Merge branch '1943-client-sdk-config-files'

Conflicts:
sdk/python/arvados/__init__.py

Clients use $HOME/.config/arvados/settings.conf for configuration. (fixes #1943)

Merge branch '1881-normalize-collection-uuids'

closes #1881

Merge branch '1922-cache-discovery-python'

Merge branch '1868-tutorial-running-binary-progs'

Merge branch '1911-python-sdk-pydoc'

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

Fixed import problems due to splitting module into multiple files

New tutorial for running external programs

Removed "Tutorial:" from titles since that was an artifact from before we had improved the navbar.  Also fixed typo in tutorial-trait-search.

collection.py import stream

Updating API parameter documentation (refs #1901)

Removed unused parameters.
More docs for the "list" command.
Use only the first line of the parameter documentation in "arv resource help".

Started tutorial on running external programs

Fixed path to glyphicons

Moved Python SDK and crunch utility scripts pages to SDK Reference section.

Fix circumventing usual permission mechanism in nodes.ping.

Add section about adding Keep disks during install.

Update bundle. Avoid google-api-client 0.7.0 (rc2 is incompatible) and
ensure minitest >= 5.0.

Add link to "create standard objects", and delete obsolete tutorial
instructions.

Script to build python documentation (requires epydoc)

Added Python SDK section to documentation

Fix error message when the all-users group can not be found.

Renamed Keep/Stream/Collection submodules to keep/stream/collection (lower case)

Moving Collection, Stream and Keep classes into their own files

Render token with ApplicationController#show instead of calling
as_api_response directly from
api_client_authorizations.create_system_auth.

Resolves:

Error: #<ActsAsApi::TemplateNotFoundError: acts_as_api template
:superuser was not found for model ApiClientAuthorization>

Cache discovery document in ~/.cache/arvados/discovery/.

refs #1922

Set cache expiry time on discovery document.

refs #1922

Remove +K@{name} hints from collection uuid, link head/tail, job
output/log, and job_task output.

refs #1881

Normalize collection UUID to {hash}+{size} before save and lookup.

refs #1881

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

Updated `arv' command line format options. Default now generates JSON. (refs #1889)

Replaced --pretty, --json, --uuid, --yaml, --human with
--format={json,uuid,yaml}, and added --short for --format=uuid.

Default output format is now JSON (pretty-printed).

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

Changed upload path in scp command to load to /scratch/you instead of just /scratch, tweaked markup to try and emphasize that "you" that should be replaced by your own username.

Merge branch '1880-check-duplicate-public-key'

closes #1880

Add themes to .gitignore in apps/workbench

Removed spurious '>' (typo)

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

refs #1912
* ssh-access tweaked to emphasize need for user to use their own user name and not 'you' and changed example ssh config to use *.qr1hi to *.arvados
* tutorial-firstscript suggests using nano to edit files instead of leaving the user hanging
* Fixed inconsistent keep locators for manifests caused by removal of +K@qr1hi from locators
* Removed +K@qr1hi from all locators used in examples

Accept DSA public keys ("ssh-dss"), not just RSA.

refs #1880

Reduce boilerplate on error messages.

"The error message [API 422]" instead of "#<RuntimeError: API error
422: The error message>"

refs #1880

Tweak error messages to render nicely as Rails "full messages".

"Public key does not appear to be ..."

refs #1880

Use render_error instead of custom error logic in update method.

Respond with an error status if save fails during create method.

refs #1880

Use AJAX when adding a new authorized_key from the user home page.

On success, replace reminder box with a "Key added" message. On
failure, display the error message below the form.

refs #1880

More clinicalfuture.com -> curoverse.com

Fixed spaces in manifest stream names.  Refs #1849.

Fixed spacing on dashboard and generic table page when tables are empty.

Adds validate :public_key_must_be_unique to AuthorizedKey which checks to see if the key
a) looks like a ssh-rsa key
b) that the key isn't already in the table

Merge branch 'master' into 1880-check-duplicate-public-key

Do not attempt to load authentication config file unless it exists.

closes #1915

Fix "ignore client-provided values for protected auditing attributes"

(Broken by 976a754dc7fceee767322ae964c287b63595211f)

Added validate step, needs testing

Remove boilerplate comments and unused test fixtures.

refs #1696

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

Fixed Python SDK to quote/unquote spaces when reading/writing manifests.  Refs #1849

Inactive users can get a list of Keep disks.

(Otherwise they cannot retrieve user agreements.)

arv-get replaces spaces in get_prefix with \040 to match the manifest.  Refs #1849

Merge branch '1510-arv-tag-unit-tests' of git.clinicalfuture.com:arvados into 1510-arv-tag-unit-tests

Conflicts:
sdk/cli/test/test_arv-tag.rb

Clean up tests with "assert_tag" method, remove non-working test. Fixes #1510.

Adding arv-tag unit tests.

Also:
Fix return value for deleting multiple links.
Clean up arv-put unit test code.

Command-line clients use $HOME/.config/arvados for config settings.

Logging out now returns you to the login page, rather than an empty "you have logged out" page.  Refs #1865

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

Moves "add new item" button from bottom of the page to the top.  Refs #1877

Do not show user agreement inline unless site config says so. Remove
superfluous dialog box presentation, and use agreement filename as
page title if there is only one.

refs #1694

Fix user_agreements.sign when collection uuid has +size hint.

refs #1694

Fix user_agreements_controller.table_name so generic list method works.

refs #1871

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

# Please enter a commit message to explain why this merge is necessary,
# especially if it merges an updated upstream into a topic branch.
#
# Lines starting with '#' will be ignored, and an empty message aborts
# the commit.

Story 1879 "log" link on dashboard links directly to log file.

Fix incorrect find(), should have been find_by_uuid()

refs #1871
amends 463e996ae5276dc41deca98cb444c802e6f5e251

Reload the target object before updating if it is marked read-only
(e.g., it was retrieved using a join). Also, fix error response when
update is called on a non-existent object.

Prevents ActiveRecord::ReadOnlyRecord error.

refs #1871
amends 92d1022d103b58ddad0427736a776a27f198667e

With where={"any":["contains",X]}, search all text and string columns.

closes #1867

If a GET fails while looking up a friendly name, skip the hyperlink
instead of crashing.

Also, move the "choose a friendly name" logic from helper to model.

refs #1871

Adding arv-tag unit tests.

Also:
Fix return value for deleting multiple links.
Clean up arv-put unit test code.

In collections.create, set owner to root and add a permission link
rather than setting owner to current_user. This gives the expected
behavior when two different users create identical collections: both
users can read the resulting object.

closes #1870

Obey permissions when retrieving object by UUID.

closes #1871

Lowercase model name in discovery document, like the real parameter name.

closes #1869

Fix sending resource body to server.

Resolves "Error: #<ArgumentError: No {model} hash provided with request>"

refs #1869

Merge branch '1510-arv-tag-unit-tests' of git.clinicalfuture.com:arvados into 1510-arv-tag-unit-tests

Command-line clients use $HOME/.config/arvados for config settings.

Merge branch '1748-workbench-view-files'

Moved "size" column to last and added SI order of magnitude suffixes instead of showing raw byte counts.

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

# Please enter a commit message to explain why this merge is necessary,
# especially if it merges an updated upstream into a topic branch.
#
# Lines starting with '#' will be ignored, and an empty message aborts
# the commit.

Merge branch '1499-workbench-tags'

Switch to rounded search box style on collections page, to match home page.

refs #1499

Merged 1862-show-object-links into master

Merge branch '1499-workbench-tags'

closes #1499

Fix test setup.

Even if ./tmp/ already exists, we might need mkdir ./tmp/empty_dir

Add collection search box on home page.

refs #1499

Use symbol keys to access request parameters.

Allow admin client to create API tokens for other users.

refs #1680

Unescape filenames from manifests. refs #1849

Update query in browser location bar when showing search results.

refs #1499

Fix crash if no search parameter given.

refs #1499

Reworked Files tab of collection view a bit.

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

Finished improving rendering of UUIDs for now.

Merge commit '030d673e455ac7fa92732eafe95f1db12f6a46b6' into 1862-show-object-links

Merge remote-tracking branch 'origin' into 1862-show-object-links

Add AJAX tag search box to collections.index page.

refs #1499