Merge branch 'master' into 1970-folder-view

Add find?() method so "assert find?(...), msg" can be used in test cases.

Replace unfailable assert() with a comment explaining what it means
for find() to raise an exception.

2525: correct indentation for pom.xml

2525: use -Dmaven.test.skip=true when packaging the SDK.

Added test for group mount.  Passes.

Improved fresh/stale handling with base class, added property fuse inode cache
invalidation.  Added common merge function for handling directory updates.
arv-mount now daemonizes by default.

Check GET permissions in the HTTP handler.

Move the check for the permission signature to the HTTP handler, so the
back end can still call GetBlock without having to move permissions all
the way down the stack. Refs #2328

Merge branch 'master' into 2525-java-sdk

2352: initial tests for arv-run-pipeline-instance

Merge branch 'master' into 2352-use-state

Adding support for groups and viewing arvados objects as files (serialized
json).  Work in progress.

Merge branch 'master' into origin-2035-arv-mount-tags-folders

Fix so that a present but empty select parameter in queries no longer yields
an error.

Added PyYAML to requirements.txt

Merge branch 'master' into origin-2035-arv-mount-tags-folders

Remove duplicate ERROR_ACTIONS constant from merge.

Ensure edited description really gets saved.

Use send(symbol) instead of send(string).

Change icon for virtual machines nav.

Remove confusing return value.

Merge branch '2640-folder-api' into 1970-folder-view

Conflicts:
apps/workbench/app/controllers/application_controller.rb
services/api/app/controllers/application_controller.rb

Add --permissions-key flag.

The --permissions-key flag initializes the PermissionSecret to the
string of bytes in its argument. (refs #2328)

Move contents action to GroupsController.

Fix broken test case.

2352: when using arv-run-pipeline-instance, set state to RunningOnClient.

Merge branch 'master' of git.curoverse.com:arvados

Documentation tweaks:
* Python SDK requires Python 2.7, make that clear up front
* Remove duplicated SDK installation instructions

Merge branch '2640-folder-api'

Merge branch 'master' into 2640-folder-api

Conflicts:
apps/workbench/app/models/arvados_api_client.rb

Raise PermissionDeniedError even more consistently

Merge branch 'master' into 2035-arv-mount-tags-folders

Refactored freshness/updating to be more generic for different virtual
directory types.  Added polling based on timeout as an alternative to
websockets.  Refactored tests a bit.

Merge branch '2640-folder-api' into 1970-folder-view

Raise PermissionDeniedError more consistently

Comment mysterious testing code.

Add test for links_for + multiple link_classes.

Added websockets support to Python SDK, with integration test.  Also built out
runner script for running test server from python.

Merge branch '1904-workbench-reader-tokens'

Refs #1904.  Closes #2663, #2736.

workbench: Reader tokens show collection files.

Fundamentally, this commit aims to support reader tokens when showing
a file from a Collection.  Because this requires changing the token
handling generally, I also took this opportunity to improve error
reporting by checking the request's validity against the API server
before we pipe out to arv-get to render the file.

As a consequence, Workbench now returns a 404 if you request a file
using a token that does not have permission to read the collection.
Maybe this is not the best result, but previously it returned a 422,
so I think this counts as an improvement.

workbench: Add initial reader tokens support.

The API server recently gained support for reader tokens, which
optionally supplement the user's permissions for read-only
operations.  This commit extends Workbench to pass on reader tokens
for general index and show operations.

workbench: Add Collections controller tests.

Working to establish a baseline of behavior before I go mucking with
this.

workbench: Remove trailing whitespace.

Merge branch 'master' into 2352-use-state

Merge branch '2328-keep-permission-hints'

Resolve code review (closes #2328)

Fix doc comments and argument names for the expiry timestamp arguments
for SignLocator and makePermSignature.

2525: Now that we have the doc page updated with Java SDK details, updated the README file to
point to the doc page instead of maintaining two copies of the same content.

Add simplecov-rcov.

2525: Add java SDK to documentation site.

Finished implementing FuseTagsTest, fixed bugs in arv-mount, test passes.

Fix ajax->refresh race condition in test case.

Fix tests, make model.editable? work for new records.

Behave nicer if supplied owner_uuid is not a valid uuid at all.

Edit objects after creating them with x-editable.

Implement simple client-side folder contents search.

Implement "remove from folder"

Name new folders "New folder", fix crash if folder name is nil

Update name in breadcrumb after editing elsewhere on page.

Merge branch '2640-folder-api' into 1970-folder-view

Omit locally configurable files and testing code from coverage report

Skip simplecov if gem fails to load or NO_COVERAGE_TEST env is set.

2525: Remove unused imports

2525: Better handling of unsupported api name and version

Merge branch 'master' into 2525-java-sdk

2525: return map instead of json string for the call method.

Add client proxy hack so existing themes continue to work.

Use one client per thread, via a factory method, instead of a global.

Update to Rails 4

2525: small refactoring

2525: add map parameter type handling to request processing

2525: add float handling to request parameters

Do not try to record object_owner_uuid during earlier migrations.

2525: Add support for array request parameter type

Merge branch 'master' into 2525-java-sdk

2525: readme and test updates

Merge branch 'master' into 2640-folder-api

Fix crashing "grant access to my own object" permission check.

Prevent ownership cycles.

2525: updated README

2525: More tests

2525: override the default name for the generated package

2525: Rename  ArvadosSDKJavaUser.java as  ArvadosSDKJavaExample.java

2525: delete object created during test.

2525: a little cleanup of variable names

2525: call method invocation should match arvados api documentation, instead of discover document format.

2525: call method invocation should match arvados api documentation, instead of discover document format.

2525: call method invocation should match arvados api documentation, instead of discover document format.

2525: token, host name, and host insecure can also be passed to constructor similar to other SDKs. If so, the environment variables are ignored and passed in values are used.

Merge branch 'master' into 2525-java-sdk

Generate test coverage reports with SimpleCov.

Merge branch '2640-folder-api' into 1970-folder-view

2352: Getting null pointer exception after merging in master!!

Merge branch 'master' into 2352-use-state

Improve code formatting

Return all links if link_class is not provided. Add docs.

Return empty list if no "links" supplied in api response. Add tests.

Incorporating code review. (refs #2328)

Created a seperate arvados-fuse-driver package.

Merge branch '2223-repo-owner-admin-perms'

closes #2223

Add "remove item from folder" buttons