Add SSO docker container

Bring the name of the workbench secret token config variable in line.

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

Also auto-generate _SECRET config variables when they are unset, like we
do for _PW config variables.

Include privileged attributes in node#ping response

add tests for node#ping, fix response when ping_secret is invalid

Fix crash building api response when user is nil

Merge branch '1600-native-keep-client'

Obey ARVADOS_API_HOST_INSECURE and use the debian trusted CA list if
available (instead of skipping certificate validation because Python's
CA list does not include the one we need).

Allow all active users to retrieve list of keep nodes.
refs #1599

turn on logging if ARVADOS_DEBUG environment variable exists

Use hash to determine probe order

Add test case for reading and writing small Keep blocks

Use httplib2 to connect to Keep instead of executing whget/whput

Obey ARVADOS_API_HOST_INSECURE and use the debian trusted CA list if
available (instead of skipping certificate validation because Python's
CA list does not include the one we need).

Improve error handling for login operations.

Allow all active users to retrieve list of keep nodes.
refs #1599

fix error message scraping regexp

Use more current slurm environment variable name in error message scraping

fix over-compensation for attempts counter when task fails on suspect node

reduce default #attempts per job task from 9 to 2

fix loop label syntax error introduced in 7c4460b82b8abadc5144f758a9f36ce0f42893e8

add discovery document test

delete cached discovery document during boot, so doc matches running code

update discovery document generator for rails 3.2

add generatedAt field to discovery document

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

Break out deploying vs. installation instructions.

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

Conflicts:
docker/workbench/Dockerfile

Add workbench server to build.sh and run.sh

docserver container updates:
* use base arvados Debian image
* simplify Dockerfile

Fix Dockerfile comments.

Add docker image with workbench server.

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

Precompile Rails assets.
Make sure mod_ssl is enabled in Apache.

Add docker image with workbench server.

Merge branch '1578-api-server-in-docker'

Set nameservers at config time.

Merge branch '1578-api-server-in-docker' of git.clinicalfuture.com:arvados into 1578-api-server-in-docker

Conflicts:
docker/config.rb

Copied Apache vhost config from qr1hi.

We want to be able to handle naked

  false

in config.rb's variable substitution.

Add sass explicitly

Style improvements -- rubocop

Allow up to 10 levels of nesting for variable substitution in config.rb

Rename config.yml to config.yml.example (easier to keep real configuration
settings out of the repo)

We don't need the pg gem in workbench.

add log_stream_href attribute to Job resource

Fix deprecation warning:

  do not use ActionController::UnknownAction

We don't use the bootstrap-rails gem, and it does not exist anymore.

Fix deprecation warning:

  do not use ActionController::UnknownAction

We don't use the bootstrap-rails gem, and it does not exist anymore.

Use supervisord to start postgres + apache2 when the api
container is launched.

Move generated files to an api/generated directory for
easier ignoring.

Start the API container with supervisor, running postgres & apache2.
Reduce commands in Dockerfiles to stay under the 42-layer limit for AUFS
  (https://github.com/dotcloud/docker/issues/1171)

Catch AbstractController::ActionNotFound instead of deprecated
ActionController::UnknownAction

See http://guides.rubyonrails.org/3_2_release_notes.html

add crunch_worker_state to Node api response. refs #1586

fix tests and behavior for nodes#list as called by inactive user. refs #1594

Fix passenger filename.

Configure Apache and Passenger.

Bug fixes.

Specify all configuration settings in config.yml.

* Added README with step-by-step build instructions.
* config.rb substitutes config.yml variables in *.in files.

Add docker arvados/docserver build.

This closes #1580

Use current_user to select API response template. fixes #1594

Preload all models at startup. Otherwise, in non-production mode,
Rails crashes trying to instantiate cached objects before loading the
relevant classes.

http://aaronvb.com/articles/37-rails-caching-and-undefined-class-module

Add "not null" constraint to timestamp columns.

"When the timestamps method creates the created_at and updated_at
columns, it makes them non-nullable by default."

http://guides.rubyonrails.org/3_2_release_notes.html

Remove "test user needs createdb privilege" workaround.

It doesn't seem to work any more in Rails 3.2. Just accept that your
test user needs to own the test db and have the createdb privilege.

ALTER ROLE arvados_test_user CREATEDB

Merging the postgres container back into the api container (simpler
and more consistent with best practices).

'docker build -t arvados/api api' now builds a container with postgres
and apache2, and installs the API Rails database.

To have this container start multiple services at run time
(i.e. postgres + apache2) the popular solution is to make supervisord
the entrypoint for the container.

Splitting out containers into arvados/base, arvados/postgresql and arvados/api.

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

Rename "cfi" docker images to "arvados"

Some fixes for PostgreSQL and gem installation.

upgrade to latest Rails 3.2

Post-install configuration script for PostgreSQL.

Use PostgreSQL, not MySQL.

Initial build files for Docker images with Arvados support.

docker/build.sh will build two Docker images locally:
  cfi/debian - a base Debian Wheezy image
  cfi/base   - cfi/debian, rvm, rails, MySQL, Arvados source code

Updating install and use documentation.

upgrade gem dependencies

upgrade gem dependencies

include "href" key for each object in API response

improve error message when API response is valid JSON but not a hash

in log_tail_follow, emit recent messages at top of live stream. fixes #1590

store the last ~512 KiB of job log messages in a redis buffer. fixes #1589

improve error message when crunch-job is not found

send queue/worker stats while waiting for job to start. fixes #1591

update node info[:slurm_state] when running sinfo. fixes #1606

allow crunch-job caller to override CRUNCH_TMP. fixes #1593

fix infinite exec loop

fix infinite loop if CONT signal received while todo is empty

upgrade gem versions in Gemfile.lock

set/unset ARVADOS_API_HOST_INSECURE in cli setup instructions

rename jobs.resource_limits to runtime_constraints

add Real Time Genomics pipeline template

add crunch scripts for Real Time Genomics pipeline

add note about running crunch jobs with no git repo at all

Migrate the test database to 0 instead of trying to "drop database".

This way, the database credentials used for testing do not need
create/drop database privileges.

add a few fixtures and tests for API. refs #1517 refs #1510

fix down-migration: add_column should have been remove_column

Ignore failure in data-migration part of old schema migration.

The migration should succeed if the Metadatum model did not exist in
the version of the project that was used to run the migration.

Fix exception if api_client_authorization does not reference a valid user.

add local job debugging tutorial. closes #1515

fix exception when script_version is nil

add ruby wrapper around crunch-job