Fix tests to work with new css/layout.

Added code to compute histogram from garbage collection list.

Use separator instead of drop-down for less-used nav links.

Merge branch '2640-folder-api' into 1970-folder-view

Merge branch 'master' into 2640-folder-api

Fix "create folder"

Fix no-side-nav mode.

Move folders into a separate controller. Add description-editing.

Replaced KeepVolumes with a VolumeManager interface.

A VolumeManager interface may be used to set policy for writing to a set
of Keep volumes. The sole implementation at present is RRVolumeManager,
which implements simple round-robin scheduling; other implementations
could include a manager which selects the least-loaded disk first, the
fastest one, the one with the fewest pending writes, etc. etc.

Refs #2620

Added hack to deal with the fact that keep servers are reporting each other's disks.

Merge branch '1904-api-reader-tokens'

Closes #2702, #2707.

api: Accept JSON-formatted reader token array.

api: Introduce reader_tokens for extra access.

reader_tokens are API tokens whose read permissions will be added to
the primary API token's.  For actions that only read resources, like
:index and :show, you can now omit the API token as long as you
provide at least one reader_token.

This allows users to get access to one-off resources without
interrupting their primary session.  For example, Workbench will use
it to access Collections shared via secret link.

api: More consistency in test helper methods.

I keep accidentally rewriting the methods in ArvadosTestHelper, so I'm
putting them in one module loaded for all tests so I can use them
consistently.

Merge remote-tracking branch 'origin/master' into origin-2608-websocket-event-bus-alt2

Conflicts:
services/api/app/controllers/application_controller.rb
services/api/app/controllers/arvados/v1/schema_controller.rb
services/api/db/schema.rb

Moved message handling out to a separate method for clarity in eventbus.
Fixing name mismatch /websockets => /websocket in configuration
Added guards to various tests to ensure no more messages are processed after
the test is supposed to be done.

Short-circuts #readable_by when the user is admin.

Unsubscribe message now takes filter definition instead of filter_id, reducing
the state both the client and server have to maintain in order to support
unsubscribing.  Added code comments and updated tests.

Added code comments.

Now supports both websocket integrated (ARVADOS_WEBSOCKETS defined) and
websocket-only (ARVADOS_WEBSOCKETS=ws-only) server modes.  Added comment to
application.yml.example about setting websocket_address when running in
websocket-only mode.

525: Update the .classpath to reflect the latest trimmed down version of pom.xml

2525: Java SDK does not need com.google.oauth-client library

Merge branch 'master' into 2525-java-sdk

2525: when using main method, print output to console.

Fix route name in nodes.create, add basic functional test.

Make "create folder" button work

2525: README file to serve as getting started guide.

Adding more code documentation.

Rename owned_items to contents.

Merge branch '2640-folder-api' into 1970-folder-view

Rename owned_items to contents, remove user method, update docs.

2525: Minor updates to log4j configuration of log line format.

api: Make JSON the default response format.

Rails assumes that the request should be sent in HTML unless a format
parameter or the Accept header expressly overrides that.  This change
makes JSON the default unless the request specified it would like
HTML.

Added support for :distinct to application controller.  User can now specify a
column and only get back rows with distinct values of that column.

Merge branch '0000-ruby-client-config'

2525: Add ArvadosSDKJavaUser.java to serve as an example implementation of SDK usage example.

Added ability to select which fields to return, instead of always returning all fields.

Incorporating code review comments (refs #2620)

* use filepath.Join to build file paths instead of fmt.Sprintf
* use ioutil.ReadAll to ensure that we read the whole file

2525: What was that typo!!

Merge branch '1969-persistent-switch'

closes #1969

2525: Use log4j for logging from java SDK

Replace radio button group with a single click-to-toggle button.

Merge branch 'master' into 1969-persistent-switch

Fix error reporting, catch "=foo" in config file, add dev doc.

2525: Add pipeline template create testing. Use maven resources for input files.

2525: Address multithreading concerns in the sdk.

2525: Add sdk/java/target to gitignore list

2525: Cleanup and additional tests.

2525 - Arvados Java SDK. Eclipse project file. Since we are using maven, eclipse users may find it hard to setup eclipse project without this file.

2525 - Arvados Java SDK. API discovery and call methods working. Need logging, further cleanup, and more testing.

Merge branch '2640-folder-api' into 1970-folder-view

Skip UserAgreement in owned_items. They are just collections again.

Add folders page, backed by groups.

Add sb-admin layout.

Show folder contents with editable names.

api: Support filters in API client auths index.

Per comments on Refs #1904.  filters is generally the preferred way to
do searching now.  I maintained existing limits on what can be
searched with this method.

api: Support scope searching in API token index.

api: Migrate VM auth scopes to new system.

VirtualMachinesController was the only one doing anything special with
API token scopes before we provided the more general-purpose system.
This commit removes its specialized code, and provides a database
migration to convert those specialized scopes to the general-purpose
schema.

api: Introduce path-based API token scopes.

Refs #1904, #2662 for background discussion.

api: Test VM login scopes.

The virtual machine controller is the only one doing anything
interesting with API token scopes right now.  I'm writing this test
for that functionality to make sure it stays effective through
refactoring.

api: Shorten name of authorized_keys index.

I had trouble running the new TimestampsNotNull migration, because I
ran into the index name limit described in the migration comments.
Running this migration first worked around the problem for me, and I
hope it saves others from tripping over it too.

Render group with folder view

Fix patch_paging_vars args.

Convert joins to subqueries to fix duplicates in owned_items

Added printing of garbage collection report to CSV file. Fixed bug in free disk space computation. Closes #2622

Added computation of resulting free space in garbage collection report.

Added retrieval of stats from keep servers and computing total and free space on keep disks.

Expose names for owned_items as list_response.name_for() in Workbench

Merge branch '1904-object-scopes'

Closes #2642, #2662, #2682.

api: Support filters in API client auths index.

Per comments on Refs #1904.  filters is generally the preferred way to
do searching now.  I maintained existing limits on what can be
searched with this method.

api: Support scope searching in API token index.

api: Migrate VM auth scopes to new system.

VirtualMachinesController was the only one doing anything special with
API token scopes before we provided the more general-purpose system.
This commit removes its specialized code, and provides a database
migration to convert those specialized scopes to the general-purpose
schema.

api: Introduce path-based API token scopes.

Refs #1904, #2662 for background discussion.

api: Test VM login scopes.

The virtual machine controller is the only one doing anything
interesting with API token scopes right now.  I'm writing this test
for that functionality to make sure it stays effective through
refactoring.

Use name links instead of permission links to include objects in groups.

api: Shorten name of authorized_keys index.

I had trouble running the new TimestampsNotNull migration, because I
ran into the index name limit described in the migration comments.
Running this migration first worked around the problem for me, and I
hope it saves others from tripping over it too.

Added most of the garbage collection reporting for #2622. Deleted some whitespace.

Merge branch 'master' into 2620-keep-serialize-io

Corrected name for volume_test.go.

Reorganized Volume code for easier comprehension.

Refs #2620

workbench: Add pipeline instance tag render test.

Sasha just tickled this, so we want to prevent future recurrences.

Make sure an IOHandler is running when -serialize is on.

Use MakeUnixVolume to create new UnixVolumes, to ensure that an
IOHandler is started whenever necessary. (refs #2620)

Fix crash when tags exist for items offered in selection widget.

Cleaned up unit tests. (refs #2620)

Added a MockVolume implementation to use in unit tests for the
Keep front-end handlers.

Simplified IsValidLocator and keep_test.go:setup code.

Cleaned up unit tests. (refs #2620)

Added a MockVolume implementation to use in unit tests for the
Keep front-end handlers.

Simplified IsValidLocator and keep_test.go:setup code.

Merge branch 'master' into 1969-persistent-switch

Increase contrast between active/inactive sides of toggle switch.

Add tests for persistent/cache switch.

Merge branch 'master' into origin-2608-websocket-event-bus-alt2

Bugfix.  Objects returned by owned_items are now sorted by uuid in order to get
a stable sort order when paging with limit and offset.

Resolving application_controller.rb merge conflicts, tests pass.

Merge branch 'master' into 1969-persistent-switch

Conflicts:
services/api/app/controllers/application_controller.rb

Merge branch '2505-update-docs'

refs #2505

Conflicts:
doc/api/methods/groups.html.textile.liquid
doc/api/methods/users.html.textile.liquid
doc/api/schema/Group.html.textile.liquid

Add UUIDs in TR tags so automated tests can find them.

Merge remote-tracking branch 'origin/master' into origin-2608-websocket-event-bus-alt2

Conflicts:
services/api/app/controllers/application_controller.rb
services/api/db/schema.rb
services/api/test/test_helper.rb

Added tests, especially for error handling behavior.  Fixed bugs found by tests.

Merge branch '2640-folder-api'

refs #2640

Conflicts:
services/api/app/controllers/application_controller.rb
services/api/config/routes.rb

Remove "Admin Guide" link from left nav.

Untabify.

Add persistent/cache toggle to collections table on dashboard.