22206: Upgrade Docker pins for version 27

We have confirmed this works in #22187.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

22206: Add (optional) apt pins to the compute node build

These pins help ensure we get versions of these packages that we know
are compatible with Arvados. We will periodically need to review and
update the pinned versions.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

22206: Add missing sudo to nvidia container apt source install

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

22202: Add tests for process deletion navigation and DE refresh

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>

21540: Don't need to wrap in a transaction

It should already be in a transaction or this whole function is a
no-op.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

Merge branch 'main' into 22235-toolbar-access-fixes

refs #22235

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

22235 fixed conditional for workflow in readonly project

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

22206: Add GOVERSION to Azure environment_vars

To keep in better sync with AWS config.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

22206: Wrap environment_vars for better readability

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

Merge branch '22226-empty-output-panic'

fixes #22226

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

22226: Simplify test.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Merge branch '22198-remove-href-field'

fixes #22198

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

22207: moved workflow tab progress bar to below all other items

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

22235: added menu case for nonadmin+frozen+readonly project which didnt exist previously

* also alphabetized ContextMenuKind Enum for DX reasons

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

22202: Navigate to home project when deleting currently open project

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>

22202: Change process delete to run paralell

* Also groups success/failure snackbars
* Also eliminates duplicate data explorer refresh calls

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>

21540: Tweak query and add deadlock handling to container priority update

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

Merge branch 'main' into 22207-icon-resort

refs #22207

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

22075: Improve formatting of description documentation

Mark the tag names as code for better readability.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

22257: Improve links between PySDK api module docstrings

Have the module docstrings for `arvados`, `arvados.api`, and
`arvados.api_resources` all explain the relationship between the latter
two.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

22207: removed first divider from workflow menu

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

22207: fixed search results toolbar spacing

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

15397: Remove default_owner_uuid support from Java SDK.

See 0f4ba86b39293d5e6394fe3a065b159d2c898ff4.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

19929: Remove self_link support from the Java SDK

See a3cf952706e2f2f3d7ec1b523c51d447cc543c43.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

22198: Remove href attribute support from the Java SDK

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

22198: Remove one more instance of 'href' in tests

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

22207: united panel name styles and removed unused css class

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

22226: Check that the mounted collection is staged for output.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

22207: fixed subpanel toolbar spacing

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

22198: Remove 'href' where it appears in processing API responses

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

22207: fixed layout shift in project view

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

22207: css ironing

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

22207: made progressbar display differently if title is present

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

22207: moved progress bar to top of Data-Explorer to make the rest of display the issues easier to solve

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

Merge branch '16417-installer-loki-fixes'

closes #16417

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

22198: Remove href usage.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

22207: simplified toolbar display conditionals

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

22226: Update parent pointers when splicing a subtree.

When splicing a dirnode-rooted subtree S onto an existing dirnode D, D
itself remains in the filesystem tree, but D's children are replaced
with S's children.

Before this fix, S's immediate children were not getting their parent
pointers updated to point to D.  A subsequent Splice operation on D's
child would follow the child's parent pointer to S instead of D, try
to use S's FS(), which is nil, and panic.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

22202: Bump rollup to address CVE-2024-43788

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>

16417: Encode S3 bucket password to avoid parsing errors.

Jinja's urlencode() doesn't translate '/' to '%2F', so that needed special
treatment.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

16417: Manages Grafana package repo by itself instead of using grafana-formula.

Using grafana-formula to manage the package repository caused all nodes to
install the Grafana server package.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

22235: fixed readonly project toolbar

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

22207: Removed first divider for Projects, Processes, and Collections

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

22207: fixed toolbar button spacing

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

Merge branch '22208-project-details' refs #22208

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

22207: restored overflow menu functionality

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

22198: Remove href field from API responses.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

22207: fixed process test, more css tweaks

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

22207: css tweaks

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

Merge branch '21838-picker-search-race' into main. Closes #21838

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>

22207: fixed favorites test

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

22207: fixed details-card test

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

22207: fixed collection move test

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

Merge branch 'main' into 22207-icon-resort

refs #22207

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

22226: Add test to reproduce crunch-run output save panic

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

22207: fixed mutliselect spec

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

22207: reimplemented altNames for toggleable menu items

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

22207: moved overflow menu tooltip to left side

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21838: Remove stray console logs & unused imports

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>

Merge branch '22083-output-collection-missing' refs #22083

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

Update discovery doc used by tests, refs #22075

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

21838: Update caniuse

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>

Merge branch '22155-layout-bugs'

closes #22155

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

22083: Store "failedToLoadOutputCollection" state

Allows IO card to be aware if the output collection couldn't be
loaded.

Adjust the IO card accordingly.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

Merge branch 'main' into 22155-layout-bugs

refs #22155

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

Merge branch '22075-html-tag-doc' refs #22075

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

22207: added copy_link_to_clipboard to process menus

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

22075: List allowed HTML tags in discovery document.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

22155: adjusted margins in Run History card

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

Merge branch '22209-compute-nvidia'

Refs #22209.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

22209: Load nvidia modules conditionally on compute nodes

This appears to be necessary with newer versions of the NVIDIA packages:

* `nvidia_urm` has been added to `/etc/modules-load.d/nvidia.conf`.
* This module fails to load if there is no actual hardware.
* This causes systemd-modules-load.service to fail, and the system
  to boot in degraded state.

Disable the module configuration by renaming it, and only arrange to
load it if we actually detect the hardware at boot time.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21838: Convert load public favorites to saga

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>

Revert "22155 fixed project description cutoff"

This reverts commit 3facf752685097a1c941038664fb2ca6bbab21c5.
Changes in #22208 will make this commit obsolete and reverting here will save some headaches from conflicts

refs #22155

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21838: Add load favorites saga

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>

21838: Simplify loadFavoritesProject parameters

Options are only used by favorites tree picker

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>

Run Process panel always use full width to avoid awkward resizes

refs #22139

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

22207: adjusted tests

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

22207: changed all copy icons to "CopyContent" icon

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

21838: Convert picker collection filter & refresh into sagas

* Moves collection filter middleware into saga
* Also consolidates multiple collection filter calls into a race-free saga

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>

21838: Better comment tree picker sagas and cleanup

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>

22207: added copy uuid to context menus

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

22207: reordered menu items as per ticket

* ticket referenced "Copy Link To Clipboard" items for Workflow runs, but that menu item didn't previously exist, so it was omitted

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

22207: added copy uuid button

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

22209: Modernize libnvidia-container apt source

This source is documented for use by all apt installs in the current
NVIDIA install guide at
<https://docs.nvidia.com/datacenter/cloud-native/container-toolkit/latest/install-guide.html#installing-with-apt>.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

22208: Tweak layout based on inline expander button

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

22208: Use 3 dot icon instead of double arrow for "More options"

Match gmail styling.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

22208: Move the details expansion chevron to be in line with title

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

Merge branch '22130-all-processes-paging' refs #22130

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

Merge branch '22042-toolbar-sort-bug'

closes #22042

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

22130: Eliminate redundant call to loadProcess

Workbench loadProcess calls loadProcessPanel which calls the process
panel loadProcess, but then was calling the process panel loadProcess
again on its own, resulting in a bunch of redundant queries.

Don't do that.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

22130: Use 'contents' to count processes

Also fix loadProject to bail out when called with an invalid uuid.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

Merge branch '22130-no-wb-fed-login' refs #22130

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

22208: Fix test

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

Merge branch '22204-group-sharing' refs #22204

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

22208: Fix tests

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

22042: fixed infinite rerender from #22197

* This branch oon't pass tests without the fix

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

22042: added group sorting order

* also changed sort algo to eliminate one divider when there are two in a row

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

22208: Put project tags and description behind expanding panel

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

22204: Fix sharing dialog loading

* Split user/group queries so we don't ask for groups from the user
endpoint and vice versa
* Make each query conditional on whether any permissions to users or
groups were actually returned
* Send user/group queries in parallel
* Wrap the whole thing in try/finally to make sure it stops the
loading spinner if there's an error

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

22042: fixed workflow-proccesses-panel

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>