22076: Update documentation for collection.json metadata file.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

22076: Suggest filenames with .zip extension.

Duh.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

22076: Include hash of PDH and filenames in suggested filename.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

22076: Save "downloaded from..." as zip comment.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

22076: Add last-modified user info to collection.json metadata.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

22076: Fix ActiveModel::MissingAttributeError on select=[full_name].

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

22076: Add description, created_at, and modified_at to zip metadata.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

22076: Include file_count=N in upload and download logs.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

22076: Check suggested filename when testing single-dir download.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

22076: Log filename if zip contains exactly one file.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

22076: File-download logging and permission checks for zip files.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

22076: Add API docs for ZIP download.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

22076: Skip properties in collection.json when downloading by PDH.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

22076: Remove stale comment.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

22076: Add option to include collection metadata as collection.json.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

22076: Accept file list in query string.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

22076: Serve zip archive of collection contents.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Merge branch '22395-batch-collection-trash' into main. Closes #22395

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>

Merge branch '20650-s3-downloader' refs #20650

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

22395: Perform search in trash test to handle too many trashed items

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>

Merge branch '21884-collection-richtext'

closes #21884

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

22395: Add waitfordom to trash test helpers, increase timeouts

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>

22395: Split tests for better debugging

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>

22395: Add basic trash tests

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>

20650: Typo fixes

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

20650: Add a test for --disable-aws-credential-capture

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

21844: Set description char limit to 524,288

* also set collection panel to render description html properly

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

Merge branch '22554-wf-optional-inputs'

closes #22554

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21884: Adjusted test to account for richtext element

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21884: Changed collection description field to use rich text editor

* increased collection description max length from 255 to 2048
* Also changed project description max length from none to 2048

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

22712: Pin activesupport in all gems

Same rationale as 05a762006d907bb28fbda55fd8059d51904b246b.
Refs #22712.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

Merge branch '22627-breadcrumbs-collapse-bug' into main. Closes #22627

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>

22712: Pin activesupport version for Ruby 2.7.0

Same rationale as 05a762006d907bb28fbda55fd8059d51904b246b.
Refs #22712.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

Merge branch '22697-gem-downgrades'

Refs #22697.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

22698: Bugfix incorrect shift

If no argument was passed, there will be nothing to shift, and this will
cause an error exit. Arguments after mandatory ones need to be handled
by position. Closes #22698.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

22712: Pin securerandom dependency for Ruby 2.7

We're already doing the same in services/api/Gemfile.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

22697: Downgrade Rails to 7.1.3.4

For compatibility with Ruby 2.7.0 in Ubuntu 20.04.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

22627: Remove grid item class to fix breadcrumbs overflowing

Grid item adds max-width: none and we don't want that

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>

22554: fixed 422 error handling in e2e test

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

22554: Fixed null input in unit test

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

22554: added test for optional input

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

22554: removed stray console.log

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

Add trailing slash to COPY destination

According to the Dockerfile reference and the `docker build` error
message I got, this is required to copy multiple files to a destination
directory. No issue #.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

22697: Fix Ubuntu CUDA URL

For whatever reason Ansible reports the version number as "22.04" and
the major version as "22" but no minor version. Refs #22697.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

22697: Fix URL for AWS' Ubuntu security mirror

Refs #22697.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

22554: added handling for case where inputs are not set in redux

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

22554: Added algo to nullify empty strings on submit

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

Merge branch '22618-wrong-breadcrumbs'

closes #22618

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

22395: Quash warning

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>

22395: Remove unused toggleProjectTrashed

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>

22395: Use toggleResourceTrashed everywhere. Also detect isTrashed using items.

Technically we probably shouldn't allow a mixed group if isTrashed like before,
and with batching, it seems better to present an error for double trash/untrash
instead of performing multiple operations at once. In the future maybe we can
better tie isTrashed to the logic in the ToggleTrashAction component.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>

22395: Copy over post-trash/untrash actions needed from toggleProjectTrashed

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>

22395: Add back navigate to parent on successful trash that was accidentally removed

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>

22395: Add support for toggling trashed status of mixed resource types

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>

22618: added e2e test

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

22618: Added collection panel reset on unmount

* also told eslint not to lint cy.js files

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

Merge branch '22321-webdav-write-repack'

closes #22321

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

22395: Rename helper func since we technically use snackbars not toasts

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>

22395: Use refactored batch toast helper for delete process

Also add route matching to make after-delete actions more robust

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>

22395: Abstract batch resource request error handling into helper func

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>

Merge branch '22666-test-checkcacheonly'

fixes #22666

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

22666: Clarify "currently" in comment.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

22321: Dry up webdav requests in integration tests.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

22321: Add Marshal and RoundTrip tests for BlockSegment.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

22321: Repack collections after upload.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

22395: Change toggleCollectionTrashed to batch action instead of sequential

This is essentially a copy+paste of the process trash action

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>

Merge branch '22700-installer-arvados-formula'

closes #22700

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

20650: Defer importing boto3 unless/until we need it

No reason to load the boto3 module if we're not using it.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

22700: Handle arvados-formula the same way as others.

We pin the arvados-formula version using the ARVADOS_TAG envvar, and the
provision script checks out that version on every run.
Previous behavior was kind of similar, but this way is more explicit and
less error-prone.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

20650: Log the configured region

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

20650: Make pass the AWS region as well

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

20650: Document download from S3 feature

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

20650: Add test for deferred s3 import and credential capture

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

20650: Improve test and move boto3 dep to python sdk

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

Update self-referential version references to 3.1.0, refs #22510

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

20650: Test WIP

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

22666: Test (*keepstore)Blockread() with CheckCacheOnly: true.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20650: Add option to control AWS credential capture behavior

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

20650: Log the access key id used

This is the non-secret portion of the credentials so it is safe to
include in the log.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

20650: Pass AWS credentials if needed

If there are s3:// URLs, and --defer-download is used, then pass the
environment's AWS credentials as a secret mount.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

20650: Need to recognize s3: URLs in a few places

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

20650: Add boto3 dependency

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

20650: Initial try saving downloading from s3 in a-c-r

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

20650: boto session is passed in to s3_to_keep

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

20650: Add a Downloader abstract base instead of duck typing

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

Merge branch '22693-docker-28'

Closes #22693.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

22693: Update Docker pin to version 28

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

Merge branch '22652-axios-upgrade' into main. Closes #22652

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>

20650: Tinkering with AWS credentials

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

20650: Implemented s3_to_keep

Added support importing from s3 to arv-copy

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

20650: Initial refactor spitting up http_to_keep to share code

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

Build Java SDK with jdk11, refs #22084

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

22652: Bump axios-mock-adapter to latest

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>

22652: Bump axios to latest to address CVE-2025-27152

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>

22652: First upgrade axios depended on by wait-on to address CVE-2025-27152

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>

Merge branch '22689-bump-babel-dependencies' into main. Closes #22689

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>

22689: Bump @babel/runtime-corejs2 to address CVE-2025-27789

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>

22689: Bump @babel/helpers to address CVE-2025-27789

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>

22689: Bump @babel/runtime to address CVE-2025-27789

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>

21926: Add upgrade note about cuda→gpu API changes

Refs #21926.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>