6138: Added --domain to set ARVADOS_DOMAIN.  Removed useless comments in apache2_vhost that mentioned qr1hi.

Add installation instructions for compute nodes; update the installation
instructions for crunch dispatcher.

No issue #

Merge branch '6087-collection-timing' (early part) refs #6087 refs #6092

6087: Get database time only once per manifest-signing/verifying event, rather than once per locator.

Update tutorial pipeline page to match new definition.

No issue #.

6090: Docker install uses local SSO server instead of auth.curoverse.com.  Also
clean up references to dev.arvados to use @@ARVADOS_DOMAIN@@.

Update tutorial pipeline template definition.

This helps it run out of the box again.
No issue #.

refs #6061
6061: set profiling_enabled to true in workbench application.default.yml for test env.

Documentation fix (quoting) for the 'Add an Arvados repository' page.

No issue #

5748: Remove unused import. refs #5748

5748: Remove runtime.GC() obsoleted by bufferpool. refs #5748

closes #6064
Merge branch '6064-collection-output-of-perf-issue'

integration_performance tests: add comment describing how to run the tests; also remove the ENV variable which is not needed
since the tests in this directory will not be part of regular test run because it is not a standard rails test directory.

6064: rollback cache update so that it can be done in a separate branch.

Merge branch 'master' into 6064-collection-output-of-perf-issue

Merge branch '6071-java-sdk-timeouts' closes #6071

6071: Bump up timeout to 120 seconds.

refs #6061
Merge branch '6061-intg-perf-tests'

Merge branch '6073-pycurl-version' refs #6073

6061: add workbench integration_performance test folder.

6071: Fix URL

6071: Refactor project organization a bit.

6071: Increase default timeout and enable retry support.

6073: Pycurl depends on latest in Arvados SDK setup.py

closes #4717
Merge branch '4717-read-only-keep-services-flag'

4717: rename writableRoots as writableLocalRoots.

Merge branch 'master' into 4717-read-only-keep-services-flag

closes #5720
Merge branch '5720-ajax-loading-error'

6064: display only 5 objects for which this collection is the output in source_summary.

Merge branch 'master' into 3198-writable-fuse

3198: Enable support for event bus based updates in arv-mount.

3198: VWD syncs collection before loading from API server.

3198: Add docstring with overview of the architecture.  Implement check_update
method wrapper and expand use_counter to every method containing a
llfuse.lock_released block.  Add note about big_writes option.

5720: Leave existing content in place (and schedule another reload) if a tab-refresh gets cancelled.

3198: writeto() notifies with WRITE instead of MOD.  WRITE doesn't invalidate the inode.
Move llfuse.lock_released down one level into individual fusefile and fusedir methods.
Add big_writes option, improves write speed by 2x!

Merge branch '5998-arvdock-bridge-option'

closes #5998

$start_bridge -> $bridge

options modified

ip command refactored

refs #5998

Check in docker/sso/database.yml.in, forgotten in commit ea7da293b0a10baef18cfc6e107c87a9c3b09546.

No issue #

Merge branch 'master' into 4717-read-only-keep-services-flag

4717: use keep_services -> read_only flag in python sdk.

Merge branch '5748-max-buffers-leak-TC' refs #5748

5748: gofmt fixes.

5748: Time out leak tests after 20s.

5748: Put() always takes a non-nil buf.

5915: Workbench tries the anonymous reader token first for collection wget listing.

This is necessary to make sure we provide a usable token to arv-get.
If we don't check the anonymous reader token first, we might decide
that another token is usable when in actuality, the reader token is
the one that worked.  Closes #5915.

5748: Basic tests to check for bufferpool resource leaks

Merge branch '5748-max-buffers-leak' into 3198-writable-fuse

5748: Fix leaks in GetBlock error handling and PutBlock use of GetBlock where
buffers were not being returned to the buffer pool.

Merge branch 'master' into 3198-writable-fuse

3198: Support setattr().

3198: Renaming collections in projects works.  Improved conformance to POSIX semantics as best we can.

4717: just a couple minor tweaks

4717: writable roots in go sdk

Merge branch 'master' into 4717-read-only-keep-services-flag

closes #5645
Merge branch '5645-open-graph-meta-tags'

5645: updated comment

3198: Start working on rename() for collections in projects

Merge branch 'master' into 5645-open-graph-meta-tags

5645: add og:site_name to the list of open graph meta tags added to the page.

refs 5930: misc. small documentation fixes

3198: Support mkdir() and rmdir() to create collections on projects.  Support
for rename() is pending.

All tests that open files are refactored to use multiprocess for syscalls to
avoid deadlocks.

4717: use keep_services -> read_only flag in go sdk.

3198: Serialize updates to avoid doing redundant API server calls.

3198: FuseMvDirBetweenCollectionsTest works

3198: Support efficient moving preserving inode, writing to unlinked files.  Many new tests.

4717: add read_only column for keep_services data model.

Merge branch 'master' into 5998-arvdock-bridge-option

trailing whitespaces

fixing some trailing whitespaces

Fix sso docker container build, and enable local account creation for
this sso container uses.

No issue #

initial version to have a --bridge parameter

also improves:
  grep: The -P option is not supported if libpcre.so.3 is not available  // Replaced -E making compatible

Merge branch 'master' into 5720-ajax-loading-error

5720:  when jqxhr readyState == 0 or status == 0, instead of skipping show "Cancelled" message.

5720: when jqxhr readyState == 0 or status == 0, instead of skipping show "Cancelled" message.

Merge branch 'master' into 3198-writable-fuse

Conflicts:
sdk/python/arvados/arvfile.py
sdk/python/arvados/keep.py
services/fuse/arvados_fuse/__init__.py

5645: added open graph meta tags to page

Add instructions to generate assets to SSO installation page.

No issue #

Reorder SSO install documentation so that the rake db:setup call does
not fail because uuid_prefix and secret_token are not set yet.

No issue #

Even more SSO server install instructions.

No issue #

Update SSO server documentation to match current reality.

No issue #

Merge branch '5736-node-manager-easy-slot-cleanup-wip'

Refs #5736.  Closes #5995.

5736: Node Manager cleans node records after shutting down a paired node.

This is an easy case to handle, and helps avoid exhausting SLURM
slot numbers.

5736: Fix typo in Node Manager test comments.

Merge branch '3793-clean-docker-images-wip'

Refs #3793.  Closes #5857.

3793: Add Docker image cleaner service for compute nodes.

This service monitors Docker events.  When a container is destroyed,
it deletes any images that are unused and exceed the configured
storage quota.  This will prevent Docker images from growing
indefinitely on long-running compute nodes.

Merge branch '5992-keep-proxy-ignore-locator-hints' closes #5992

5992: keepproxy strips +K@{5} hints from locators before trying GET.  +K@5-5-15
locators are preserved.

closes #3454
Merge branch '3454-default-docker-image'

Merge branch '3198-inode-cache' refs #3198

Merge branch 'master' into 3454-default-docker-image

3198: Fix Operation(inode_cache) init.  Break up tests into a few smaller
tests.  Added comment about how collection size is calculated.

refs #5682 : update arvados gem version

closes #5682
Merge branch '5682-download-file-error'

Merge branch 'master' into 5682-download-file-error

closes #4467
Merge branch '4467-project-contents-select-all'

Fix install instructions: create arvados repository.

closes #5988

Merge branch '5748-max-buffers' refs #5748

5748: Update keepstore install docs (-max-buffers, -blob-signing-key).

5748: Log clock time for each request.

For successful responses, log the standard HTTP status text for the
response code (instead of logging "OK" for any status<400).

5748: Check for errors when writing pidfile. Keep it locked while running.

* Handle SIGINT (the same way as SIGTERM)

* Improve startup/shutdown logs