Fix $(node.cores)

str or unicode

extra / after dir

Better error from glob

Pretty print

Rearranged exception handling a little more

More logging

Print traceback on exception

Set first task to success

import copy

.st_mode

import stat

Fix syntax error

Refactored and generalized list expansion, can use "foreach" to repeat portions
of the command line.

Simpler split-fastq, doesn't try to upload the collection, assume crunch-job
will create the collection for us.

Change collection create request

Debug manifest format to see why api server is rejecting it

debug print manifest_text

Left debugging in by accident

Same bug, different place

Input is "reads" not "input"

typo fix get_job_param() -> getjobparam()

foreach just refers to other parameter to use as iterator variable.

Added "foreach" to run-command wrapper.  Needs testing.

Don't split fastq, just organize into directories.

Full split-fastq wip

Merge branch '3351-keep-timeout' closes #3351

3351: Propagate caller-provided timeout from KeepClient to KeepWriterThread.

Also, use the timeout in the sign_for_old_server block (even though
this branch is unlikely to be used in real life now that the old Keep
server has been replaced).

3235: Fix attribute keys. refs #3235

Merge branch '3235-top-nav-site-search' refs #3235

Do not show non-project groups in groups directory. no issue #

Fix TypeError: Got an unexpected keyword argument "uuid". refs #3235

3235: Fix hover highlighting on projects dropdowns.

3235: Show selected project in project-filter dropdown title.

Do not return non-project groups in groups#contents. refs #3235

Fix the auto_admin_user feature; it was broken by accident in
commit:5f651773

refs #3219

3235: Fix infinite scroll broken by merge.

3235: Move filter-by-project to left side.

3235: Merge branch 'master' into 3235-top-nav-site-search

Conflicts:
apps/workbench/app/views/layouts/application.html.erb

Merge branch '3235-all-contents' refs #3235

3235: Add test case.

3235: Fix SQL query.

3235: Split GroupsController#contents logic out to load_searchable_objects.

3235: Remove errant action exemption.

3235: Merge branch 'master' into 3235-top-nav-site-search

Conflicts:
apps/workbench/app/assets/javascripts/infinite_scroll.js
apps/workbench/app/views/application/_choose.html.erb
apps/workbench/app/views/layouts/application.html.erb

Set $CRUNCH_SRC correctly when running the Docker container.  refs #3370

3235: Bind Esc key to close modals.

3235: Focus search box when chooser modal appears.

3235: Show project filter by default (i.e., unless by_project=false).

3235: Fix "no filter / all projects" option.

3235: Fix multiple-select.

3235: Make filter-by-project play nice with infinite scroll.

3235: Hide section header rows for empty sections. closes #3377

3235: Fix infinite scroll in Search chooser.

3235: Infinite scroll error handling: Show error message and "Retry" button
instead of immediately repeating the failed request ad infinitum.

3235: Skip data-remote links in smoke test. They might not know format=html.

3235: Show multiple object types in top-nav Search modal.

3351: Fix CollectionReader usage in arv-ls.

3351: Add comment about SSL timeouts.

3351: Clean up some excess indentation.

3351: Catch SSLError and show warning instead of stack trace.

3351: Retry failed threads (servers) if replication is too low after one pass.

refs #3138
Merge branch '3138-wiselinks'

3138: test passing as is

Merge branch 'master' into 3138-wiselinks

Conflicts:
apps/workbench/app/views/layouts/application.html.erb

3351: Improve "already uploading" message (and send to stderr, not stdout).

3351: Do not use resume cache at all if --no-resume flag is given.

Merge branch 'master' into 3138-wiselinks

3138: When wiselinks is initialized, selection.js does not work. Since we want to stop using selection.js in the near future, let's not initialize wiselinks object for now.

3351: Set PUT request timeout to 60 seconds.

Merge branch '3286-home-button' closes #3286

3286: Split Home/Projects thing into Home button and Projects dropdown.

Do not remove /dev/stdout on interrupt signal. No issue #

3235: Add test case.

Merge branch 'staging'

Closes #3315.  Thanks Guillermo!

Create temporary directory if it does not exist

3235: Fix SQL query.

3235: Split GroupsController#contents logic out to load_searchable_objects.

3321: Workbench copes when pipeline components have an odd form.

Closes #3321.

Add Keep install instructions (manual).

no issue #

Merge branch '3200-ajax-error-handling'

Closes #3200, #3207, #3251, #3276, #3322.

3200: Improve error handling in Workbench's API client.

* Fix the class used for error responses that can be parsed but don't
  have a dedicated subclass.

* Ensure that exception.api_response[:errors] is always an array.

This improves the error reporting for #3207.

3200: X-Editable renders errors even without a message array.

The previous version was causing the X-Editable popup to spin
infinitely when the JSON errors were null.  See #3207, #3251.

3200: Workbench copes better when a tab fails to load.

2044: Improve reporting when project sharing fails.

Our select modal knows how to render an errors key in the JSON
response.  This commit adjusts the project controller to conform to
this convention.  Refs #2044, #3200.

Merge branch '2769-keep-delete-request'

Refs #2769

2769: reorganize REST handlers

Reorganizing REST handlers into their own source file.

Refs #2769.

Merge branch 'master' into 3138-wiselinks

3138: add wiselinks data-push to project link.

Fix extra row left behind after deleting a pipeline instance. closes #2929

3138: Split body into a separate layout for wiselinks.

2044: Make project sharing tests more forgiving of Ajax timing.

Apparently waiting our default 5 seconds is not always sufficient to
get an Ajax response that requires a roundtrip to the API server.
Wait longer in these cases.  Not the most elegant solution, but I
don't see a better option.  Refs #2044.

2044: Workbench resource lists support Enumerable-style select.

Refs #2044.  Enumerable-style select is used in places like the groups
index.

Merge branch '3072-empty-collection-bugfix'

closes #3072.

Merge branch 'master' into 3138-wiselinks

closes #3140
Merge branch '3140-project-content-tabs'

Merge branch 'master' into 3140-project-content-tabs

Merge branch 'master' into 3140-project-content-tabs

Conflicts:
apps/workbench/app/controllers/projects_controller.rb

3072: rendering "Empty Collection" in default_name

Collection.default_name now renders "Empty Collection" for collection
d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e.

Refs #3072.

Merge branch '3182-workbench-test-race'
closes #3182