21137: Prefer early return per review comments

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21137: Remove id_token_hint from controller RP-initiated logout

In the current Arvados stack, it is not possible to provide the ID token
this parameter expects, because we do not retain it anywhere. The user's
authorization token will either be an OIDC access token or an Arvados
token generated when they logged in, so neither is suitable for use as
id_token_hint.

The spec says this parameter is RECOMMENDED but not REQUIRED, so
omitting it is the simplest option that should still meet functional
requirements.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

Merge branch '19302-left-side-panel-changes'

closes #19302

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

Merge branch '20690-remove-wb1'

refs #20690

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21211: Update arvados.safeapi Markdown style

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

20846: Update setuptools, accommodate debian12 needs.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21211: Annotate arvados.safeapi

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21211: Clean arvados.safeapi imports

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21211: Annotate arvados.retry

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21211: Clean arvados.retry imports

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21211: Annotate arvados.api

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21211: Clean arvados.api imports

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

18800: Add docstring to arvados.__init__

This is mostly intended to help orient people reading the web
documentation.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

19830: Clean imports in arvados.__init__

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

19830: Clean run_test_server imports

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

19830: Reorder arvados.util regexps

Keep regexps, then UUID regexps sorted alphabetically, then deprecated
regexps.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

19830: Add docstrings to arvados.util

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

19830: Update arvados.util._deprecated Markdown style

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

19830: Clean arvados.util imports

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

19830: Move deprecated functions to the bottom of arvados.util

This makes the web documentation easier to navigate.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

20846: Don't use pip to install virtualenv, just rely on OS pkg.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20846: Skip workbench package build.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20846: Add debian12 package target.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Merge branch '21201-doc-bundle-update'

Closes #21201.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

20846: Fix shell command in env var.

With Ruby 3, something uses the MAKE var without the expected
shell-eval, so the number-of-processors trick stopped working.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

    make --jobs \$\(grep -c processor /proc/cpuinfo\) DESTDIR\=
    sitearchdir\=./.gem.20231120-15-fa6sx6 sitelibdir\=./.gem.20231120-15-fa6sx6
    clean
    make: invalid option -- 'c'
    Usage: make [options] [target] ...
    Options:
      -b, -m                      Ignored for compatibility.
      [...]

20846: Update fpm for Ruby 3 compatibility.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20846: Use Ruby 3.2.2 for ubuntu2204 packages.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20846: Merge branch '19213-ubuntu2204-support' into 20846-ubuntu2204

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21206: Send requesting_container_uuid attribute in update events.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21126: Update keep-balance admin doc page.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21126: Update faster-gc doc page with new keep-balance configs.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21126: Update doc bundle.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21126: Merge branch 'main' into 21126-trash-when-ro

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Merge branch '21189-changeset-limit'

refs #21189

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21189: Improve wording in config comments and logs.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Merge branch '20609-subprocess-progress-bar' into main. Closes #20609

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>

20609: Tweak subprocess progress bar spacing

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>

20690: Determine postgresql version from psql command.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20831: Fix discovery doc

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

21201: Update doc gems

Getting a new Zenweb gets a new kramdown which helps keep things working
on Ruby 3.x. I think.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

20690: Merge branch 'main' into 20690-remove-wb1

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21132: Annotate API methods as returning a request object

This is a factual correction. Before this, it looked like the API
methods communicated with the API server and returned a response
directly, which is not true.

Unfortunately pdoc doesn't render the documentation for the
ArvadosAPIRequest.execute override. That's frustrating. I looked for
ways to coerce this but didn't find any. Hopefully the class docstring
gives users enough information about what they need to do. pydoc renders
it as expected, so I still think it's worth keeping.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21132: Note ArvadosAPIClient is a Resource

The real impact of this change is marginal, but it establishes a pattern
for documenting request objects, which will be more substantial.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21136: Use typing generics for builtins in api_resources

The immediate problem this solves is that using `list` unqualified as an
annotation causes pdoc to resolve it as the current class' `list`
method, which is not correct.

We could also specify `builtins.list`, but since it doesn't support
subscripting in Python 3.8, that generates a lot of noisy warnings right
now. So this solution is better for now, and we'll probably migrate to
`builtins.list` in the future.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

20831: Don't panic on empty params

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

Merge branch 'main' into 20831-user-table-locks

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

20831: gofmt and discovery doc updates

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

Merge branch '20846-ruby3'

refs #20846

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20831: Revert making IsAdmin and IsInvited a pointer

Now uses API server revision and the requesting user to decide whether
IsAdmin and IsInvited have valid values or not.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

20690: Revert arvbox to debian 11 until lib/install can do Ruby 3.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21137: Support RP-initiated logout with OIDC

With OIDC, logout only has a permanent effect if it is done by the
OP. If a user attempts to logout with an OIDC token, and the OP provides
an endpoint to end the session, send the user there to help them
accomplish that.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

20690: Fix arvbox dependencies.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20831: Make the IsAdmin and IsInvited pointers so they are nullable

Required to correctly handle both where the API does or does not
return the is_admin and is_invited fields when updating from remote
user records.

Also added DiscoveryDocument to arvados.API

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

20690: Remove workbench1 from arvbox.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20831: Add DiscoveryDocument to arvados.API

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

20690: Always direct user to wb2 for logs.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20690: Remove workbench1 mentions in install/admin docs.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20690: Remove wb1 webshell check in diagnostics.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20690: Remove obsolete SecretKeyBase configs.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20846: Specify nodejs version without 'v' prefix.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20831: Return is_admin and is_invited so batch updates work

Has backwards compatability issues that still need to be addressed.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

19302: cleanup Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21189: Revert exit code 64 to 2 for invalid command line argument.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20846: Exit 2 on invalid argument.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20846: Add -nodejs-version option to arvados-server install.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20846: Add -singularity-version option to arvados-server install.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20846: Add -bundler-version option to arvados-server install.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20846: Add -ruby-version option to arvados-server install.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20846: Merge branch 'main' into 20846-ruby3

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

19302: redefined collapsed panel props Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

19302: css tweaks Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

19302: side panel tree limited to 50 nodes Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

19302: side panel projects ordered Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

19302: added hover to sidepanel menu items Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21189: Replace -commit-X with Balance{Pull,Trash}Limit configs.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

21189: On usage error, exit 64 and do not auto-restart.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Merge branch '18874-merge-wb2'

refs #18874

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20609: Change subprocess progress bar to combine relevant process statuses

eg. Queued segment = Queued + OnHold, Failed segment = Failed + Cancelled

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>

18874: Try a different login timeout.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Merge branch 'main' into 20831-user-table-locks

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

20690: Add upgrade note about removing workbench1.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20831: Fix tests

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

20690: Remove workbench1 steps from install guide.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20690: Remove workbench1-specific configs.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Merge branch '21021-controller-logout'

Closes #21021.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

20690: Remove wb1 from arvbox gem install progress indicator.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20690: Remove wb1 bind mount in test.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20690: Remove obsolete docs/comments about wb1.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20609: Move subprocess progress bar between title and headermenu

Also make multi select toolbar show up in header or below header depending on
whether there is a panel title / progress bar

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>

20690: Remove phantomjs and geckodriver (wb1 test deps).

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

18874: Fix wb2 install/boot to accommodate readonly source tree.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

18874: Embed real git commit in wb2 build.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

18874: Update package-building test OS to debian:11.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20690: Silently ignore editor backup files in db/migrate dir.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20690: add wb1->wb2 path redirects to arvados-server boot.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20690: Update arvados-server boot to serve wb2 at wb1 url.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

18874: Fix wb2 install/boot to accommodate readonly source tree.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

18874: Embed real git commit in wb2 build.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

18874: Update package-building test OS to debian:11.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

18874: Update setuptools/pip requirements.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>