Merge branch 'master' into 1786-replace-jekyll-with-zenweb

Fixed/refactored "smart-sizing" to adjust the content area to the size of the window so that the content area scrolls but the page as a whole shouldn't scroll.

Merge branch '1979-workbench-ui-TC'

refs #1979
refs #1976
closes #2005
closes #2006
refs #2008

Add section headings to API examples.

Add space under tab row.

Fix up tab titles.

Fix up collections#index search box with bootstrap3 styles.

Fix up collections search box on dashboard.

Fix up pipeline_instances#index and #compare.

Remove extra divider in notifications list.

Rearrange thread_with_api_token around_filters so current_user is
available even when using thread_with_optional_api_token.

This makes notifications show up on users#home when accessed via root
url.

Highlight "Dashboard" instead "Users" in left nav when on
dashboard. Also bring back "System" nav links.

Clean up collections index and show->files tables.

Use .badge-alert to highlight notification badges.

Remove extra breadcrumb separator in "no breadcrumbs" mode.

Expand graph border to tab pane width.

Fix progress bars on pipeline_instances#show

Fix up job/pipeline progress bars on dashboard.

Add progress bars to pipeline instances table on dashboard.

refs #2006

Conflicts:
apps/workbench/app/assets/stylesheets/application.css.scss

Merge branch '1979-workbench-ui-PA'

badges.css.scss doesn't actually require bootstrap

Lock to a version of the arvados-cli gem that's been pushed to the world.

Added css to put back badge styles that went away in bootstrap 3

Missing from previous commit

Harmonized all sections to use the new content template and layout

Fixed up some glyphicons

Editable fields works again

Updating bootstrap-editable to bootstrap3-x-editable
Almost works, just need to figure one thing out.

* Left nav correctly highlights current section
* Refactored pipeline instances and job pages to use tabs
* Uses javascript to adjust height of tab pane so that scrollbars show up in the right place
* Fixed some glyphicons broken by bootstrap 3

Fixed search box for chrome

Make the config_uuid field match what we expect in our tests.

Menubar and left nav redesign in progress.

Call super in pipeline_instances#show to make preview/js/json
rendering work.

refs #1977

Fix handling of pipeline components with no job/output yet.

refs #1977

Reworked top menu.  Started upgrading to bootstrap 3.

Skip repeated find() calls for the same object during a single page
request.

Fix script_parameters comparison on pipeline_instances.compare.

refs #1978

Added stroke-linecap: round to make lines look nicer.

Merge branch '1977-provenance-report' of git.clinicalfuture.com:arvados into 1977-provenance-report

# Please enter a commit message to explain why this merge is necessary,
# especially if it merges an updated upstream into a topic branch.
#
# Lines starting with '#' will be ignored, and an empty message aborts
# the commit.

* Added used_by query for collections
* Fixed svg div javascript/layouts after Tom's changes
* Added hover css effect for graph lines
* Added graph to pipeline instance comparison page

Merge branch '1979-workbench-ui'

Remove old views/collections/show template.

refs #1979

Fix (and add test for) 404 at repositories.get_all_permissions.

Merge branch '1977-provenance-report' of git.clinicalfuture.com:arvados into 1977-provenance-report

# Please enter a commit message to explain why this merge is necessary,
# especially if it merges an updated upstream into a topic branch.
#
# Lines starting with '#' will be ignored, and an empty message aborts
# the commit.

Can now use 'contains' to query individual columns in where() queries, not just any: contains.

Move show-object content into tabs.

refs #1979

Use object type or friendly_link_name as browser title.

refs #1979

Move all index content into Recent and Help tabs.

refs #1979

Merge branch 'master' into 1979-workbench-ui

Hide loading indicator after refreshing dashboard tables.

refs #1976

Merge top nav menus into brand dropdown, move breadcrumbs into top
nav, and lighten up the top nav.

refs #1979

Merge branch '1977-provenance-report'

Move can_read permission logic into ArvadosModel.readable_by scope,
and use that in collections.provenance instead of plain where().

refs #1977
refs #2037

Add tests for permissions enforcement in collections.provenance.

refs #2037
refs #1977

Ensure permissions can be propagated via group owner_uuid attribute.

Closes #1945
Closes #2022

Hide this/other/both legend if only one pipeline_instance is shown.

Merge branch '1976-pipeline-progress'

Conflicts:
apps/workbench/app/views/pipeline_instances/show.html.erb

Merge branch 'master' into 1977-provenance-report

Conflicts:
apps/workbench/app/controllers/pipeline_instances_controller.rb
apps/workbench/app/views/jobs/show.html.erb

Fix build.sh bugs.

Fix breadcrumbs crash if link has no tail_kind or head_kind.

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

Tweaked text a little to make tail/subject head/object correspondence a little clearer.

Ensure util.mkdir_dash_p() fails if its target is a non-directory, and
succeeds if the target directory exists after an mkdir() race with
another process.

Show "loading" indicator in nav bar while waiting for AJAX requests.

refs #1976
closes #2040

Refresh dashboard with AJAX every 60 seconds.

refs #1976
closes #2004

Use AJAX/remote requests when deleting objects. Add delete button to
pipeline_instances index.

refs #1976

Improve progress view on pipeline_instances.show page and add AJAX
auto-refresh.

refs #1976
refs #2004

Add arv-mount.

Add StreamFileReader.seek() method.

Fix scoping for error classes.

Fix crash when component has missing attributes (e.g., no job was run).

refs #1978

Add basic select-and-compare interface to pipeline_instances#index.

refs #1978

Merge branch 'master' into 1978-compare-pipelines

Conflicts:
apps/workbench/app/controllers/pipeline_instances_controller.rb
apps/workbench/app/views/pipeline_instances/compare.html.erb

Remove extra breadcrumbs bar.

Allow controller to override page name for breadcrumbs.

Add breadcrumbs bar to #index and #show pages.

Use generic index page for /users

Show condensed data about pipeline instances side by side on "compare"
page.

refs #1978

Add pipeline_instances/compare page

Fix "show all pipeline templates" link target on dashboard page.

Fixed bug in vertical scrolling by setting padding to size of graph or max size instead of dynamic size based on screen position.

Fix some arv unit tests.

Tweak to account for width of scrolbar

Working on javascript magic to resize svg div so scrolling works nicely.  Seems to work pretty well except when the svg div is the last thing on the page.

Refactored code for managing divs containing svg (manages scrollbars, zoom buttons).

Color-coded graphical pipeline comparison, alternate approach to Tom's

Further improvements to provenance graphs, added ability to select a few jobs and shows the graph for those jobs.

Merge branch '2036-fix-python-sdk' of git.clinicalfuture.com:arvados into 2036-fix-python-sdk

Conflicts:
sdk/python/arvados/__init__.py
sdk/python/arvados/api.py
sdk/python/arvados/collection.py
sdk/python/arvados/keep.py

Resolving scoping problems. Python unit tests now pass. (fixes #2036)

Rearranging modules to eliminate recursive imports.

Rearranging modules to eliminate recursive imports.

Now renders collections using up to the first three files in the collection

Very nice provenance diagram for pipelines.

Add functional test for "skip script_version validation when not
changing that attribute".

Merge remote-tracking branch 'origin/master' into 1977-provenance-report

Started refactoring

Skip "specified commit exists" validation when updating an existing
job without modifying script_version.

Merge branch 'master' into 1977-provenance-report

Fix jobs.cancelled_by_*_changed? calls to jobs.cancelled_by_*_uuid_changed?

Missed in 64f3cccd176b214b2e9a571c54973c4e546c606a

Merge commit '2728f59' into 1977-provenance-report