move crunch-job to arv-crunch-job and add to arvados-cli gem

fill in intro-to-git page

update API tokens doc to match current API tokens page

do not munge hash keys in client-provided request. fixes #1516

test API update semantics, confirm put/get cycle preserves components{} hash
refs #1517

update "correct answer" hashes in collection tests - see 3f431d852579ee433197fb1c29e6db374ccb4b9e

During task setup, if it exists, run /crunch_scripts/install instead
of /install.sh

pass api_token and pipeline_instance in request body instead of query string

Modify API discovery document and CLI tool so resource objects can be
supplied in the request body (instead of the query string) for Create
and Update methods.

escape spaces in manifest filenames

add CollectionWriter.write_directory_tree()

maintain directory structure in collection_extract

fix extra empty stream in all_streams() response

overwrite existing files in stream_extract

add util.listdir_recursive()

fix os.path.dirname usage

fix out of scope function use

mkdir -p in collection_extract()

add one-task-per-stream utils

fix stream names in CollectionWriter

use . as default stream name

fix infinite loop in flush_data

allow caller to override std* pipes in run_command

add zipball_extract

add crunch_scripts/file-select

Revert "remove extra newline"

This reverts commit 3a803d6306dfe68a664246fc93b87d72b171909d.

replace compute_node_security_group config with generic compute_node_ec2run_args

Typo in the 'create virtual machine' command.

fix :id -> {uuid} subst in discovery doc when generating from rails routes

allow admin to change object UUIDs

use ssh -T to silence pty warning

fix spelling of arv argument

clean up jobs page, add expand/collapse

tone down css on jobs index

fix uuid column heading on jobs index

update crunch install doc

lock CRUNCH_DISPATCH_LOCKFILE while running, if provided

add links beside editable object uuids

put back :find_object_by_uuid in virtual_machines controller

fix exception in get_all_logins when user has no authorized_keys

gitignore arvados-cli gem

add auth scopes

fix example ssh command

show copy-paste-friendly current token at top of API Tokens page

clean up SDK examples

fix top nav extra padding with responsive + small window

fix bash "read -d" usage

fix backward-compatible env var

say "interrupt" nicely instead of a stack trace on ^C

add --no-reuse and --no-reuse-finished options to arv-run-pipeline-instance

added PuTTY instructions to docs site

Fix numbering of tutorials on workbench landing page.

use find() instead of where() to get a single object

hide account summary bar if user is not activated yet

count files instead of specimens on dashboard

count accessible objects instead of owned objects on dashboard

fix "pipeline run" command

fix pipeline component names

use "nano" instead of pseudocode "edit"

new dashboard content

add new-pipeline tutorial

fix command line parsing

add "arv pipeline run" -> "arv-run-pipeline-instance" wrapper

rename wh-run-pipeline-instance to arv-run-pipeline-instance

link job and collection uuids to workbench pages

strip extra newline

add usr/local/arvados/src pythonpath

fix namespace

prepend to PYTHONPATH instead of replacing

fix job dependencies -- grok arrays and hashes in script_parameters

add collection-merge script

add CollectionReader.manifest_text()

comments

tweak example templates

add GATK VariantFiltration tutorial

update git commit hash link target

add "arv keep check"

open up specimens page index and show pages

link to "ssh access" doc page from "authorized keys" workbench page

add piwik info to workbench install doc

add GATK2 VariantFiltration example crunch script

add transparent decompression option to util.collection_extract

Tweak arv keep wrapper a bit more. No more output rewriting, instead use
exec for performance. Support ls, get, put, and less.

lazy check for # files actually retrieved

add util functions, fix up tmp dirs

add output & code notes to job tutorial

remove extra newline

Add piwik support to workbench.

Add whls wrapper. This is a temporary hack. Not proud of it :/

Remove 'pre' from the gem version; otherwise we can't pull them in easily from puppet.

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

Changes for ruby sdk packaging as a gem.

clarify monitoring jobs until success=True

pipeline_templates and pipeline_instances are not admin-only

hide expired and job-specific auth tokens from workbench list

fix nil bugs

extend pgp data tutorial

fix is_locked_by reference

fix is_locked_by reference

use pattern as regexp