Merge branch 'master' into 2221-complete-docker

Force ruby1.9.3 install. (refs #2221)

Add instructions for installing with new versions of pip.

Fix namespace bug in write_directory_tree(max_manifest_depth=0).

Add python-pip to Python SDK install dependencies

Add arvados-cli dependency to Gemfile.

Fix bugs for Ubunto 12.04 and 13.10. (refs #2221)

Merge branch '2042-new-collection-from-selected-files'

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

# Please enter a commit message to explain why this merge is necessary,
# especially if it merges an updated upstream into a topic branch.
#
# Lines starting with '#' will be ignored, and an empty message aborts
# the commit.

Rename preload_all_models to zz_* so it runs after load_config.

Default to using a random secret_token in test mode.

Add missing config variable to test.rb.example. Thanks, #2076!

Rename load_config to zz_load_config so initializers/secret_token.rb
gets loaded before we check for missing config settings.

refs #2076

Merge branch '2189-log-in-as-user'

closes #2189

Merge branch '2076-check-config-at-boot'

closes #2076

Merge branch 'master' into 2189-log-in-as-user

Rename config[.defaults].yml to application[.default].yml

Merge branch 'master' into 2076-check-config-at-boot

Make build.sh executable. (refs #2221)

Fix incorrect API endpoints in api/schema/

Add build.sh wrapper for build.rb, to make sure Ruby is installed. (Refs #2221)

Merge branch 'master' into 2221-complete-docker

install.rb: generate config.yml file on demand if necessary. Refs #2221.

Merge branch '2049-run-job-from-workbench-correct' of git.clinicalfuture.com:arvados into 2049-run-job-from-workbench-correct

# Please enter a commit message to explain why this merge is necessary,
# especially if it merges an updated upstream into a topic branch.
#
# Lines starting with '#' will be ignored, and an empty message aborts
# the commit.

render_editable_subattribute() uses link_to_if_arvados_object() if the field is not editable.

* Pipeline components are topologically sorted based on :output_of, then sorted lexically.
* Refactored code to render pipeline components to be consistent across pipeline instance page and pipeline template page.
* Added "pipelines" tab that shows pipelines that were created from the current template.  Uses the pipeline_instances/show_recent partial.

Fix CollectionReader treating any collection with additional +hints as
an empty manifest.

Now, accept hash+size+anyhints as a UUID, and if the argument looks
like neither a UUID nor a manifest, raise an exception instead of
proceeding with undefined results.

We can't have dependencies on unpublished gems checked in; they break
deploy.

Merge branch '1844-blob-signature'

Merge branch 'master' into 1844-blob-signature

Merge remote-tracking branch 'refs/remotes/origin/2049-run-job-from-workbench-TC' into 2049-run-job-from-workbench-correct

Code review for 1844-blob-signature: documentation, slight refactoring (refs #1844)

Merge remote-tracking branch 'origin/master' into 2042-new-collection-from-selected-files

Merge remote-tracking branch 'origin/master' into 2049-run-job-from-workbench-correct

Fix check for crunch-job missing from path, and run it as arv-crunch-job.

Fixed styling of selection dropdown menu.
Menu no longer dismisses when clicking a checkbox to remove an item.
Selected files no longer have /./ in the middle.
Fixed nil error when non-file or non-collection items are in the selection list.
Fixed head_kind and tail_kind.
Made a comment about inline x-editable.

Fix crash when job script is nil.

Add arvados-cli dependency

Obey ARVADOS_API_HOST_INSECURE

Provenance graphing bugfixes

Merge branch 'master' into 2221-complete-docker

New script install.rb (install all dependencies and build Arvados). refs #2221

Add arv-normalize to python SDK package.

Fixed bug when selection list was cleared.
Fixed rendering collections in provenance graph.

Merge remote-tracking branch 'origin/master' into 2042-new-collection-from-selected-files

Fixed data title

Improvements and bugfixes refs #2242.
* Added tooltip to "play" button on pipeline templates page.
* Adjusted play button styling.
* Added a little bit of text to tell the user what to do on the parameter editing page.
* Moved "run pipeline" button to the tab bar row.
* Fixed the "-selection-" and "-recent-" dividers to be invalid selections.
* Tweaked editing popup label to say "set value for xxx" instead of "update xxx"
* Refactored status labels and progress bars for jobs and pipelines into partials that should be used everywhere consistently
* Fixed automatic refresh of pipeline instance page to emit ajax:complete event, and fixed shown.bs.tab event to catch all events and then apply the selector, instead of having to use the selector to attach events to specific DOM nodes (which breaks when the page is refreshed.)

Update doc for running crunch-job in local mode. (refs #2221)

Fixed progress bar alignment on Firefox.

Running pipeline from workbench works!

Merge branch 'master' into 2221-complete-docker

Build all containers from working source. (refs #2221)

Add "rake config:check" task. refs #2076

Merge branch '2107-radhika-user-guide-minor-updates'

Fix Task#2268 by removing the extra space character

Merge remote-tracking branch 'origin/master' into 2049-run-job-from-workbench

Exclude any api/log files from API docker server, in case user is running an API server locally (refs #2221).

Successfully starts first stage of active pipelines.

Read configuration from config.defaults.yml and config.yml.

Refuse to start if any configs are set to nil in config.default.yml
and not overridden in config/environments/*.rb or config.yml.

refs #2076

Add "Log in as user" button in Admin pane on users#show.

refs #2189

Fixed default inactive user page.

Remove dependencies on warehouse and IPC::System::Simple (refs #2221).

Add signing and verification code for blob permissions

Merge branch 'master' into 2107-radhika-user-guide-minor-updates

Conflicts:
doc/_config.yml

Document baseurl and change to a useful default.

Use require instead of rake_require. Fixes "Can't find
zenweb/tasks".

See
https://github.com/seattlerb/zenweb/commit/4a28f3c8d766be7066658706d49b675d2a0f94ad

Working on having crunch-dispatch manage pipelines.

Merge remote-tracking branch 'origin/master' into 2049-run-job-from-workbench

Merge branch 'master' into 2221-complete-docker

minor updates to user guide

Added section about installing libwarehouse-perl.

Gemfile update using ruby 2.1.1

Merge pull request #1 from gitaway/patch-1

Correct parameterized input collection reference

Correct parameterized input collection reference

Attempting to follow the tutorial I was blocked because the UUID for the alternate input supplied as a command line parameter was incomplete. This can be easily overlooked because in fact the final filtered output is a zero-length file in either case: it's just that currently it is zero-length only because its input is empty!

Be consistent in referring to the 'All users' group.

Fixed broken links in documentation that were using {{site.basedoc}} instead of {{site.baseurl}}.
Fixed some other links so that documentation can be browsed from file:///
Made some updates to API server setup guide.

Fix jobs.cancel and add integration test. closes #2258

Fix usage message dependent on credentials. Remove unused argparse import.

Set up virtualenv and install custom SDK only if SDK appears in
arvados/sdk/python -- ignore sdk/python.

This means scripts that are run straight from the arvados tree will
use whatever SDK is installed on the compute node, rather than
installing the SDK and dependencies into a virtualenv.

If you want your scripts to be in [a fork of] the arvados tree rather
than bringing in arvados as a submodule, *and* you want to pin jobs to
a specific SDK version, add a symbolic link in your source tree
(/arvados -> .).

Add build.sh step to Python SDK install recipe (part 2).

Add build.sh step to Python SDK install recipe.

Do not try to extract git archive if none was provided by calling process.

Finished code to assemble a new manifest from the supplied files and collections.
New collection is added to API server and to Keep.
Added --extract command to arv-normalize to produce manifest for a single file in a collection.

Update Perl install documentation.

Add build infrastructure for Perl SDK.

Fixed handling of optional/required parameters with no specified or default value when constructing initial components hash.

POST works to actions controller, still need to implement the actual action to build the manifest.

Fix text color of active+hover nav link

Merge branch 'master' into 2221-complete-docker

Minor doc fix.

Increased refresh rate to every 15 seconds from every 30 seconds.

Merge remote-tracking branch 'origin/master' into 2049-run-job-from-workbench

Fix refresh feature on pipeline_instances/show.

Note symbolic link to ../application/show.html.erb seems to be
necessary for "render template: 'pipeline_instances/show'" to work;
rails doesn't fall back to application/show automatically here.

Revert "Move left nav all the way to the top left corner."

This reverts commit d7a07294a8d4a546852a33417972924f658e4024.

Improved/fixed color coding of job status for pipelines.

Merge remote-tracking branch 'origin/master' into 2049-run-job-from-workbench

Conflicts:
apps/workbench/app/views/layouts/application.html.erb

Moved code specific to editing pipelines from editable.js to pipeline_instance.js.
Improved detection of paramater data type to choose the right editing control.

UI for editing component parameters now correctly highlights the background of required parameters that are not set, and removes the highlight when the parameter is set.

Editing input values of pipeline_instances mostly works, but needs polishing.

Pipeline parameter editing supports selection box for choosing from workbench persistent selection list.  Actually committing changes not tested yet.
Also changed layout of selection dropdown and added "clear selections" button.