21909: Remove unused logo

Unused since 5d9edef1f13b3b9f7abff1bec7d2fda82838a8f0.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

19929: Configure Roxygen with Markdown support

We need this now that the discovery document descriptions use Markdown.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

19929: Use NULL for all R default arguments

The default values in the discovery document tend to be stringified for
the benefit of the Java SDK. This means trying to use them verbatim in
R code is likely to yield incorrect results.

Just set them all to NULL and let the API server use its own defaults.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

19929: Handle multiline descriptions in R code

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

Merge branch '21773-keep-service-discovery'

closes #21773

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Merge branch '21297-container-status' refs #21297

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

Merge branch 'main' into 21297-container-status

refs #21297

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

19929: Move request class to the top of PySDK reference

Since it is used by every method class, and small, documenting it first
makes better organizational sense. No issue #.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

19929: Document schemas and their resources together in PySDK reference

Now that all these classes are fully documented, outputting all the
schemas and then all the resources means there's a giant gap between
related classes. Provide nicer organization by sorting by methods,
preceding them with their related schemas. Refs #19929.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

Merge branch '19929-fill-discovery-document'

Refs #19929.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

Merge branch '22073-salt-v3006-downgrade'

closes #22073

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

22073: Requires salt v3006 instead of v3006 to avoid recursive requisite error.

This change avoids getting the problem mentioned in
https://github.com/saltstack/salt/issues/65966 -- that seems will be fixed in
salt version 3008.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

21773: Wait a bit longer for random delays to appear random enough.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

19929: Remove include_old_versions parameter of collections.get

This parameter was accidentally added to collections.show years ago in
b3d5254ce24ca82904b13d61012b2d8d676a30d8,
but we only recently started advertising if for collections.get in
e49ab1fa2bc83ddb6a3ad3ef6ca4b16391a72094.

It was never supposed to be here and was never advertised for
collections.get in a released version or in our API
documentation. Just remove it.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

19929: Document that container_requests.filters is not implemented

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

19929: Improve groups.contents discovery document details

* Add missing parameters.
* Update the `uuid` description to account for the relationship
  with those parameters.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

19929: Remove long-gone List properties from the discovery document

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

19929: Clarify some wording in discovery document descriptions

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

19929: Fix formatting of bulleted list

Don't indent so much it can become a code block.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

22070: Pin google-cloud-env Gem for Ruby 2.7 compatibility

Refs #22070.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

19929: Add descriptions to all discovery document schemas and properties

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

19929: Remove discovery2pydoc pre-Py3.8 import

Now that we require Python 3.8, this condition is a noop.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

19929: Improve replace_files description in discovery document

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

19929: Correct type of ComputedPermissions.perm_level in discovery document

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

19929/15397: Remove documentation for removed `writable_by` attribute

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

19929: Add descriptions to all discovery document methods and parameters

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

19929/15397: Remove unused repo_name code

This code no longer does anything after removing repositories from the
API.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

19929: Document body parameters in arvados.api_resources

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

15397: Update list of deprecated resources

Namely, there are none as of Arvados 3.0. The code is still good though,
so we can leave this functionality in place for the future.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21901: go fmt fixtures

Refs #21901.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

Merge branch '21901-file-log-throttling'

Refs #21901.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

Merge branch '22052-container-columns-excluded-fulltext'

Refs #22052.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

Fix 'darkOrange' missing from theme colors, refs #21413

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

Merge branch '21413-retried-badge' refs #21413

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

21297: Add polling of scheduling status

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

21413: Don't show resubmitted link if the value is invalid.

Use a dark orange for "resubmitted" badge which has adequate contrast
for white text.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

22052: Exclude container_image from container request trigram index

For the same reason we exclude portable_data_hash elsewhere.

Because the previous migration has not been part of any release, this
works by splitting out the container_request trigram index update to a
new migration. This way developers who ran the previous migration will
still get the update, and users will not run the rebuild the index twice
when they upgrade to Arvados 3.0.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

22052: Improve trigram index tests

Rather than defining tests from strings and reflecting the classes from
them, just start from the classes directly and use their methods to get
additional information we need. This is fewer hoops to jump through.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

Merge branch '22053-collection-test'

closes #22053

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

22053: fixed collection test

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21413: tab-to-spaces fixes

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

Merge branch '21898-info-button-behavior'

closes #21898

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

Merge branch '21941-keep-web-link' refs #21941

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

21901: Clarify documentation for WebDAVLogDownloadInterval

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21901: Log all keep-web GET requests that request the first byte

We use this as a heuristic for "starting a new download." This heuristic
does mean that a GET request can avoid being logged if:

* it comes from the same source address (from the server's perspective)
* it uses the same API token
* it requests Range: bytes=1-

Those conditions seem acceptably narrow for now.

The http_range module used here is effectively a public export of the
same logic used by Go's HTTP FS server. I felt like it was important to
use the same logic to avoid different outcomes in the logging logic
vs. serving logic.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21297: Set showErrors to false when getting containerStatus

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

21413: Check that 'properties' is valid

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

21941: Tweak menu item names

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

Merge branch '20272-description-label' refs #20272

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

21901: Add manifest text to some arvados.Collection fixtures

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21297: Make scheduling status render as part of ProcessRuntimeStatus

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

21901: Add integration test to not throttle different source addresses

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21901: Refactor common functions out of log throttle integration tests

To prepare to add more tests.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21297: Status message shows up but need to make it look better.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

21297: Fetch container status as part of loadProcess

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

21297: add containerStatus method to ContainerRequestService

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

21413: Add "Resubmitted" process state

Process details now directs users to the resubmitted process.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

21773: Warn that ARVADOS_API_* env vars don't override config.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21901: keep-web logs based on the last X-Forwarded-For address

Instead of the first.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

Merge branch '21944-work-launch-description' refs #21944

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

Merge branch '21990-log-timestamps'

fixes #21990

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Merge branch '19982-spot-instance' refs #19982

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

21773: Replace test-only config key with env var.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21944: Fix typo

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

19982: Add arv:failed_container_resubmitted property

Will do a follow-up ticket to make use of this property in workbench.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

21910: Update docs to reflect new behavior.

refs #21910

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21944: Allow HTML in the other places that display workflow descriptions

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

Merge branch '21363-ubuntu2404-docs'

Closes #21363, #22032, #22035.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21990: Restore timestamps to crunchstat, hoststat, arv-mount logs.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

19982: Remove arv_docker_clear_cache, which was already commented out

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

19982: Fix tests, update docs

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

Merge branch '22027-remove-themes-for-rails' refs #22027

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

Merge branch '21910-remove-api_client_id'

closes #21910

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21910: Update all "Authorization: OAuth2 ..." usage to "Bearer".

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21944: Fix tests

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

21910: Comment system root token fixture.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

22027: Remove themes_for_rails

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

21898: fixed e2e tests

* removed "shows details panel when clicking on the info icon" test entirely

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21363: Update install dependencies for libcurl4t64

We no longer support any distributions without libcurl4, so we can
remove that branch and let this become the new default.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21363: Remove libcurl4 from listed example gems_deps

This is no longer listed in arvados-formula in order to better support
distributions that call it libcurl4t64.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21363: Document that we now support Ubuntu 24.04

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21363: Clarify minimum version for RHEL 8 support

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21898: changed context menu toggleDetailsPanel to openDetailsPanel

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21773: Controller integration test needs the new config flag.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21910: Merge branch 'main' into 21910-remove-api_client_id

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21910: Trust system root token even if IssueTrustedTokens == false.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21773: Use cluster config instead of service discovery.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21898: aligned all info button behavior

* set all toggleDetailsPanel calls to use passed in uuid
* removed default '' param in toggleDetailsPanel that allowed the above bug to happen
* removed info button from main app bar

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

Merge branch '21811-side-favorites-test'

closes #21811

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21811: Merge branch 'main' into 21811-side-favorites-test

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21811: removed .only from favorites spec

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

Merge branch '21814-contents-paging'  refs #21814

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

21814: Add test assertion that there are two different kinds of objects

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

21944: Move description to "advanced"

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

21944: Add title and description to workflow launch panel

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

20272: Remove "optional" from label to encourage people to add a description.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

21773: Use ARVADOS_KEEP_SERVICES env var in server context.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21814: Simplify getting the count and expand comment

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

21941: Remove "only"

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

21941: Fix tests

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>