Pass openid_prefix to setup method only when -o option is used

some more refactoring and attention to coding standards

All functional tests passing with refactored code.

All tests passing

testing setup method implementation

Merge branch 'master' into 2187-enhance-user-setup

setup-new-user script using the setup method.

Use setup method instead of create method to setup a new user

Update the functional tests to use the setup method

Introduce a new setup method in the users controller

Merge branch '2193-fix-permissions-cache' (no functional changes, only unit tests)

Merge branch '2278-crunch-dispatcher-monitor-processes'

Silly git staging.

- Made a note about intentionally not setting "success"
- Changed if c[:job][:success] == false to elsif
- Changed == nil to .nil?
- Removed whitespace

Use rails configuration for default openid prefix.

Merge branch 'master' into 2187-enhance-user-setup

Replace tabs with spaces as per our coding standards

Remove -n aka just probe option from the setup-new-user script as per Ward's core review recommendation.

Update comments in the tests

When create is invoked with user object as input, check if object exists for the given uuid or email.

When using user_param, the user object is not expected. If passed, it will be discarded.

More asserts for links

remove hard coded uuids from tests

Some more refactoring

Remove force option

Functional tests to verify links

Added functional tests for controller updates

Fix a nil check

Fix an error introduced elsewhere in the file.

A simplified version of setup_new_user.rb script, where all the create user and links logic is moved into users controller.

* Allow the system user to update job columns, even if the job is "locked"
* Once the job process completes, automatically mark "job.running = false" and set "job.finished_at" if not set
* Exclude jobs from the queue where the "success" field is already set
* Consider a pipeline to be failed if any of the component jobs are marked as failed

All links in place

Test just_probe and openid_prefix options

More accomplished

Merge branch 'master' into 2187-enhance-user-setup

create and some links tested

Integration test for permission links.

Merge remote-tracking branch 'origin/master' into 2075-workbench-paging

Conflicts:
services/api/app/controllers/arvados/v1/schema_controller.rb

Merge branch '2257-inequality-conditions'

closes #2257

Add "filters" param to discovery document, add deprecation note to
"where" param description.

api: Improve compute_node_domain handling.

The default value was causing test failures on my machine because the
ERB evaluated to an empty string.  And we want to avoid this causing
any DNS lookups during tests.  Now we make the default false (in line
with our other compute_node_* settings), and suggest a change in
application.yml.example to demonstrate how it should be set.

I also fixed up the example about compute_node_nameservers while I was
at it.

This closes #2351.

Make integer attributes searchable, add test cases.

Merge branch 'master' into 2257-inequality-conditions

Added "Displaying X of Y out of Z"
Improved links to adjacent pages

Merge branch 'master' into 2187-enhance-user-setup

WIP - update the create action in users controller to create user object and also create the links

* Added support for offset and limit query parameters (?limit=x&offset=y) to workbench index pages.
* Created _paging partial for rendering forward/backward/jump to page N
* Added paging to generic index page, index pages for collections, pipeline instances, pipeline templates, groups.

Add functional test to create a new user

Filters out "show", "index" and "destroy" methods from discovery document generation because they are
redundant with "get", "list" and "delete".

Added offset to 'list' method on resources.
Added "offset" and "limit" fields to the response.
Removed "next_page_token" and "next_link" fields that were not being used.

Fix order of steps in install doc, add git_repositories_dir
instructions, remove troublesome default config.

doc: Make Workbench install guide up-to-date.

* Configure the application with `application.yml` instead of
  `config/environments/*.rb`.

* Consistently capitalize Workbench.

Formatting tweaking to look good on github.

Added more links to information in README.

Added a README with pointers to the documentation, COPYING with license information, the relevant licenses, as well as a license section to the user guide.

Fix crash in render_error(not_an_exception), and use raise() rather
than calling render_error() directly from ApplicationController#save
and #update

Add sqlite3 to Gemfile so database.yml.sample works unmodified

Fix configured uuid_prefix and force_ssl getting overwritten by application.rb

Remove some stumbling blocks in default/example configs

Fixed typo in secret_token.rb

Updated workbench documentation.

Working on improving install documentation.

Added section on setting up SSO server

The very first set of unit tests for rails API server

Adds scopes: ["all"] when creating a new api client authorization, because database schema does not permit have a null scopes column.

Replaces postgres-specific 'now()' with standard SQL CURRENT_TIMESTAMP
Render checks that opts which are passed in are valid before trying to use it.

URL change for the auth server.

Fix links to docs in workbench

Update Gemfile to use latest arv-run-pipeline

Bump versions, change optional=false to required=true, set dataclass
for bwa-aln input.

Fix giving up on a pipeline prematurely when a component is waiting
for an output produced by a component later in the components.each()
loop.

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

# Please enter a commit message to explain why this merge is necessary,
# especially if it merges an updated upstream into a topic branch.
#
# Lines starting with '#' will be ignored, and an empty message aborts
# the commit.

Merge branch '2107-update-documentation'

doc: Note warning for get one collection block.

Added per discussion with Tom.  We're also interested in fixing the
warning, but in the meantime, this is worth documenting.

doc: Improve "How Keep Works" flow.

This addresses the fact that this page was broken off from the
original Keep tutorial page.

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

doc: Make CLI pipeline run up-to-date.

This refreshes Keep hashes and the output format of `arv pipeline run`.

doc: Improve flow of CLI pipeline run.

The previous version assumed that we already had a static pipeline
template.  That's no longer true under the current flow, so instruct
the user to make one at the start of the tutorial.

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

# Please enter a commit message to explain why this merge is necessary,
# especially if it merges an updated upstream into a topic branch.
#
# Lines starting with '#' will be ignored, and an empty message aborts
# the commit.

Bugfixes to provenance graph:
* Fixed url generation to use correct protocol (http/https)
* Fixed generic node description
* Fixed direction of provenance graph

Report error message and propagate exit code if subprocess.call() fails.

Update instructions to use build.sh. (refs #2221)

doc: Consistent style in outside program tutorial.

doc: Consistent style in new pipeline tutorial.

doc: Small bugfixes for first pipeline template.

Ran linkchecker and fixed links.

Added liquid template to link to next and previous pages.

Fix user_agreements/sign* routing again.

Fix route method on user_agreements/sign.

doc: Bold `you` in tutorial-parallel's job spec.

doc: Fix hello-world-fixed.py name in job-debug.

doc: Consistent style for `you` in job-debug.

doc: Update job1's expected output.

Pete changed this script so that the output filename has a leading
`./`.  This commit updates the tutorial to match.

doc: Highlight `you` in the first script job spec.

doc: Suggest setting User in .ssh/config.

Update comment to refer to correct default-config file.

Fix left nav order in Install section.

Add api server package dependencies and update config instructions.

Removed h1. titles from pages because it is now part of the page template.

More documentation updates and reorganization.