Merge branch '7846-magic-invalidate-entry' closes #7846

Merge branch '8008-package-testing' refs #8008

7846: Better directory entry invalidation, fixes MagicDirApiError test.  Also
fix bug in typo in exception handler.

refs #6833
Merge branch '6833-arv-mount-cache-refresh'

6833: get blobSignatureTtl from discovery document and use it to set the poll_time.

6833: add poll_time to CollectionDirectory.

Fix typo.

refs #8248

closes #8028
Merge branch '8028-crunch-dispatch-local'

8028: Update the stub based test to use waitGroup.Wait() instead of sleep.

8028: In runningCmds loop, no need to wait for process termination.

8028: add command to waitGroup during run method itself; not during signal handling.

8028: when a signal is received, terminate all running commands and wait in a WaitGroup.

8028: add signal handling to dispatcher.

8028: After getting list of Queued containers, instead of looking for containers.ItemsAvailable, look for len(containers.Items)

8028: crunch-dispatch-local implementation

Merge branch '8248-explain-serialize'

closes #8248

Doc improvement: explain in more detail what the -serialize argument to
keepstore does.

closes #8248

Merge branch '7816-crunch2-exec' closes #7816

Merge branch '8177-keep-web-trust-all-content-flag' closes #8177

8177: Offer -trust-all-content option for no-wildcard installs.

Add alert about XSS on intranet sites.

7816: CopyReaderToLog renamed to ReadWriteLines.  Use Writer instead of Logger
to avoid unnecessary copy.

8177: Expand trust_all_content comments.

Skip whole check_uri block when trust_all_content.

Fix test name.

8177: add trust_all_content config to Workbench.

7816: Rename to crunch-run

Merge branch '7996-keep-web-doc' closes #7996

7996: Add keep-web to install TOC and server/cert lists.

7816: Fixes recommended by golint.

7816: Change ThrottledLogger Stop() to Close().  Choose finalState once so that
log and container record can't go out of sync.  Add comments.

8008: Remove workbench git version constraint.

Fix cli "update" example. No issue #

Merge branch '8189-handle-large-collections-better' refs #8189

8189: Use large page size only when fetching all pages.

8008: Add dependencies on libcurl and postgresql dev packages in order to build
gems.

8189: Replace MAX_LIMIT const with max_items_per_response config.

8189: Fix too-small page size in "fetch all pages" code.

Python SDK and workbench effectively default to the API server's
MAX_LIMIT when requesting a list of objects, in those cases where no
explicit limit is set in the client code.

8008: Add git dependency to api server and workbench.

Merge branch '8014-rails-postinst-doc-update-wip'

Refs #8014.  Closes #8111.

8014: Install guide uses new Rails postinst scripts for configuration.

7816: Converted testing to use stubbed out ThinDockerClient instead of real Docker.

7816: Crunch2 executor prototype work in progress.

7816: Update Go SDK to use correct block locator pattern.  Change FileToken
string in manifest to FileStreamSegment struct.

closes #7607
Merge branch '7607-getting-started-flag'

Merge branch 'master' into 7607-getting-started-flag

Merge branch '8095-install-guide-rails-sudo-wip'

Closes #8095, #8096.

8095: Make install guide bundle commands more consistent.

* Always instruct the user to use `sudo -u`.  This prevents the
  commands from generating cache files that the web server can't write
  later.
* Always execute the command in the server's main directory.  This
  helps people run on automatic: if they leave a shell session open at
  the API server directory, they can paste in a combination of Rails
  console and script commands without `cd`ing around.
* Always give both RVM and non-RVM instructions.  There might be a
  good way to streamline this, e.g., by telling them to use rvmsudo
  when available, but that can be a later optimization.

Add pycurl version constraint to Python SDK because of breaking API change, refs #8104

7607: updated user_profile_test to set getting_started config in test.

7607: Update application layout tests; by default getting_started is disabled and hence the help menu will not include this option.
Also, added an additional test case for user with profile but no getting_started flag and expect the popup upon first login.

7942: Skip unreliable test. refs #7942

Merge branch '7957-new-software-collections-install-wip'

Closes #7957, #8097.

7957: Update Software Collections instructions in install guide.

* Document the process we currently follow on CentOS 6.
* Add a reference for RHEL instructions.
* Move noteboxes up, so people can follow the instructions
  linearly ("enable Software Collections, then install the packages").

Merge branch '7816-exit-code' refs #7816

8080: Pull c.reload etc out of the assert_raises.  Remove spurious blank lines.

Merge branch '8082-col-markup' refs #8082

8082: Fix column markup (always use up "log" grid column, always use up all 12 grid columns).

8014: Add #configure anchors to API server and Workbench install guides.

Package postinst scripts will use these to point people to the right
places in the documentation to read what steps they need to take
manually.  The SSO server docs+package already follow this
convention.  Refs #8014.

8082: Ensure consistent column widths in Workbench job banner.

4dcf4e849f242a929ce03b5d529e0e1a63fbaeb0 is the commit that introduced
the column inconsistencies.  This is the smallest patch I could find
to address the issue.  It may be less than ideal because it always
allocates a column to something that may not be displayed, but the
logic to keep track of column widths is already hairy and there are so
many conditions here that it stood to get a lot worse.  Closes #8082.

8077: Tutorial suggests using the arvados/jobs Docker image.

This is all the hash script needs, and clusters are more likely to
have it than arvados/jobs-java-bwa-samtools, which is more of an
internal thing.  Closes #8077.

7816: Add exit_code field to Container model.  Can only be set when container
is marked "Complete".

Increase timeout for bringing up test server.

No issue #

Merge branch '7965-fail-abandoned-jobs' closes #7965

7965: Fail orphaned jobs still marked "running" after reboot.

Fix documentation typo git_repo_https_base not git_repo_http_base, no issue #

Merge branch '7884-ajax-log-redirect' closes #7884

7884: Clarify "credentials" comment.

7884: Detect when a "download log" response has a JSON-encoded redirect
to keep-web, and convert it to POST to avoid a second redirect that
would be forbidden by SOP.

7884: Serve simple cross-origin AJAX POST requests without redirecting.

Merge branch '7927-docker-cleaner-api-version-wip'

Closes #7927, #8025.

7927: Docker cleaner service uses Docker API v1.14.

This helps it work consistently across a variety of Docker versions.
See the comment in the tests for more background.

Log request body size. No issue #

Merge branch '7901-human-summary' closes #7901

7901: Add job stats, elapsed time, summed user+sys and tx+rx, and some human-readable highlights.

7942: Skip unreliable test. refs #7942

Merge branch '7888-azure-read-mux' refs #7888

7888: Fix whitespace / gofmt

7888: Option to use multiple concurrent range requests when fetching from Azure.

Merge branch '7454-azure-custom-data' closes #7454

7454: switch order of arvados_create_kwargs() to be consistent with
create_node().  Use pipes.quote() to shellquote values.  Add ex_customdata
test.

Merge branch '6429-fix-container-indexes' refs #6429

Add required indexes to containers and container_requests tables. refs #6429

Increase default Python SDK timeout to 256s.

No issue #

7901: Fix variable name typo in crunchstat-summary.

Refs #7901.

Merge branch '7901-crunchstat-summary' refs #7901

7901: Add crunchstat-summary program.

Cleanup of test cleanup.  refs #6429

Small test cleanup.  refs #6429

Merge branch '6429-crunch2-api' closes #6429

Merge branch '7939-arv-mount-errors' closes #7939

7939: Use 100:: for bogus host check and add comment about API check.

6429: Add for test child container requests are set priority=0 when parent
container is in final state.

7939: Additional check for bad token.

7939: Check exit code in tests.

7939: Move daemonize to _run_standalone() after llfuse.init(), preserving open
file descriptors.  Add tests for various error conditions that can prevent
successful mount.

7607: enablee flag should be set to false by default

7607: added logic to remove getting started dialogue by default. Still needs tests.

7454: Fix tests

7454: Add 'size' to arvados_create_kwargs so that it can be included in CustomData.

7454: use small CustomData script to set /var/tmp/arv-node-data/arv-ping-url

Merge branch 'master' into 7454-azure-custom-data

6429: Callback calls container_completed! instead of just setting state to final.