closes #6465
Merge branch '6465-optimize-workbench-integration-tests'

6465: Added back bundled with

Merge branch 'master' into 6465-optimize-workbench-integration-tests

6661: Install docs refer to arvados-git-httpd package and binary.

The code refers to itself as arv-git-httpd, but the package is named
arvados-git-httpd, and includes the binary under that name as well.
Update the installation documentation to match.

Arguably, we should change the package naming instead.  But that
decision was made longer ago and is more difficult to revert.  I'm
making the easy fix now, and we can consider package changes later if
we like.

Closes #6661.

6465: Added comments to explain test "find a project and edit description
with link to object".

6658: Fix exception name errors in PySDK arvados.util.

Refs #6658.

refs #6619
Merge branch '6619-doc-update'

6619: git config update

Merge branch 'master' into 6619-doc-update

closes #6617
Merge branch '6617-doc-repo-https-url'

6617: minor text update

Merge branch 'master' into 6617-doc-repo-https-url

6465-Made changes that were recommended.

6617: updated git config doc

Revert "6362: Allow config/application.yml to override environments/*.rb in apiserver, too."

In Rails 3 (actionpack 3.2.17), changing asset configuration to
production settings in load_config.rb breaks the rake
assets:precompile task, e.g., the docker build. This change is still
desired but needs to be backed out until the bugs are worked out.

This reverts commit c790738ae71771a5574b166b3e93a1bca9b89bf6.

refs #6362

Revert "Revert "6362: Change config precedence order.""

This reverts commit 61187968f0e9268430b967ce37a79d9384ec7e3c.

Wrong commit reverted.

refs #6362

6619: add git config to shell setup page.

Revert "6362: Change config precedence order."

In Rails 3 (actionpack 3.2.17), changing asset configuration to
production settings in load_config.rb breaks the rake
assets:precompile task, e.g., the docker build. This change is still
desired but needs to be backed out until the bugs are worked out.

This reverts commit 318e3d183c3800863731a20a10f1b8bf9cc82280.

refs #6362

6617: add note if prompted for user name during git clone using https url.

Merge branch 'master' into 6617-display-https-url

refs #6617
Merge branch '6617-display-https-url'

Revert "6362: Update bootstrap gem."

This reverts commit ed8897b942f147afccf8eeac1025861ffe2f1690.

refs #6362

Merge branch '6362-asset-config' refs #6362

6617: update documentation to include https git url

closes #6604
Merge branch '6604-notification-menu-no-prompt'

6617-Display https url in repositories panel in manage_account page and checks
if https url is being shows in user_manage_account_test.

6604-Updated assert statements.

Merge branch '5898-listen-race' refs #5898

Merge branch 'master' of git.curoverse.com:arvados into 6465-optimize-workbench-integration-tests

6604- Disabled SSH public key notification when shell_in_a_box_url
is configured.

5898: Use lsof instead of fuser -- fuser 1234/tcp just hangs on some systems.

arvdock realclean/deepclean should not delete images tagged as arvados/build.

No issue #

Merge branch '5898-listen-race' closes #5898

5898: Wait for servers to start *listening* before running integration tests against them.

6362: Allow config/application.yml to override environments/*.rb in apiserver, too.

6362: Update bootstrap gem.

See https://github.com/twbs/bootstrap-sass/issues/653

Merge branch '6610-login-without-ssh-key' closes #6610

6362: Change config precedence order.

Before: environments/*.rb, Rails defaults, application.yml,
application.default.yml.

After: application.yml, application.default.yml, environments/*.rb,
Rails defaults.

This makes it possible to use application*.yml to control configs that
have Rails defaults. (application.default.yml file has had such
configs for ages, like assets.digest, but they have never been
effective.)

Merge branch 'master' of git.curoverse.com:arvados into 6465-optimize-workbench-integration-tests

6465-Added tests to collections_controller_test, removed 4 tests
from collections_test and one test from collections_upload_test.

6610: Include all user->VM login permission, even for users without SSH keys.

Merge branch '6221-datamanager-delete' refs #6221

Merge branch '5288-arv-copy-documentation' refs #5288

Note #16

Merge branch 'master' into 6465-optimize-workbench-integration-tests

6465-Added tests to project_controllers_test and users_controller
test and removed tests from users_test.

Note #15

added note #13

6221: Check never_delete must be true.

closes #6219
Merge branch '6219-fuse-performance-testing'

Merge branch 'master' into 6219-fuse-performance-testing

Fixed more syntax errors

Fixed syntax

Fixed more comments

6221: Make never_delete true by default, make trash_worker respect never_delete, add
test.

Fixed some changes but need to add copy git repos

added png and need to switch to 6014 to grab the url

Merge branch '6484-fuse-fsync-erofs' closes #6484

Merge branch 'github-3408-production-datamanager' refs #3408

Merge branch 'master' into github-3408-production-datamanager

Conflicts:
services/datamanager/keep/keep.go

Merge branch 'master' into 6219-fuse-performance-testing

closes #6014
Merge branch '6014-repo-creation-doc'

Merge branch 'master' into 6014-repo-creation-doc

added _arv_copy_expectations

API server installation doc clones arvados over the network.

Now that we've moved away from a source-based install, there isn't
necessarily a checkout anywhere on the host.  This is most likely to
work.  No issue #.

6484: Ignore filehandle flush if object is not writable.

closes #6445
Merge branch '6445-incorrect-task-runtime-calc'

6014: minor updates

6445: update the job status line also to use the job's finished_at time when task has none.

Merge branch 'master' into 6445-incorrect-task-runtime-calc

6465- Removed test "edit name and verify that a duplicate is not
created" from projects integration test to application controller
test.

6014: Add "add new repository" page to create a tutorial repository, and update the tutorial-submit-job page to use the tutorial repository.

Ready for review

changed formatting of cluster1 and cluster2

changed arv-copy expectations and moved around words in the html file

changed formatting and added words

Added documentation for copying collections and pipeline templates and instances

Merge branch 'master' into 6465-optimize-workbench-integration-tests

6465-Moved test "project viewer can't see project sharing tab" from
projects integration test to projects controller test.

refs #6279
Merge branch '6279-web-shell-client'

6279: open the webshell client in a blank window.

Merge branch '6569-smarter-jobs-image'

closes #6569

Merge branch 'master' into 6569-smarter-jobs-image

Change _config.yaml to point to arv-copy.html.textile.liquid

Merge branch '6279-web-shell-client' closes #6279

6279: Hide "reconnect" button because it doesn't auto-login.

6279: Provide feedback that authentication token has been sent.

6279: Do not retry a request that "timed out" in less than 2 seconds.

In this case it's probably not a timeout -- more likely a CORS problem
that the browser is not allowed to report to the Javascript program.
In such cases, retrying ad infinitum will not help.

6279: Do not set content-length headers in XHR.

According to error messages in Chrome console:

Refused to set unsafe header "Content-Length"
  ShellInABox.sendRequest @ shell_in_a_box.js:178
  ShellInABox.onReadyStateChange @ shell_in_a_box.js:206
  (anonymous function) @ shell_in_a_box.js:183

6279: Move keyboard assets to /public/webshell/

Make sure to add python-virtualenv to the Docker arvados/jobs image.

refs #6569

6445: when a task does not have finished_at time, use the finished_at time from it's job - if one is available.

Merge branch '6222-memory-status' refs #6222

Merge branch 'master' into 6569-smarter-jobs-image

Merge branch '6218-python-sdk-perf' closes #6218

6218: Generate profiling data for a few arvados.collection.Collection scenarios.

Make sure that mkimage-debootstrap.sh uses -f when tagging docker
images.

refs #6528

Make sure that mkimage-debootstrap.sh does not try to do an interactive
docker run when there's no tty.

refs #6528

Make the arvados/jobs image leaner.

refs #6569

6279: Move webshell action into VirtualMachinesController, tweak formatting & config.

* Document config var

* Accept formatting references like %{hostname} and %{uuid} in config
  var instead of always appending "/#{hostname}"

* Fix favicon, js, and stylesheet paths (use asset_path helper); move
  js and css into public/webshell/

* Use j() quoting helper in js.erb