26901e34e3e5788093bee12be4406dd7b and then adjusted according to latest code review

4233: In crunch-dispatch, log timestamps in UTC in the same format crunch-job uses.

4156: little cleanup

Merge branch 'master' into 4250-doc-updates

Merge branch 'master' into 4156-cli-tests

4156: update tests to match current impl

4156: minor updates

Merge branch '4380-node-manager-slurm-drain-wip'

Closes #4380, #4519.

4380: Add SLURM dispatcher to Node Manager.

4380: Fix retry scheduling for Node Manager change methods.

4380: Node Manager shutdown actor is more robust.

ComputeNodeShutdownActor now checks that destroying the cloud node
succeeds.  Before retrying, it will check if the node is still
eligible for shutdown, and abort if not.

4380: Node Manager monitors respond to shutdown_eligible message.

4156: update test to expect uuid instead of pdh

4250: update pdh to uuid in keep tutorial

Merge branch 'master' into 4250-doc-updates

Merge branch 'master' into 4156-cli-tests

refs #4194
Merge branch '4194-keep-logging'

Merge branch '4552-collection-unique-name' closes #4552

Conflicts:
services/api/app/models/collection.rb

Merge branch 'master' into 4194-keep-logging

4156: update failing tests in test_arv-put that were expecting pdh instead of uuid.

Merge branch 'master' into 4194-keep-logging

4194: use same log statement for successes as well as errors.

4552: Set permit_unsigned_manifests=false needed for test.

Merge branch '4363-less-filename-munging' closes #4363

4363: Fix flaky test case (race with filterable.js debounce timer).

4194: use go fmt to replace spaces with tabs.

4194: just print data size and never the data

4363: Fix size hints for multi-byte manifests (backported from f78caf9).

4363: Accept manifest_text in a non-UTF-8 encoding that is equal to its UTF-8 encoding.

4363: Specify ASCII encoding in test case.

4533: Add more tests for disabling reset feature in config file.

closes #4194
Merge branch '4194-keep-logging'

Merge branch 'master' into 4194-keep-logging

4533: Fix crash on nonexistent (or non-User) owner_uuid of role group.

4533: Reload database seeds during reset.

Merge branch '4027-sdk-constraint-reuse-wip'

Refs #4027.  Closes #4532.

4027: Test updating job's SDK version after it's already set.

4027: API server considers arvados_sdk_version for Job reuse.

* Extend "in git" and "not in git" filters to the arvados_sdk_version
  column.
* When no filters are specified, if the submitted job specifies an
  arvados_sdk_version constraint, require reuse candidates to meet it.
* Document all this.

4363: Merge branch 'master' into 4363-less-filename-munging

4363: Explicit UTF-8 for test string.

4363: Validate utf-8 encoding of manifest_text.

4363: Remove redundant test.

4533: Reset fixtures after testing user deactivation.

4533: Update bundle.

4533: Add /database/reset API to roll everything back to fixtures.

4400: Silence git error messages during package install (we ignore them anyway)

4552: Tidy up ensure_unique_name block.

4552: Use faster database_cleaner strategy.

4552: Fix conflict between ensure_unique_name and signed manifests.

4194: rename wrapper as logging_router

Merge branch 'master' into 4194-keep-logging

4194: MakeLoggingRESTRouter returns a pointer rather than the struct.